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- PDB-6gt2: Reduced copper nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gt2
タイトルReduced copper nitrite reductase from Achromobacter cycloclastes determined by serial femtosecond rotation crystallography
要素Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FEMTOSECOND / SF-ROX / NITRITE REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / MALONATE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Halsted, T.P. / Yamashita, K. / Gopalasingam, C.C. / Shenoy, R.T. / Hirata, K. / Ago, H. / Ueno, G. / Eady, R.R. / Antonyuk, S.V. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R000220/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/L006960/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/N013972/1 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Catalytically important damage-free structures of a copper nitrite reductase obtained by femtosecond X-ray laser and room-temperature neutron crystallography.
著者: Halsted, T.P. / Yamashita, K. / Gopalasingam, C.C. / Shenoy, R.T. / Hirata, K. / Ago, H. / Ueno, G. / Blakeley, M.P. / Eady, R.R. / Antonyuk, S.V. / Yamamoto, M. / Hasnain, S.S.
履歴
登録2018年6月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,76311
ポリマ－40,8191
非ポリマー94310
水4,630257
1
A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子

A: Copper-containing nitrite reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,28833
ポリマ－122,4583
非ポリマー2,83030
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
Buried area19390 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.610, 94.610, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-726-

HOH

21A-847-

HOH

31A-848-

HOH

41A-850-

HOH

51A-854-

HOH

61A-855-

HOH

71A-856-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase / Cu-NIR


分子量: 40819.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Achromobacter cycloclastes (バクテリア)
遺伝子: nirK / プラスミド: pET-26b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25006, nitrite reductase (NO-forming)
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.56 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.2 M ammonium sulphate, 100 mM citrate buffer, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL2 / 波長: 1.242 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→54.62 Å / Num. obs: 37489 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 66.1 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / R split: 0.158 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 44.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1858 / R split: 0.708 / % possible all: 100
Serial crystallography measurementPulse duration: 10 fsec. / Pulse photon energy: 437.7 keV / XFEL pulse repetition rate: 30 Hz
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target
Serial crystallography sample delivery fixed targetMotion control: SACLA goniometer
Sample holding: Mounted Hampton Cryo Loops 0.7 - 1.0 mm (HR4-965)
Sample solvent: 3.4 M Na-malonate, pH 5.0 and 100 mM NaNO2.
Support base: Mounted Hampton Cryo Loops 0.7 - 1.0 mm (HR4-965)
Serial crystallography data reductionCrystal hits: 581 / Frames indexed: 410 / Frames total: 581

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
CrystFEL0.6.3データ削減
精密化解像度: 1.6→54.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.96 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.095 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1991 1883 5 %RANDOM
Rwork0.16658 ---
obs0.16823 35562 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.872 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.6→54.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2574 0 58 257 2889
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0142709
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5331.6813670
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0091.6455567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.4625.348345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.25523130
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.66715399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0981512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02498
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5932.0071333
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.582.0031332
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2773.0051665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2833.0091666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4712.3011376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4652.2971374
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.7263.3372004
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.88924.632906
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.72224.1932848
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 139 -
Rwork0.257 2578 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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