PDB-6gw2: GII.10 human norovirus protruding domain in complex with tauroche...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gw2

タイトル

GII.10 human norovirus protruding domain in complex with taurochenodeoxycholate (TCDCA)

要素

Capsid protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GII.10 / P domain / TCDCA / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

Positive stranded ssRNA viruses / Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins) / Positive stranded ssRNA viruses / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein C-terminal / Calicivirus coat protein / Calicivirus coat protein / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Norwalk virus (ノロウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Human Norovirus Capsid Binding to Bile Acids.
著者: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gw2.cif.gz	256.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gw2.ent.gz	206.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gw2_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gw2_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6gw2_validation.xml.gz	26 KB	表示
CIF形式データ	6gw2_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gw/6gw2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gvzC 6gw0C 6gw1C 6gw4C 3onuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3onu-d 4z4z-d 3ony-2 5hza-d 3q6q-d 6jyo-1 6gw1-d 3q6r-d 5zvc-d 5bsx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein

B: Capsid protein

ヘテロ分子

70.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.830, 87.910, 108.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-756- HOH
2	1	A-793- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein 分子量: 34419.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norwalk virus (ノロウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F4T5
#2: 化合物	ChemComp-TUD / TAUROCHENODEOXYCHOLIC ACID / 2-(((3ALPHA,5BETA,7ALPHA)-3,7-DIHYDROXY-24-OXOCHOLAN-24-YL)AMINO)ETHANESULFONIC ACID / TAUROCHENODEOXYCHOLATE / タウロケノデオキシコ-ル酸分子量: 499.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₅NO₆S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.45 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0,1M Magnesium acetate tetrahydrate 0,1M Sodium citrate pH 5,8 14% w/v PEG 5000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.12 Å / Num. obs: 48586 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 34.59 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.09804 / R_pim(I) all: 0.04248 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 11.02
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.6477 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 4669 / CC_1/2: 0.793 / R_pim(I) all: 0.2783 / R_rim(I) all: 0.7062 / % possible all: 97.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Jun 1, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 1, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ONU

3onu

解像度: 2.05→46.118 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2063	2430	5 %
R_work	0.1695	-	-
obs	0.1713	48564	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.118 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4694	0	88	273	5055

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4921
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.685	6758
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.018	2857
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	771
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	875

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0471-2.0889	0.3418	135	0.2567	2555	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0889-2.1343	0.2292	139	0.2223	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1343-2.184	0.2213	141	0.1995	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.2386	0.2396	143	0.196	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2386-2.2991	0.2161	142	0.1858	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2991-2.3668	0.2336	142	0.1816	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3668-2.4431	0.2573	142	0.1868	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4431-2.5305	0.2223	141	0.1784	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5305-2.6318	0.2764	142	0.1875	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6318-2.7515	0.2157	144	0.1878	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7515-2.8966	0.215	141	0.1815	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8966-3.078	0.2118	144	0.1786	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.3156	0.238	143	0.1804	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3156-3.6492	0.2286	145	0.1637	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6492-4.1769	0.1707	145	0.1454	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1769-5.2613	0.1547	147	0.1331	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2613-46.1293	0.1847	154	0.1682	2918	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2152	-0.5236	0.0379	2.2246	1.0741	1.3791	0.0301	0.1604	-0.214	-0.1203	0.012	-0.055	0.6247	0.2038	-0.0361	0.3739	0.0447	-0.03	0.2342	-0.0138	0.2768	9.6506	-35.2793	-33.6598
2	3.7822	-0.7752	-2.3533	1.8721	1.1419	5.977	0.1393	-0.0078	0.0255	-0.1261	-0.1077	0.2169	0.0949	-0.3758	-0.0088	0.1904	-0.0283	-0.0286	0.2999	0.0415	0.3012	-3.923	-26.0914	-27.7863
3	3.0505	-1.3089	0.381	2.2282	1.1625	1.2575	-0.015	-0.2751	-0.2485	0.0085	-0.1198	0.2848	0.1789	-0.3915	-0.0072	0.2626	-0.1102	-0.0125	0.4494	0.0487	0.3955	-10.238	-27.035	-20.4478
4	1.725	-0.0586	0.0909	1.0715	0.0609	2.8818	0.1476	-0.0591	-0.1931	0.0748	-0.0479	0.1375	0.5142	-0.4311	-0.0167	0.2923	-0.0825	-0.0432	0.2704	0.0433	0.255	0.2891	-31.0189	-21.7014
5	4.1938	-0.9136	0.1807	4.3335	0.0842	1.2886	0.0895	0.6512	-0.2309	-0.3153	-0.1513	-0.0973	0.5689	0.4635	0.1292	0.6213	0.2101	-0.022	0.454	-0.0888	0.3279	15.8883	-39.6651	-42.8247
6	1.3346	-2.1822	-0.0238	4.7719	0.8383	0.5133	0.2105	0.5593	-0.3596	-0.6197	-0.1137	-0.2764	0.7007	0.6299	-0.2736	0.7141	0.2265	0.0017	0.4562	-0.0977	0.3027	14.8702	-41.8443	-48.7645
7	1.8905	0.1506	1.0441	1.0364	-1.3659	4.0758	0.0512	0.0858	0.1138	0.0608	-0.0861	-0.1445	-0.1034	0.3873	0.0395	0.2328	-0.0105	0.0002	0.2406	-0.0152	0.3282	16.2533	-13.2507	-26.8805
8	0.8776	-0.5091	0.5843	4.0225	-2.4323	2.9484	0.2978	-0.1133	-0.063	-0.0142	-0.3867	-0.282	0.4364	0.3614	0.0985	0.328	0.0053	-0.0485	0.3171	0.0161	0.3405	16.6497	-25.701	-13.8805
9	1.5766	0.2895	0.1829	1.3857	-0.8262	3.0026	0.1598	-0.1566	0.2135	0.2901	-0.1318	-0.1238	-0.4962	0.3558	0.0269	0.3116	-0.0561	-0.0143	0.269	-0.0217	0.3066	14.9568	-9.5805	-18.4745
10	2.3228	-0.4725	0.1888	1.9466	-0.8386	3.4842	0.0823	0.3838	0.3069	-0.0518	0.0943	0.1843	-0.423	-0.2859	-0.089	0.2607	0.0481	0.0277	0.3783	0.1303	0.349	5.0393	-5.373	-43.7944

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 226 through 266 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 267 through 294 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 295 through 327 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 328 through 472 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 473 through 521 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 522 through 538 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 225 through 327 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 328 through 354 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 355 through 455 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 456 through 538 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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