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- PDB-6gxs: Crystal structure of CV39L lectin from Chromobacterium violaceum ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gxs
タイトルCrystal structure of CV39L lectin from Chromobacterium violaceum at 1.8 A resolution
要素CV39L lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Lectin
機能・相同性DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sykorova, P. / Novotna, J. / Demo, G. / Pompidor, G. / Dubska, E. / Komarek, J. / Fujdiarova, E. / Haronikova, L. / Varrot, A. / Imberty, A. ...Sykorova, P. / Novotna, J. / Demo, G. / Pompidor, G. / Dubska, E. / Komarek, J. / Fujdiarova, E. / Haronikova, L. / Varrot, A. / Imberty, A. / Shilova, N. / Bovin, N. / Pokorna, M. / Wimmerova, M.
資金援助 チェコ, 2件
組織認可番号国
Czech Science Foundation13-25401S チェコ
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicCEITEC 2020 (LQ1601) チェコ
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Characterization of novel lectins from Burkholderia pseudomallei and Chromobacterium violaceum with seven-bladed beta-propeller fold.
著者: Sykorova, P. / Novotna, J. / Demo, G. / Pompidor, G. / Dubska, E. / Komarek, J. / Fujdiarova, E. / Houser, J. / Haronikova, L. / Varrot, A. / Shilova, N. / Imberty, A. / Bovin, N. / Pokorna, M. / Wimmerova, M.
履歴
登録2018年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CV39L lectin
B: CV39L lectin
C: CV39L lectin
D: CV39L lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,98221
ポリマ－159,2454
非ポリマー1,73717
水22,9691275
1
A: CV39L lectin
D: CV39L lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,0697
ポリマ－79,6222
非ポリマー4465
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
2
B: CV39L lectin
C: CV39L lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,91414
ポリマ－79,6222
非ポリマー1,29112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.709, 123.781, 180.935
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CV39L lectin


分子量: 39811.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (strain ATCC 12472 / DSM 30191 / JCM 1249 / NBRC 12614 / NCIMB 9131 / NCTC 9757) (バクテリア)
遺伝子: CV_1052 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7NZ70

-
非ポリマー , 5種, 1292分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / Density meas: 1471639.375 Mg/m3 / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, 25% PEG 4000, 0.2M ammonium sulphate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.967 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.967 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→80.93 Å / Num. obs: 137285 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 19822 / CC1/2: 0.953 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→73.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.661 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.022 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18852 6893 5 %RANDOM
Rwork0.15279 ---
obs0.15458 130295 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 12.009 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.64 Å20 Å20 Å2
2---1.67 Å2-0 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→73.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10790 0 100 1275 12165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.01911271
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.029284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0141.91715415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.115321673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.40451456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.23225.444529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.647151399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.84158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21522
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02113247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2361.0735803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2341.0725802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.771.6027251
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.771.6037252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2021.2975468
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2021.2975468
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.1321.868160
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.35413.80913037
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.16813.3812689
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 470 -
Rwork0.2 9574 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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