PDB-6gvz: GII.1 human norovirus protruding domain in complex with glycochen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gvz

タイトル

GII.1 human norovirus protruding domain in complex with glycochenodeoxycholate (GCDCA)

要素

Capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / Norovirus / GII.1 / P domain / GCDCA / HBGA

機能・相同性

機能・相同性情報

virion component / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Norovirus Hu/GII.1/7EK/Hawaii/1971/USA (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Kilic, T. / Hansman, G.S.

引用

ジャーナル: J. Virol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Human Norovirus Capsid Binding to Bile Acids.
著者: Kilic, T. / Koromyslova, A. / Hansman, G.S.

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月7日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2019年1月16日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gvz.cif.gz	185.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gvz.ent.gz	148.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gvz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gvz_validation.pdf.gz	639.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gvz_full_validation.pdf.gz	639.2 KB	表示
XML形式データ	6gvz_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	6gvz_validation.cif.gz	22.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/6gvz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/6gvz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gw0C 6gw1C 6gw2C 6gw4C 4roxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gw0-d 3sjp-d 5zuq-d 3onu-2 6gw4-d 3r6k-d 2obt-d 3pa1-2 3onu-3 2obs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Capsid protein VP1

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.980, 99.390, 79.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-734- HOH
2	1	A-799- HOH
3	1	A-803- HOH
4	1	A-835- HOH
5	1	A-932- HOH
6	1	A-953- HOH

#1: タンパク質	Capsid protein VP1 分子量: 33650.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal GPGS is part of an expression tag. 由来: (組換発現) Norovirus Hu/GII.1/7EK/Hawaii/1971/USA (ウイルス) 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: J9XXB7
#2: 化合物	ChemComp-CHO / GLYCOCHENODEOXYCHOLIC ACID / グリコケノデオキシコ-ル酸分子量: 449.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₃NO₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.96 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0,1M Sodium chloride 0,005 M Magnesium chloride hexahydrate 0,1 M Tris 8,5 30 % w/v PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→59.86 Å / Num. obs: 44174 / % possible obs: 99.36 % / 冗長度: 13.7 % / B_iso Wilson estimate: 16.68 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05719 / R_pim(I) all: 0.01599 / R_rim(I) all: 0.05943 / Net I/σ(I): 27.7
反射シェル	解像度: 1.54→1.59 Å / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.6674 / Mean I/σ(I) obs: 3.57 / Num. unique obs: 4133 / CC_1/2: 0.938 / R_pim(I) all: 0.1883 / R_rim(I) all: 0.694 / % possible all: 94.22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS	VERSION Jun 1, 2017	データ削減
XSCALE	VERSION Jun 1, 2017	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ROX

4rox

解像度: 1.54→33.892 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 18.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1889	2209	5 %
R_work	0.1678	-	-
obs	0.1689	44175	99.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→33.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2344	0	32	269	2645

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	3391
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.306	1441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	381
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	447

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5355-1.5689	0.4076	123	0.3878	2329	X-RAY DIFFRACTION	90
1.5689-1.6054	0.2748	138	0.24	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6054-1.6456	0.1985	137	0.1974	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6456-1.6901	0.2251	137	0.1866	2612	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6901-1.7398	0.2004	138	0.171	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7398-1.796	0.1781	137	0.1771	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.796-1.8601	0.1816	138	0.1684	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8601-1.9346	0.1917	139	0.17	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9346-2.0226	0.1997	139	0.1648	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0226-2.1293	0.2012	137	0.1677	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1293-2.2626	0.1864	139	0.1613	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2626-2.4373	0.1887	138	0.1668	2626	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4373-2.6825	0.2065	140	0.1665	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6825-3.0704	0.1882	141	0.1676	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0704-3.8675	0.1622	141	0.1606	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8675-33.8999	0.1692	147	0.1469	2798	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.017	-0.4763	1.0615	1.6082	-0.023	2.8962	-0.1274	0.16	-0.0047	-0.2752	-0.0762	-0.2105	0.1075	0.161	0.2036	0.211	-0.0081	0.0802	0.1853	0.0493	0.2122	0.8797	-12.313	-1.3493
2	0.4352	0.4391	-0.2488	1.7196	-0.5728	0.8027	-0.0094	0.0064	0.0976	-0.0522	0.0736	0.099	0.0217	-0.0613	-0.0523	0.1099	-0.0015	-0.0063	0.1564	0.0184	0.1647	-7.0019	-24.2113	11.9623
3	0.6088	0.3356	-0.5088	0.8741	-0.2047	0.6054	-0.0428	0.0636	0.0985	-0.0622	0.1446	0.2078	0.1326	-0.1916	-0.1077	0.158	-0.0372	-0.0247	0.1812	0.041	0.168	-14.39	-39.3726	17.602
4	0.2053	-0.3374	0.2062	1.1891	-0.097	0.8044	0.0201	0.0283	0.0904	-0.1636	-0.013	-0.054	-0.0342	-0.0061	-0.0198	0.137	-0.0045	0.0215	0.1568	0.0192	0.1792	-1.5043	-20.0437	6.1682
5	5.7087	0.3962	0.0118	4.7304	0.5775	4.4455	0.0602	0.1112	0.0829	-0.4597	-0.0075	0.0225	0.0034	-0.0548	-0.072	0.2106	0.0293	0.0174	0.1374	0.0252	0.1483	-3.8474	-15.5064	-2.1911

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 500 through 525 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 221 through 293 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 294 through 423 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 424 through 479 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 480 through 499 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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