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- PDB-6gy3: Crystal Structure of C. glutamicum AmtR bound to glnA operator DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gy3
タイトルCrystal Structure of C. glutamicum AmtR bound to glnA operator DNA
要素
  • AmtR protein
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*C)-3')
キーワードTRANSCRIPTION / transcription regulator / TetR family / nitrogen regulation
機能・相同性Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / AmtR protein / Repressor of the high-affinity (Methyl) ammonium uptake system
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.68 Å
データ登録者Sevvana, M. / Muller, Y.A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP1395 ドイツ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: The role of DNA flexibility in transcription regulator AmtR-DNA interaction
著者: Schwab, C. / Sevvana, M. / Seidel, G. / Sandmann, A. / Grau, F.C. / Muller, Y.A.
履歴
登録2018年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AmtR protein
B: AmtR protein
C: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6854
ポリマ－55,6854
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5570 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.320, 76.150, 117.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B
112(CHAIN C AND (RESID 1 THROUGH 6 OR RESID 8 THROUGH 11 OR RESID 13 THROUGH 18))
212(CHAIN D AND (RESID 1 THROUGH 6 OR RESID 8 THROUGH 11 OR RESID 13 THROUGH 18))

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 AmtR protein


分子量: 22327.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: first 14 residues cleaved off due to factor Xa protease treatment electron density allowed tracing of residues 19-220 in both protomers
由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: amtR / プラスミド: pMALc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7C699, UniProt: Q79VH8*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 5539.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*AP*TP*CP*TP*AP*TP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 5490.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.68→33.289 Å / Num. obs: 16335 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.964 % / Biso Wilson estimate: 53.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.46
反射 シェル解像度: 2.68→2.75 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MQQ

5mqq


解像度: 2.68→33.29 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 28.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 812 4.99 %
Rwork0.208 --
obs0.21 16275 98.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.68→33.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 732 0 0 3872
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプ
11A1230X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1230X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
21C300X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D300X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6802-2.8480.34311290.27612448X-RAY DIFFRACTION95
2.848-3.06780.30151340.26862545X-RAY DIFFRACTION100
3.0678-3.37630.30071320.25372545X-RAY DIFFRACTION98
3.3763-3.86420.29121350.22042569X-RAY DIFFRACTION99
3.8642-4.8660.23871370.18272615X-RAY DIFFRACTION99
4.866-33.29150.19121450.1742741X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.25550.0523-0.29410.1628-0.35680.94070.140.06580.06810.23570.2523-0.0478-0.4871-0.39270.0620.58280.01020.04340.3901-0.12450.321413.791738.388921.1523
20.03350.0513-0.01110.06650.0190.02930.39530.42410.2505-0.17340.17840.3582-0.10040.27280.00050.58650.0811-0.01720.49690.09520.393916.197836.9551-8.08
30.10010.0752-0.02860.14230.02060.04830.1241-0.1337-0.04130.5713-0.30360.55680.07880.2104-0.00060.40350.05180.08730.4519-0.0560.38629.684920.140721.9917
40.02510.0134-0.00660.0326-0.02480.0203-0.23870.30990.2990.5788-0.0003-0.04980.3852-0.2828-0.00050.43130.0358-0.07940.4916-0.04740.362213.107528.997127.1467
50.11720.03550.06790.01120.01850.0303-0.0175-0.3164-0.03670.1198-0.0518-0.22660.23210.076900.58040.1136-0.10670.5038-0.01570.498322.96257.751325.9812
60.15840.0870.01290.10230.04820.0598-0.215-0.2592-0.2850.32970.11660.18840.65810.1416-0.0580.96310.06970.11120.49260.06840.49717.7798-4.18524.1274
70.21380.02320.01820.00260.00280.00170.06260.2055-0.2588-0.04540.1361-0.1054-0.03020.30590.00210.3835-0.0302-0.03050.57090.04230.460124.69713.859413.9732
80.0411-0.00430.01640.015-0.0220.071-0.10960.1198-0.1499-0.07360.0542-0.06270.10420.260.00050.72320.1476-0.16350.61910.04560.749929.7259-1.852618.7329
90.04430.03080.05590.18860.13750.11980.4902-0.24420.14770.43790.0064-0.08740.1885-0.00760.0160.56290.02950.12880.3031-0.05740.508522.3505-6.325912.5593
100.1620.1062-0.02240.07610.01150.0766-0.1759-0.163-0.38320.08-0.03770.01160.3978-0.0418-0.55610.6973-0.17120.4050.30030.05150.55279.483-5.399722.3712
110.0008-00.00050.0002-0.0004-0.00010.0209-0.107-0.0140.2635-0.04450.1536-0.0306-0.0697-0.17681.22720.06640.34850.48150.28660.736619.9082-20.45320.8193
121.02830.04430.27960.15620.20870.3249-0.0761-0.262-0.5591-0.1360.07210.08030.14850.41180.09691.66090.06790.28640.76040.29080.781718.2164-11.723933.3309
130.0824-0.1458-0.13790.59960.26780.2480.06420.15020.2027-0.2148-0.2723-0.1769-0.26740.0373-0.01450.23830.0132-0.06020.37480.01490.265221.79621.9456-6.078
140.11270.1991-0.1480.3675-0.23390.3922-0.15310.5232-0.3407-0.21730.03750.05470.2729-0.1896-0.29920.2215-0.0384-0.05940.4685-0.18490.639710.71235.7887-7.0367
150.71260.20580.41581.2815-1.04841.43980.01370.2779-0.1661-0.3192-0.25190.34020.6019-0.0754-1.27120.2827-0.10860.07120.2785-0.17710.538915.0485-5.6072-1.0423
160.135-0.02330.01780.1675-0.13240.08630.1137-0.2049-0.0157-0.34250.20820.1486-0.14430.1448-0.00010.4646-0.01590.13750.48680.13470.419217.731637.4666-4.6294
170.03120.0072-0.02710.01690.01250.01590.17880.03770.2418-0.06730.1657-0.2558-0.4854-0.1210.00030.6961-0.0430.00210.5031-0.07520.339815.47538.180424.8528
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'D' AND (RESID 1 THROUGH 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'D' AND (RESID 11 THROUGH 18 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 19 THROUGH 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 62 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 63 THROUGH 87 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 88 THROUGH 117 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 128 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 129 THROUGH 150 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'A' AND (RESID 151 THROUGH 168 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'A' AND (RESID 169 THROUGH 199 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'A' AND (RESID 200 THROUGH 207 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'A' AND (RESID 208 THROUGH 220 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 19 THROUGH 62 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 63 THROUGH 87 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 88 THROUGH 220 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 1 THROUGH 10 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 11 THROUGH 18 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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