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万見
- PDB-6gvm: Tubulin:F3II DARPin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gvm
タイトルTubulin:F3II DARPin complex
要素
  • F3II DARPIN
  • STATHMIN-LIKE DOMAIN R1
  • Tubulin alpha chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / microtubule / DARPIN / STATHmin-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / forebrain morphogenesis / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / glial cell differentiation / neuron projection arborization / flagellated sperm motility / centrosome cycle / response to L-glutamate ...axonemal microtubule / organelle transport along microtubule / forebrain morphogenesis / cerebellar cortex morphogenesis / dentate gyrus development / glial cell differentiation / neuron projection arborization / flagellated sperm motility / centrosome cycle / response to L-glutamate / pyramidal neuron differentiation / smoothened signaling pathway / regulation of synapse organization / startle response / motor behavior / locomotory exploration behavior / response to tumor necrosis factor / microtubule polymerization / response to mechanical stimulus / sperm flagellum / microtubule-based process / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / cellular response to calcium ion / adult locomotory behavior / intracellular protein transport / neuromuscular junction / synapse organization / visual learning / recycling endosome / cerebral cortex development / structural constituent of cytoskeleton / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron migration / neuron apoptotic process / gene expression / microtubule / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / GTP binding / protein-containing complex binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...Helix hairpin bin / Ankyrin repeat-containing domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Helix Hairpins / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Tubulin beta chain / Tubulin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Gigant, B. / Campanacci, V. / Cantos Fernandes, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Insight into microtubule nucleation from tubulin-capping proteins.
著者: Campanacci, V. / Urvoas, A. / Cantos-Fernandes, S. / Aumont-Nicaise, M. / Arteni, A.A. / Velours, C. / Valerio-Lepiniec, M. / Dreier, B. / Pluckthun, A. / Pilon, A. / Pous, C. / Minard, P. / Gigant, B.
履歴
登録2018年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32019年5月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha chain
B: Tubulin beta chain
C: STATHMIN-LIKE DOMAIN R1
D: F3II DARPIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,5647
ポリマ－128,5734
非ポリマー9913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10120 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area39130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.267, 51.721, 144.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Tubulin alpha chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWZ0
#2: タンパク質 Tubulin beta chain


分子量: 49999.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ovis aries (ヒツジ) / 参照: UniProt: D0VWY9
#3: タンパク質 STATHMIN-LIKE DOMAIN R1


分子量: 10117.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: タンパク質 F3II DARPIN


分子量: 18251.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 3種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: PEG5000MME, Mes pH 6.0, 150 mM AMMONIUM SULFATE, 50 mM KCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→49.3 Å / Num. obs: 15398 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 46.67 Å2 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.73 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EYP, 4F6R

5eyp

4f6r


解像度: 3.5→49.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.745 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.716 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 1.204
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 738 9.51 %RANDOM
Rwork0.245 ---
obs0.248 7763 50 %-
原子変位パラメータBiso mean: 57.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.4087 Å20 Å21.6235 Å2
2---14.5218 Å20 Å2
3---7.113 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.65 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.5→49.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8335 0 61 0 8396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0098570HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0711637HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2944SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes231HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1272HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8570HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.77
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.4
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1129SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9605SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.91 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2843 -9.47 %
Rwork0.2439 698 -
all0.2476 771 -
obs--17.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8564-1.42860.80883.46090.61270.94140.06130.0245-0.12560.49720.15420.5179-0.3028-0.4269-0.21550.2137-0.03130.5081-0.32610.0772-0.0082-9.5936-27.724548.6187
23.1928-1.08960.05912.80280.59073.64810.211-0.05370.0921-0.25220.0828-0.1162-0.33640.2767-0.29380.1268-0.11990.4613-0.68390.0517-0.089722.8632-32.964322.7274
31.77325.9651-1.71178.5380.52247.322-0.0324-0.3322-0.3236-0.4793-0.03950.10550.3006-0.90720.0719-0.0087-0.2278-0.2766-0.4335-0.2461-0.297337.0287-38.6272-12.7517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* C|6 - C|62 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* C|63 - C|85 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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