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万見
- PDB-6gv1: Crystal structure of E.coli Multidrug/H+ antiporter MdfA in outwa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gv1
タイトルCrystal structure of E.coli Multidrug/H+ antiporter MdfA in outward open conformation with bound Fab fragment
要素
  • Fab fragment YN1074 heavy chain
  • Fab fragment YN1074 light chain
  • Major Facilitator Superfamily multidrug/H+ antiporter MdfA from E.coli
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Major Facilitator Superfamily / multidrug resistance / proton transport / MFS transporter / drug proton antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium:proton antiporter activity / sodium:proton antiporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / regulation of cellular pH / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multidrug transporter MdfA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Nagarathinam, K. / Parthier, C. / Stubbs, M.T. / Tanabe, M.
資金援助 ドイツ, 日本, 2件
組織認可番号国
Other governmentBMBF 03Z2HN21 ドイツ
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101071j0001 日本
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Outward open conformation of a Major Facilitator Superfamily multidrug/H+antiporter provides insights into switching mechanism.
著者: Nagarathinam, K. / Nakada-Nakura, Y. / Parthier, C. / Terada, T. / Juge, N. / Jaenecke, F. / Liu, K. / Hotta, Y. / Miyaji, T. / Omote, H. / Iwata, S. / Nomura, N. / Stubbs, M.T. / Tanabe, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: The multidrug-resistance transporter MdfA from Escherichia coli: crystallization and X-ray diffraction analysis.
著者: Nagarathinam, K. / Jaenecke, F. / Nakada-Nakura, Y. / Hotta, Y. / Liu, K. / Iwata, S. / Stubbs, M.T. / Nomura, N. / Tanabe, M.
履歴
登録2018年6月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _entity.formula_weight
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major Facilitator Superfamily multidrug/H+ antiporter MdfA from E.coli
H: Fab fragment YN1074 heavy chain
L: Fab fragment YN1074 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0634
ポリマ－92,9673
非ポリマー961
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5310 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area34900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.258, 73.258, 927.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Major Facilitator Superfamily multidrug/H+ antiporter MdfA from E.coli


分子量: 44349.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / プラスミド: pWaldo-GFPe / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43 (DE3) / 参照: UniProt: P0AEY8
#2: 抗体 Fab fragment YN1074 heavy chain


分子量: 24984.271 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment YN1074 light chain


分子量: 23632.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.18 % / 解説: hexagonal
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.4
詳細: 100 mM ADA pH 6.5 100 mM NaCl 100 mM Li2SO4 32-36% PEG 300 8.8 MAG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→49.048 Å / Num. obs: 22224 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 17.3 % / Biso Wilson estimate: 109.4 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.254 / Rrim(I) all: 0.262 / Χ2: 0.988 / Net I/σ(I): 11.57
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.4-3.6116.0391.6691.5934230.5831.72499.9
3.61-3.8517.5981.0552.8532900.7911.087100
3.85-4.1616.6470.6874.6929960.9240.70999.8
4.16-4.5518.9330.3828.6128720.980.393100
4.55-5.0918.4640.25811.6225760.9940.266100
5.09-5.8617.8610.24111.8123250.9940.248100
5.86-7.1517.4140.1716.5120360.9960.17599.9
7.15-10.0116.7830.07334.9616300.9990.076100
10.01-49.04814.4220.03651.59107610.03898.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZP0, 1IBG

4zp0

1ibg


解像度: 3.4→49.048 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 1112 5.01 %
Rwork0.2575 --
obs0.2588 22216 99.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 278.35 Å2 / Biso mean: 113.3094 Å2 / Biso min: 68.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→49.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6134 0 5 0 6139
Biso mean--136.84 --
残基数----806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036283
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5968551
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04994
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1233698
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.4005-3.55520.37581360.356625092645
3.5552-3.74260.36971320.312725682700
3.7426-3.9770.32211350.297525382673
3.977-4.28390.27311370.269225822719
4.2839-4.71460.26331330.232325942727
4.7146-5.39610.25271420.234726352777
5.3961-6.79570.30821400.249727012841
6.7957-49.05270.25831570.240229773134
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.7532-0.127-0.22921.9133-0.10470.03810.06940.341-0.0635-0.1958-0.01180.0719-0.05620.0899-0.00541.30990.0238-0.0450.94330.01770.52695.825988.0966-0.1866
20.78781.01510.40373.35011.05692.3033-0.1868-0.3714-0.01311.2001-0.1311-0.22450.1939-0.0242-0.21251.5147-0.0275-0.12561.05390.02910.59888.521168.799316.2221
32.6617-0.9870.17143.4591-0.03920.68720.23220.21990.2008-0.3482-0.03810.02580.1312-0.1958-0.0261.2265-0.03550.01730.89960.05440.5604-15.538376.9829-0.2051
44.5882-1.30010.04892.80190.16172.964-0.055-0.80660.46960.13090.16370.1695-0.2122-0.1205-0.08921.60880.0436-0.10531.4412-0.06850.6942.257384.064238.5783
50.09740.11670.56630.14120.68243.31750.0251-0.81170.09630.81010.04230.1653-0.2595-0.1674-0.27512.327-0.22580.02332.44060.16150.7314-0.099985.82860.2634
60.7424-0.9863-0.52493.4151.57560.8440.3927-0.10640.3321-0.4552-0.0081-0.3179-0.4528-0.2354-0.23292.30540.1669-0.09052.57670.0810.938915.136279.844473.9501
73.4181-1.4734-1.65742.99081.33741.1210.0374-0.8898-0.5365-0.03470.10180.46610.56640.174-0.04551.61430.1151-0.08111.43030.14980.938117.943868.685236.9226
80.3604-0.430.45360.5103-0.5380.56940.2354-0.497-0.34580.5447-0.1939-0.1631-0.05150.2448-0.23381.98730.162-0.27111.93070.34550.673226.113163.892756.5492
91.8582-1.6145-0.07943.9133-0.21670.0307-0.34060.02870.21440.42950.01570.07040.28980.10440.09442.1057-0.2236-0.09582.59020.17390.921411.848163.758972.9327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 191 )A14 - 191
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 192 through 218 )A192 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 219 through 400 )A219 - 400
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 4 through 110 )H4 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 111 through 123 )H111 - 123
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 124 through 216 )H124 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'L' and (resid 1 through 102 )L1 - 102
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 103 through 113 )L103 - 113
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 114 through 211 )L114 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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