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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gr9 | ||||||
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タイトル | Human AURKC INCENP complex bound to VX-680 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / 中心 (代数学) / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly ...: / : / 中心 (代数学) / meiotic spindle midzone / meiotic spindle midzone assembly / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / attachment of spindle microtubules to kinetochore / lateral element / oocyte development / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of cytokinesis / SUMOylation of DNA replication proteins / chromosome, centromeric region / mitotic cytokinesis / mitotic spindle assembly / spindle midzone / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / condensed chromosome / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization / regulation of cytokinesis / meiotic cell cycle / molecular function activator activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / spindle microtubule / 動原体 / spindle / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / midbody / 精子形成 / 微小管 / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Abdul Azeez, K.R. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Knapp, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C. / Elkins, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: AURKC INCENP complex bound to BRD-7880 著者: Abdul Azeez, K.R. / Elkins, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gr9.cif.gz | 86.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gr9.ent.gz | 63 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gr9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6gr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6gr9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32167.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKC, AIE2, AIK3, AIRK3, ARK3, STK13 / プラスミド: pHTvAmp1-SGC / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UQB9, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8302.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INCENP / プラスミド: pHTvAmp1-SGC / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQS7 |
#3: 化合物 | ChemComp-VX6 / |
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.24 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20 % PEG3350, 10 % ethylene glycol, 0.1 M bis-tris-propane pH 7.5, 0.2 M sodium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→71.55 Å / Num. obs: 23264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2104 / CC1/2: 0.689 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6GR8 解像度: 2.25→71.55 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.178 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.184 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.179 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.25→71.55 Å
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拘束条件 |
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