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- PDB-6gwp: Crystal Structure of Stabilized Active Plasminogen Activator Inhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gwp
タイトルCrystal Structure of Stabilized Active Plasminogen Activator Inhibitor-1 (PAI-1-stab) in Complex with Two Inhibitory Nanobodies (VHH-2g-42, VHH-2w-64)
要素
  • Plasminogen Activator Inhibitor-1
  • VHH-2g-42
  • VHH-2w-64
キーワードHYDROLASE / plasminogen activator inhibitor-1 / PAI-1 / PAI-1-stab / serpin / protease inhibitor / serine protease inhibitor / nanobody / antibody fragment / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation ...positive regulation of leukotriene production involved in inflammatory response / dentinogenesis / negative regulation of smooth muscle cell-matrix adhesion / peptidase inhibitor complex / positive regulation of coagulation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / negative regulation of smooth muscle cell migration / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of wound healing / positive regulation of odontoblast differentiation / negative regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of signaling receptor activity / negative regulation of plasminogen activation / positive regulation of monocyte chemotaxis / Dissolution of Fibrin Clot / replicative senescence / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / ECM proteoglycans / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / serine protease inhibitor complex / fibrinolysis / negative regulation of proteolysis / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / negative regulation of cell migration / platelet alpha granule lumen / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / Platelet degranulation / : / cellular response to lipopolysaccharide / protease binding / angiogenesis / defense response to Gram-negative bacterium / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Vicugna pacos (アルパカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Sillen, M. / Weeks, S.D. / Strelkov, S.V. / Declerck, P.J.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Research Foundation - FlandersG072915N ベルギー
Research Foundation - Flanders11ZQ916N ベルギー
引用ジャーナル: J.Thromb.Haemost. / 年: 2020
タイトル: Molecular mechanism of two nanobodies that inhibit PAI-1 activity reveals a modulation at distinct stages of the PAI-1/plasminogen activator interaction.
著者: Sillen, M. / Weeks, S.D. / Zhou, X. / Komissarov, A.A. / Florova, G. / Idell, S. / Strelkov, S.V. / Declerck, P.J.
履歴
登録2018年6月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen Activator Inhibitor-1
B: VHH-2g-42
C: VHH-2w-64


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5913
ポリマ－68,5913
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2820 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area26090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.681, 70.797, 98.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen Activator Inhibitor-1


分子量: 42751.008 Da / 分子数: 1 / 変異: N150H-K154T-Q301P-Q319L-M354I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETHSUK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: P05121
#2: 抗体 VHH-2g-42


分子量: 12752.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pETHSUK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS
#3: 抗体 VHH-2w-64


分子量: 13087.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / プラスミド: pETHSUK2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2 pLysS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.14 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 17 % w/v PEG 3350, 3 % v/v methanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月21日
詳細: CRLs and a half-Kirkpatrick-Baez (KB) geometry as the vertical and horizontal focusing systems
放射モノクロメーター: Si (111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→97.674 Å / Num. obs: 30312 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 46.45 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 115963
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.18-2.33.91.6181688243610.7190.9911.9071.496.8
6.9-97.6743.80.05391110400.9950.030.05923.699.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSJune 1, 2017 (BUILT=20170923)データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DB2, 5JA8, 5JA9

1db2

5ja8

5ja9


解像度: 2.28→97.674 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 28.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 1362 5.13 %
Rwork0.2029 25191 -
obs0.2041 26553 97.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 138.83 Å2 / Biso mean: 61.2692 Å2 / Biso min: 27.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.28→97.674 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4686 0 0 64 4750
Biso mean---49.24 -
残基数----604
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2226502
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005838
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4741725
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.28-2.36150.3741390.33062526266598
2.3615-2.45610.30461160.27742587270399
2.4561-2.56790.29741300.272553268399
2.5679-2.70330.33811610.2812467262897
2.7033-2.87270.33611190.26652531265098
2.8727-3.09450.25051300.25142534266497
3.0945-3.40590.24051200.23062502262296
3.4059-3.89880.24151440.20982287243189
3.8988-4.9120.17431550.14862564271999
4.912-97.76370.16441480.150226402788100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.241-0.51171.29411.4155-0.76253.3182-0.1504-0.18210.1602-0.0430.10750.0716-0.4007-0.42870.03920.28430.02510.02890.3935-0.04530.3749-30.2576-8.7577-21.7112
24.39420.9162-2.44761.38990.37553.56440.0853-0.195-0.0686-0.0046-0.0698-0.1919-0.04910.34870.00070.36050.0461-0.06040.32120.05340.3546-16.0126-4.584-57.4799
31.202-0.9478-0.67353.90920.47834.61540.1303-0.2332-0.15490.03960.0939-0.20451.10770.0319-0.23730.52660.0129-0.08650.41450.04880.3849-6.2848-39.7695-10.4141
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 6:379)A6 - 379
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:115)B1 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:121)C1 - 121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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