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- PDB-6gy3: Crystal Structure of C. glutamicum AmtR bound to glnA operator DNA -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6gy3 | ||||||
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Title | Crystal Structure of C. glutamicum AmtR bound to glnA operator DNA | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSCRIPTION / transcription regulator / TetR family / nitrogen regulation | ||||||
Function / homology | Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / DNA binding / DNA / DNA (> 10) / AmtR protein / Repressor of the high-affinity (Methyl) ammonium uptake system![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sevvana, M. / Muller, Y.A. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: The role of DNA flexibility in transcription regulator AmtR-DNA interaction Authors: Schwab, C. / Sevvana, M. / Seidel, G. / Sandmann, A. / Grau, F.C. / Muller, Y.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 209 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 166.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 432.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 435.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 16 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mqqS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
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Components
#1: Protein | Mass: 22327.311 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: first 14 residues cleaved off due to factor Xa protease treatment electron density allowed tracing of residues 19-220 in both protomers Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: DNA chain | | Mass: 5539.616 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: DNA chain | | Mass: 5490.578 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.86 Å3/Da / Density % sol: 57 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 9, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.68→33.289 Å / Num. obs: 16335 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 6.964 % / Biso Wilson estimate: 53.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 21.46 |
Reflection shell | Resolution: 2.68→2.75 Å / Redundancy: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.618 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 90.1 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5MQQ Resolution: 2.68→33.29 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / Phase error: 28.07
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.68→33.29 Å
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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