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万見
- PDB-6gy1: rat COMT in complex with inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gy1
タイトルrat COMT in complex with inhibitor
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Magnesium Ion Binding / O-Methyltransferase Activity / Neurotransmitter Catabolic Process
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / response to olanzapine / response to risperidone / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / response to salt / glomerulus development / norepinephrine metabolic process / short-term memory / response to angiotensin / fear response / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / prostaglandin metabolic process / response to food / response to pain / negative regulation of dopamine metabolic process / response to corticosterone / response to temperature stimulus / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / exploration behavior / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to cytokine / response to amphetamine / learning / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / kidney development / female pregnancy / visual learning / response to toxic substance / regulation of blood pressure / response to wounding / response to estrogen / memory / cognition / multicellular organism growth / cell body / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / methylation / gene expression / dendritic spine / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FGQ / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Schulze, M.-S.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Optimization of 8-Hydroxyquinolines as Inhibitors of Catechol O-Methyltransferase.
著者: Buchler, I. / Akuma, D. / Au, V. / Carr, G. / de Leon, P. / DePasquale, M. / Ernst, G. / Huang, Y. / Kimos, M. / Kolobova, A. / Poslusney, M. / Wei, H. / Swinnen, D. / Montel, F. / Moureau, F. ...著者: Buchler, I. / Akuma, D. / Au, V. / Carr, G. / de Leon, P. / DePasquale, M. / Ernst, G. / Huang, Y. / Kimos, M. / Kolobova, A. / Poslusney, M. / Wei, H. / Swinnen, D. / Montel, F. / Moureau, F. / Jigorel, E. / Schulze, M.E.D. / Wood, M. / Barrow, J.C.
履歴
登録2018年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,7215
ポリマ－24,9171
非ポリマー8044
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area8890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.410, 50.410, 168.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24916.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

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非ポリマー , 5種, 46分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 化合物 ChemComp-FGQ / 7-fluoranyl-5-(4-methylphenyl)sulfonyl-quinolin-8-ol


分子量: 317.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12FNO3S
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM Bis-Tris propane, 100 mM NaCl, 1.2-1.8 M (NH4)2SO4
PH範囲: 5.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→56.111 Å / Num. all: 15123 / Num. obs: 15123 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 28.91 Å2 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.086 / Rsym value: 0.073 / Net I/av σ(I): 6.6 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 51463
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.1-2.213.50.3032.521400.1890.3590.30399.5
2.21-2.353.10.2821.920010.1940.3450.28298.1
2.35-2.513.50.1465.119400.090.1720.14699.6
2.51-2.713.50.1186.317950.0720.1390.11899.7
2.71-2.973.50.0828.417010.050.0970.08299.7
2.97-3.323.50.0610.815190.0360.0710.0699.6
3.32-3.833.40.069.813570.0370.0710.0699.4
3.83-4.73.40.05210.411640.0310.0610.05299.6
4.7-6.643.40.04312.19360.0270.0510.04399.5
6.64-42.25830.0411.65700.0260.0480.0498.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S68

3s68


解像度: 2.1→42.258 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 744 4.99 %
Rwork0.2123 --
obs0.2141 14913 97.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 65.69 Å2 / Biso mean: 30.3001 Å2 / Biso min: 16.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→42.258 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 53 42 1767
Biso mean--29.69 27.77 -
残基数----212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1001-2.26220.33921440.30772621276593
2.2622-2.48990.29661680.23742775294399
2.4899-2.85010.3041490.23742837298699
2.8501-3.59050.27191340.22252916305099
3.5905-42.26670.18471490.17263020316999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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