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- PDB-6gw3: Structure of TKS from Cannabis sativa in complex with CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gw3
タイトルStructure of TKS from Cannabis sativa in complex with CoA
要素
  • 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
  • 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase,3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
キーワードLIGASE / 3 / 5 / 7-trioxododecanoyl-CoA synthase / polyketide synthase / PKS type III
機能・相同性
機能・相同性情報


3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Sリアーゼ類; - / cannabinoid biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like ...Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cannabis sativa (アサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Karuppiah, V. / Leys, D.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a PKS class III from Cannabis sativa
著者: Kearsey, L. / Karuppiah, V. / Leys, D. / Takano, E. / Scrutton, N.S.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
B: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
C: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
D: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase,3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,54310
ポリマ－183,2614
非ポリマー3,2826
水22,6271256
1
A: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
B: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,4946
ポリマ－85,7472
非ポリマー1,7474
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
D: 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase,3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,0494
ポリマ－97,5142
非ポリマー1,5352
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.560, 123.288, 87.939
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISTYRTYRAA3 - 3856 - 388
21HISHISTYRTYRBB3 - 3856 - 388
12LEULEULYSLYSAA4 - 3847 - 387
22LEULEULYSLYSCC4 - 3847 - 387
13LEULEUPROPROAA4 - 3827 - 385
23LEULEUPROPRODD4 - 382108 - 486
14LEULEULYSLYSBB4 - 3847 - 387
24LEULEULYSLYSCC4 - 3847 - 387
15LEULEUPROPROBB4 - 3827 - 385
25LEULEUPROPRODD4 - 382108 - 486
16LEULEUPROPROCC4 - 3827 - 385
26LEULEUPROPRODD4 - 382108 - 486

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / Olivetol synthase / Polyketide synthase-1 / Tetraketide synthase


分子量: 42873.285 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OLS, CAN24, PKS-1, TKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1Q2B6, 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
#2: タンパク質 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase,3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase / Olivetol synthase / Polyketide synthase-1 / Tetraketide synthase


分子量: 54640.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cannabis sativa (アサ) / 遺伝子: OLS, CAN24, PKS-1, TKS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B1Q2B6, 3,5,7-trioxododecanoyl-CoA synthase
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.34 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 20000, 0.1 M Hepes, pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→82.87 Å / Num. obs: 280655 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.39→1.42 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 13838 / CC1/2: 0.8 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YJY

4yjy


解像度: 1.39→82.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.93 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.05 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15469 13987 5 %RANDOM
Rwork0.11831 ---
obs0.12012 266625 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.959 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å20.23 Å2
2---0.46 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.39→82.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11839 0 206 1256 13301
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.01912554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.0212157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7911.99217019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.516328146
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.21907
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02114021
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022699
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1621.7846246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1481.7846245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4892.6777841
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4922.6787842
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9762.3416308
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9762.3416309
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2953.3179164
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.75720.83410077
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.75620.83410078
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.801324707
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.8995360
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.154525333
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A237700.1
12B237700.1
21A238880.08
22C238880.08
31A235130.09
32D235130.09
41B238120.09
42C238120.09
51B238700.08
52D238700.08
61C232220.1
62D232220.1
LS精密化 シェル解像度: 1.394→1.43 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 1022 -
Rwork0.205 19514 -
obs--97.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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