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万見
- PDB-6gvy: Mutant M16A of RNA dependent RNA polymerase 3D from Foot-and-Mout... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvy
タイトルMutant M16A of RNA dependent RNA polymerase 3D from Foot-and-Mouth disease Virus complexed with an template -primer RNA
要素
  • Genome polyprotein
  • RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*GP*G)-3')
  • RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA dependent RNA polymerase / Picornavirus / closed right hand conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Verdaguer, N. / Ferrer-Orta, C.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2014-54588- スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessMaria de Maeztu Unit of Excellence MDM-2014-0435 スペイン
引用ジャーナル: J. Virol. / 年: 2018
タイトル: Contribution of a Multifunctional Polymerase Region of Foot-and-Mouth Disease Virus to Lethal Mutagenesis.
著者: de la Higuera, I. / Ferrer-Orta, C. / Moreno, E. / de Avila, A.I. / Soria, M.E. / Singh, K. / Caridi, F. / Sobrino, F. / Sarafianos, S.G. / Perales, C. / Verdaguer, N. / Domingo, E.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*GP*G)-3')
C: RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2614
ポリマ－58,1693
非ポリマー921
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area20750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.073, 94.073, 99.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 54050.219 Da / 分子数: 1 / 変異: M16A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type C (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0QEE0, UniProt: P03311*PLUS
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 1601.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*CP*UP*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 2517.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30% PEG 4000, 0.2M magnesium acetate, 0.1M MES[2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid] pH 6.0 and 4% butyrolactone.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 26375 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Num. unique all: 3774

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1wne

1wne


解像度: 2.2→42.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 20.746 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27425 1349 5.1 %RANDOM
Rwork0.2328 ---
obs0.23484 24864 99.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å2-0.08 Å2-0 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3---0.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→42.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3725 258 6 42 4031
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0144105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9071.6235616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.781.6858214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9525474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.13121.691207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14615623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0281527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02808
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3064.8661899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3064.8631898
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2257.2922372
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2257.2962373
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1565.1542206
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1555.1542206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.947.7083245
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.02656.5484597
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.02556.5554598
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.567 75 -
Rwork0.514 1699 -
obs--93.61 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3316-0.08160.40312.1414-0.4510.8769-0.0806-0.01630.0339-0.150.0866-0.07920.1079-0.1471-0.0060.1456-0.0007-0.03740.1912-0.01150.020318.478426.495823.9383
24.3706-4.3498-2.24287.67677.724210.1618-0.3231-0.4263-0.10150.27610.43180.0080.09070.2211-0.10870.03080.03640.02780.16130.1070.134314.93636.648223.8513
30.0083-0.001-0.00970.0025-0.0020.0173-0.03080.01070.0010.01430.0168-0.00010.0243-0.03780.0140.1630.03780.01540.1507-0.01020.121714.08134.503430.1702
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 475
2X-RAY DIFFRACTION2B916 - 920
3X-RAY DIFFRACTION3C904 - 910

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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