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- PDB-6gu6: CDK1/Cks2 in complex with Dinaciclib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gu6
タイトルCDK1/Cks2 in complex with Dinaciclib
要素
  • Cyclin-dependent kinase 1
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
キーワードCELL CYCLE / CDK1 / CKS2 / INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / mitotic cell cycle phase transition / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity ...regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / mitotic cell cycle phase transition / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / MASTL Facilitates Mitotic Progression / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / mitotic nuclear membrane disassembly / : / Phosphorylation of Emi1 / cyclin A2-CDK1 complex / Transcriptional regulation by RUNX2 / Phosphorylation of the APC/C / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / meiosis I / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / protein localization to kinetochore / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Condensation of Prometaphase Chromosomes / centrosome cycle / chromosome condensation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / response to copper ion / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / cyclin-dependent protein kinase activity / G1/S-Specific Transcription / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / regulation of embryonic development / peptidyl-threonine phosphorylation / protein deubiquitination / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / cyclin-dependent kinase / response to cadmium ion / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / response to axon injury / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / ERK1 and ERK2 cascade / Hsp70 protein binding / epithelial cell differentiation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Condensation of Prophase Chromosomes / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / response to activity / spindle microtubule / MAPK6/MAPK4 signaling / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of circadian rhythm / PKR-mediated signaling / peptidyl-serine phosphorylation / response to toxic substance / positive regulation of protein import into nucleus / positive regulation of protein localization to nucleus / microtubule cytoskeleton organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / cellular response to hydrogen peroxide / Ovarian tumor domain proteases / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / mitotic spindle / rhythmic process / kinase activity / cell migration / virus receptor activity / protein-containing complex assembly / midbody / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1QK / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase 1 / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Wood, D.J. / Korolchuk, S. / Tatum, N.J. / Wang, L.Z. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. / Martin, M.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N009738/1 英国
Cancer Research UKC2115/A21421 英国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Differences in the Conformational Energy Landscape of CDK1 and CDK2 Suggest a Mechanism for Achieving Selective CDK Inhibition.
著者: Wood, D.J. / Korolchuk, S. / Tatum, N.J. / Wang, L.Z. / Endicott, J.A. / Noble, M.E.M. / Martin, M.P.
履歴
登録2018年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 1
B: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2423
ポリマ－44,8452
非ポリマー3971
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.704, 97.232, 108.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 1 / CDK1 / Cell division control protein 2 homolog / Cell division protein kinase 1 / p34 protein kinase


分子量: 34553.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK1, CDC2, CDC28A, CDKN1, P34CDC2 / プラスミド: pVL1393 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06493, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 / CKS-2


分子量: 10290.819 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33552, UniProt: K9J4F7*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-1QK / 3-[({3-ethyl-5-[(2S)-2-(2-hydroxyethyl)piperidin-1-yl]pyrazolo[1,5-a]pyrimidin-7-yl}amino)methyl]-1-hydroxypyridinium / DINACICLIB


分子量: 397.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: CONDITIONS AROUND 0.1M BIS-TRIS(PH6.5), 0.2M SODIUM NITRATE 20% PEG3350, PROTEIN AT 10-12 MG/ML, 0.5Mm INHIBITOR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→72.43 Å / Num. obs: 21580 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YC6

4yc6


解像度: 2.33→72.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.225 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24586 1077 5 %RANDOM
Rwork0.20092 ---
obs0.20317 20503 99.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.498 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.9 Å20 Å2-0 Å2
2---1.73 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.33→72.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2943 0 29 86 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0193051
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.022865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.851.974128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5982.9866656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6355355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.20823.475141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41515547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.61520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02626
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0484.4411429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0494.4381428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1036.6481781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1016.6511782
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.9055.021621
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.9055.0211621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.6057.2932348
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.97551.13452
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.9851.13444
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.327→2.388 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 67 -
Rwork0.278 1450 -
obs--96.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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