[日本語] English
万見
- PDB-6gy7: Crystal structure of XaxB from Xenorhabdus nematophil -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gy7
タイトルCrystal structure of XaxB from Xenorhabdus nematophil
要素XaxB
キーワードTOXIN / bacterial toxin / pore forming-toxins
機能・相同性: / XaxB
機能・相同性情報
生物種Xenorhabdus nematophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Schubert, E. / Raunser, S. / Vetter, I.R. / Prumbaum, D. / Penczek, P.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Membrane insertion of α-xenorhabdolysin in near-atomic detail.
著者: Evelyn Schubert / Ingrid R Vetter / Daniel Prumbaum / Pawel A Penczek / Stefan Raunser /
要旨: α-Xenorhabdolysins (Xax) are α-pore-forming toxins (α-PFT) that form 1-1.3 MDa large pore complexes to perforate the host cell membrane. PFTs are used by a variety of bacterial pathogens to attack ...α-Xenorhabdolysins (Xax) are α-pore-forming toxins (α-PFT) that form 1-1.3 MDa large pore complexes to perforate the host cell membrane. PFTs are used by a variety of bacterial pathogens to attack host cells. Due to the lack of structural information, the molecular mechanism of action of Xax toxins is poorly understood. Here, we report the cryo-EM structure of the XaxAB pore complex from and the crystal structures of the soluble monomers of XaxA and XaxB. The structures reveal that XaxA and XaxB are built similarly and appear as heterodimers in the 12-15 subunits containing pore, classifying XaxAB as bi-component α-PFT. Major conformational changes in XaxB, including the swinging out of an amphipathic helix are responsible for membrane insertion. XaxA acts as an activator and stabilizer for XaxB that forms the actual transmembrane pore. Based on our results, we propose a novel structural model for the mechanism of Xax intoxication.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: XaxB
B: XaxB
C: XaxB
D: XaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,5424
ポリマ－167,5424
非ポリマー00
水00
1
A: XaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8851
ポリマ－41,8851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8851
ポリマ－41,8851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: XaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8851
ポリマ－41,8851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: XaxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8851
ポリマ－41,8851
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.700, 99.410, 194.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
XaxB


分子量: 41885.395 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenorhabdus nematophila (strain ATCC 19061 / DSM 3370 / LMG 1036 / NCIB 9965 / AN6) (バクテリア)
遺伝子: xaxB, XNC1_3767 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: D3VB23

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2 M NaBr, 0.1 KCl, 20 % PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 45577 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.1 % / Net I/σ(I): 10.36
反射 シェル解像度: 3.4→3.49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.4→48.537 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3045 1215 5 %
Rwork0.2637 --
obs0.2657 24292 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→48.537 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10624 0 0 0 10624
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71414420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4486802
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391719
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041871
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3999-3.5360.38761320.37342507X-RAY DIFFRACTION100
3.536-3.69690.41981330.3492543X-RAY DIFFRACTION100
3.6969-3.89170.34651320.3162507X-RAY DIFFRACTION100
3.8917-4.13540.38091340.27832534X-RAY DIFFRACTION100
4.1354-4.45450.31111340.26232547X-RAY DIFFRACTION100
4.4545-4.90240.26251340.24432535X-RAY DIFFRACTION100
4.9024-5.61090.37061350.28652579X-RAY DIFFRACTION100
5.6109-7.06570.36241370.32932593X-RAY DIFFRACTION100
7.0657-48.54240.23571440.21342732X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る