PDB-6gvc: Structure of ArhGAP12 bound to G-Actin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gvc

タイトル

Structure of ArhGAP12 bound to G-Actin

要素

Actin, alpha skeletal muscle
Rho GTPase-activating protein 12

キーワード

HYDROLASE / GAP / RAC / Actin

機能・相同性

機能・相同性情報

RHOV GTPase cycle / RHOF GTPase cycle / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / RHOD GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / cytoskeletal motor activator activity / phagocytosis, engulfment / tropomyosin binding / myosin heavy chain binding / mesenchyme migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Mouilleron, S. / Treisman, R. / Diring, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2019
タイトル: RPEL-family rhoGAPs link Rac/Cdc42 GTP loading to G-actin availability.
著者: Diring, J. / Mouilleron, S. / McDonald, N.Q. / Treisman, R.

履歴

登録	2018年6月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月23日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gvc.cif.gz	905.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gvc.ent.gz	750.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gvc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gvc_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gvc_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	6gvc_validation.xml.gz	80.3 KB	表示
CIF形式データ	6gvc_validation.cif.gz	107.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/6gvc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/6gvc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2v52S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4jf1-d 4jev-d 4jew-d 3dup-d 4pkq-d 5cer-4 1ais-d 3k28-2 2pb2-d 2a2l-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (10) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (9) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (3)

登録構造単位

B: Actin, alpha skeletal muscle

A: Actin, alpha skeletal muscle

C: Actin, alpha skeletal muscle

D: Actin, alpha skeletal muscle

R: Rho GTPase-activating protein 12

Q: Rho GTPase-activating protein 12

S: Rho GTPase-activating protein 12

T: Rho GTPase-activating protein 12

ヘテロ分子

279 kDa, 8 ポリマー
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1

B: Actin, alpha skeletal muscle

R: Rho GTPase-activating protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.8 kDa, 2 ポリマー
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2

A: Actin, alpha skeletal muscle

S: Rho GTPase-activating protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Actin, alpha skeletal muscle

T: Rho GTPase-activating protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 2 ポリマー
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4

D: Actin, alpha skeletal muscle

Q: Rho GTPase-activating protein 12

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	101.650, 130.240, 109.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 2種, 8分子 BACDRQST

#1: タンパク質	Actin, alpha skeletal muscle / Alpha-actin-1 分子量: 42096.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P68135
#2: タンパク質	Rho GTPase-activating protein 12 / Rho-type GTPase-activating protein 12 分子量: 26669.887 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Arhgap12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8C0D4

-
非ポリマー , 5種, 202分子

#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-LAB / LATRUNCULIN B / ラトルンクリンB 分子量: 395.513 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₀H₂₉NO₅S / コメント: 毒素*YM
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.2M Sodium Thiocyanate 0.1 M Bis Tris Propane pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→54.132 Å / Num. obs: 81113 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 47.76 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/av σ(I): 10.8 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / Num. unique obs: 7746 / CC_1/2: 0.62 / R_pim(I) all: 0.48 / R_rim(I) all: 0.91 / % possible all: 95.83

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2v52

2v52

解像度: 2.6→54.132 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.34

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	4063	5.01 %
R_work	0.2067	-	-
obs	0.209	81098	99.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→54.132 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17871	0	268	182	18321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.615	25194
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.793	12828
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2878
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6002-2.6308	0.3908	137	0.3283	2297	X-RAY DIFFRACTION	89
2.6308-2.6629	0.3465	127	0.3155	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6629-2.6966	0.3375	137	0.301	2620	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6966-2.732	0.3375	150	0.2902	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.732-2.7695	0.3486	139	0.2858	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7695-2.809	0.3451	134	0.2868	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.809-2.851	0.346	130	0.2767	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
2.851-2.8955	0.3089	135	0.2769	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8955-2.943	0.303	123	0.2675	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.943-2.9937	0.3209	116	0.2586	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9937-3.0481	0.3153	133	0.2543	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0481-3.1068	0.288	156	0.2508	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1068-3.1702	0.3224	133	0.2517	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1702-3.2391	0.307	156	0.2548	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2391-3.3144	0.271	148	0.2405	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3144-3.3973	0.2669	162	0.223	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3973-3.4892	0.2611	135	0.2108	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4892-3.5918	0.2743	152	0.2036	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5918-3.7077	0.212	147	0.1869	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7077-3.8402	0.2489	124	0.1869	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8402-3.9939	0.2297	153	0.1764	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9939-4.1756	0.2163	146	0.1723	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1756-4.3957	0.1854	154	0.1598	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3957-4.6709	0.1769	133	0.1461	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6709-5.0313	0.2045	130	0.1653	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0313-5.5372	0.2526	158	0.1866	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5372-6.3374	0.2386	137	0.1979	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3374-7.9803	0.2412	122	0.1988	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9803-54.1434	0.2075	156	0.1801	2724	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5113	-0.2337	-0.0711	0.1486	0.0291	0.0141	-0.1131	-0.0356	0.2781	-0.1824	-0.1821	-0.1518	0.0782	-0.3916	-0.0304	0.3676	-0.0643	-0.0061	0.6302	0.103	0.2837	-12.4181	-21.5619	43.4373
2	0.388	0.173	-0.6298	0.1209	-0.2391	1.0715	-0.289	0.0606	0.5189	-0.3903	-0.2823	0.1946	0.1824	-0.1407	-0.2053	0.5084	0.1962	-0.0981	0.7062	0.1399	0.5479	-12.0351	-4.1033	40.5477
3	0.6078	-0.4735	-0.5205	0.4024	0.5364	0.9871	0.2558	-0.0984	0.1659	0.0972	0.1694	0.0566	-0.5677	-0.6533	0.6003	0.2842	0.2097	-0.0325	0.4762	0.2063	0.3214	-11.0496	-7.6769	47.0228
4	-0.0003	-0.017	-0.05	0.0039	0.1013	0.5492	0.0551	0.1648	0.0496	-0.0301	0.0801	0.0343	-0.0177	-0.4289	0.2162	0.275	0.0128	-0.035	0.4647	0.0852	0.3105	-5.0715	-21.8317	52.3813
5	0.0234	0.0328	0.0265	0.4242	0.3503	0.2829	0.025	0.0831	0.0556	0.1803	0.0539	-0.2629	-0.2955	-0.1022	0.0001	0.34	-0.0042	0.0098	0.2943	0.0377	0.3056	9.76	-15.5088	41.1971
6	0.308	0.5079	-0.0375	0.8726	-0.0993	0.4468	0.0254	0.2536	0.0264	-0.8166	0.336	-0.1639	-0.1458	-0.1394	0.2488	0.4594	-0.0518	0.0727	0.4399	0.1049	0.3312	8.3591	-10.9401	23.3625
7	0.3897	0.1221	-0.1067	0.2918	0.2415	0.3193	-0.1977	-0.0512	0.2775	-0.2188	0.0833	-0.5561	0.1969	-0.0082	0.0151	0.255	0.005	0.0076	0.2151	0.0175	0.3201	15.9197	-16.6838	34.9081
8	0.0842	0.0646	0.0865	0.0419	0.0551	0.0815	-0.1824	0.1024	0.0061	0.0748	0.184	-0.5882	0.1586	-0.2666	-0.0017	0.3915	-0.0144	-0.0519	0.3373	-0.0176	0.349	11.0267	-30.669	43.2714
9	0.1121	0.1139	-0.0813	0.1127	-0.0799	0.0562	-0.3497	0.1623	0.2345	-0.4639	0.2371	-0.3562	0.4642	-0.105	-0.0055	0.4371	0.0038	0.074	0.4184	-0.0465	0.4118	14.6505	-31.69	36.4133
10	0.2114	0.1576	-0.29	0.2285	-0.25	0.386	-0.0748	0.1962	0.0413	0.1279	-0.0967	-0.0142	-0.0621	-0.4669	-0.1376	0.2323	-0.0628	-0.0598	0.4484	0.1046	0.3182	-10.674	-26.644	55.6823
11	0.3236	-0.0659	-0.2485	0.5442	-0.0466	0.4273	-0.2552	-0.0454	-0.137	-0.0506	0.3412	-0.0724	0.5707	0.6286	0.2503	0.1271	0.5819	-0.0848	0.3915	0.0271	0.2459	-20.2458	14.2587	24.4424
12	0.2788	0.2043	0.0053	0.2213	-0.0097	0.0471	-0.2297	-0.0544	-0.0711	-0.1337	0.2497	0.3086	0.0244	0.1412	0.0006	0.3418	0.0613	-0.001	0.3625	-0.0052	0.3791	-28.7073	13.7681	6.8538
13	0.1863	-0.1194	-0.1743	1.1641	0.4348	0.2389	-0.2371	0.0579	0.0951	-0.4669	0.3853	-0.2281	0.0276	0.2033	0.1371	0.2821	0.0093	0.0192	0.3153	-0.0596	0.1833	-18.9521	9.8072	-5.0046
14	0.3594	-0.037	-0.4795	1.2739	0.1958	0.6076	-0.0417	0.03	0.0842	-0.1277	0.253	-0.0172	-0.0867	0.2736	0.1605	0.1619	0.1084	0.0002	0.3088	0.0092	0.2377	-28.2857	27.084	15.3998
15	0.1339	-0.1111	-0.0443	0.0899	0.0233	0.0743	-0.1381	0.189	0.2341	-0.2192	0.162	-0.4529	0.058	0.2754	0.0302	0.2984	-0.1286	0.0104	0.4385	-0.0714	0.668	0.9885	-10.7682	-28.0728
16	0.2045	-0.1391	-0.0776	0.2818	0.0838	0.2126	0.0722	0.1553	0.1002	-0.1583	-0.1109	-0.3518	-0.0598	-0.1178	0.0004	0.3462	-0.0646	0.1109	0.4174	-0.0523	0.6003	-1.5691	-16.2367	-32.1627
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精密化 TLSグループ

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14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 274 through 375 )
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21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 349 through 375 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 6 through 38 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 39 through 78 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 79 through 165 )
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26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 197 through 246 )
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31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'R' and (resid 654 through 702 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'R' and (resid 703 through 737 )
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'Q' and (resid 561 through 581 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'Q' and (resid 582 through 602 )
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'Q' and (resid 642 through 653 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'Q' and (resid 654 through 667 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'Q' and (resid 668 through 702 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'Q' and (resid 703 through 718 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'Q' and (resid 719 through 737 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'Q' and (resid 738 through 770 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'Q' and (resid 771 through 790 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'S' and (resid 567 through 602 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'S' and (resid 603 through 641 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'S' and (resid 642 through 667 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'S' and (resid 668 through 790 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'T' and (resid 561 through 602 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'T' and (resid 603 through 641 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'T' and (resid 642 through 681 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'T' and (resid 682 through 790 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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