PDB-6j9r: Coiled-coil Domain of Drosophila TRIM Protein Brat

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6j9r

タイトル

Coiled-coil Domain of Drosophila TRIM Protein Brat

要素

Brain tumor protein

キーワード

TRANSLATION / Coiled-coil Domain / TRIM / BRAT / Translational repressor

機能・相同性

機能・相同性情報

asymmetric neuroblast division resulting in ganglion mother cell formation / ganglion mother cell fate determination / neuroblast development / neuroblast fate determination / segmentation / regulation of synaptic assembly at neuromuscular junction / asymmetric cell division / ventral cord development / basal cortex / regulation of neuroblast proliferation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster American nodavirus SW-2009a

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Shan, Z. / Wang, W.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the coiled-coil domain of Drosophila TRIM protein Brat.
著者: Liu, C. / Shan, Z. / Diao, J. / Wen, W. / Wang, W.

履歴

登録	2019年1月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6j9r.cif.gz	108.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6j9r.ent.gz	82.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6j9r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/6j9r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gy7-1 5un2-d 4cbz-1 5w4t-4 6gy7-2 2lli-d 5tfm-d 3g6b-d 5w4t-3 5wme-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (4) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (4)
#174 - 2014年6月
GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#126 - 2010年6月
上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#77 - 2006年5月
ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Brain tumor protein

B: Brain tumor protein

ヘテロ分子

30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.612, 61.100, 128.084
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	SER	SER	ILE	ILE	chain A	A	A	7 - 131	7 - 131
2	ASN	ASN	GLN	GLN	chain B	B	B	5 - 132	5 - 132

#1: タンパク質	Brain tumor protein / Protein Brat 分子量: 15328.776 Da / 分子数: 2 / 断片: Coiled-coil Domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster American nodavirus (ANV) SW-2009a (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MQJ9
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M NaCl,0.1M Na2(CH3COO).3H2O,30% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9778 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 14770 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / B_iso Wilson estimate: 30.21 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.093 / Χ²: 0.916 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
2.5-2.54	13.3	0.373	712	0.99	0.106	0.389	0.924
2.54-2.59	13.2	0.343	729	0.992	0.098	0.357	0.942
2.59-2.64	13.2	0.307	708	0.989	0.089	0.32	0.922
2.64-2.69	12.8	0.256	718	0.992	0.075	0.267	0.921
2.69-2.75	12.1	0.244	743	0.989	0.073	0.255	0.949
2.75-2.82	12	0.193	707	0.997	0.058	0.201	0.945
2.82-2.89	12.3	0.18	745	0.996	0.053	0.188	0.949
2.89-2.96	13.4	0.167	721	0.995	0.047	0.174	0.959
2.96-3.05	13.7	0.158	729	0.996	0.044	0.165	1
3.05-3.15	13.7	0.149	717	0.997	0.042	0.155	1.01
3.15-3.26	13.5	0.134	733	0.996	0.038	0.139	1.042
3.26-3.39	13.5	0.12	734	0.996	0.034	0.124	1.02
3.39-3.55	13.2	0.105	734	0.996	0.03	0.11	1.024
3.55-3.73	13	0.093	741	0.997	0.027	0.097	0.981
3.73-3.97	11.9	0.084	737	0.998	0.025	0.087	0.949
3.97-4.27	11.7	0.075	741	0.997	0.023	0.078	0.835
4.27-4.7	13.2	0.074	760	0.997	0.022	0.077	0.821
4.7-5.38	13.2	0.07	744	0.996	0.021	0.073	0.741
5.38-6.78	12.3	0.064	784	0.997	0.019	0.067	0.638
6.78-50	11.3	0.067	833	0.998	0.02	0.07	0.743

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→40.186 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2686	719	5.06 %
R_work	0.2237	-	-
obs	0.2259	14219	97.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.47 Å² / B_iso mean: 46.69 Å² / B_iso min: 19.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.5→40.186 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1816	0	6	24	1846
B_iso mean	-	-	71.95	42.57	-
残基数	-	-	-	-	251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1862
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.092	2525
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	304
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	326
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.517	664

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	902	X-RAY DIFFRACTION	10.8	TORSIONAL
1	2	B	902	X-RAY DIFFRACTION	10.8	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5-2.693	0.2831	118	0.2426	2365	2483	87
2.693-2.964	0.2709	150	0.2338	2706	2856	100
2.964-3.3927	0.2924	161	0.2265	2733	2894	100
3.3927-4.2736	0.2162	148	0.1962	2777	2925	100
4.2736-40.1913	0.3003	142	0.2359	2919	3061	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3799	4.0767	3.4472	3.9623	3.4545	3.174	-0.4482	0.0252	0.4534	-0.494	-0.3796	0.3937	-0.9428	-0.4002	0.9183	0.3503	0.0299	-0.1028	0.3116	-0.0787	0.357	14.0129	-18.804	85.7561
2	0.6948	-0.1394	1.6293	0.0841	-1.1907	3.6215	0.0854	0.0472	0.1005	-0.1863	-0.1178	-0.0214	0.7535	-0.243	-0.0521	0.5319	0.2145	0.0041	0.396	0.0252	0.3812	0.9995	-18.5442	17.2269
3	2.0171	-0.5509	0.8172	2.7806	-1.2372	8.6064	-0.121	0.1246	-0.011	0.3588	-0.1949	-0.2583	-0.4168	1.8082	0.2323	0.1754	-0.0433	-0.0504	0.3937	0.103	0.3753	-3.9158	-1.5424	-23.6359
4	6.2183	-1.6157	3.0395	3.3042	0.571	2.1304	-0.5159	-0.8313	0.1596	0.0093	-0.0659	-0.2358	-0.0905	1.2436	0.5505	0.2893	0.0675	0.0336	1.1899	0.2087	0.6853	4.6581	-2.9462	-24.3989
5	0.2551	-0.1231	-0.0341	-0.0676	0.0815	2.6453	-0.0179	0.1261	0.0725	0.0002	-0.0847	-0.0705	0.207	0.4152	0.1273	0.4493	-0.0202	-0.0421	0.2291	0.0384	0.3491	13.561	-24.5267	44.0281
6	6.9693	1.1854	1.9486	5.8596	0.835	2.245	-0.1882	-0.0963	0.2082	-0.0768	0.0448	-0.4836	-0.6036	0.5648	0.1461	0.3341	-0.0472	0.0266	0.2656	-0.0097	0.3065	23.1514	-19.4782	85.3555

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 29 )	A	7 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 30 through 103 )	A	30 - 103
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 104 through 131 )	A	104 - 131
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 5 through 29 )	B	5 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 103 )	B	30 - 103
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 104 through 132 )	B	104 - 132

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関連情報:EMDBヘッダ

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