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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gr8 | ||||||
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タイトル | Human AURKC INCENP complex bound to BRD-7880 | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Kinase (キナーゼ) / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / meiotic spindle midzone / : / meiotic spindle midzone assembly / 中心 (代数学) / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly ...: / meiotic spindle midzone / : / meiotic spindle midzone assembly / 中心 (代数学) / positive regulation of mitotic sister chromatid separation / positive regulation of mitotic cytokinesis / metaphase chromosome alignment / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / mitotic spindle midzone assembly / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / chromocenter / attachment of spindle microtubules to kinetochore / lateral element / oocyte development / spindle pole centrosome / chromosome passenger complex / positive regulation of cytokinesis / SUMOylation of DNA replication proteins / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / mitotic spindle assembly / spindle midzone / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / condensed chromosome / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / mitotic spindle organization / meiotic cell cycle / regulation of cytokinesis / molecular function activator activity / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / spindle microtubule / 動原体 / spindle / Separation of Sister Chromatids / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / midbody / 精子形成 / 微小管 / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / 細胞分裂 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein-containing complex / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Abdul Azeez, K.R. / Sorrell, F.J. / von Delft, F. / Bountra, C. / Knapp, S. / Edwards, A.M. / Arrowsmith, C. / Elkins, J.M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: AURKC INCENP complex bound to BRD-7880 著者: Abdul Azeez, K.R. / Elkins, J.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gr8.cif.gz | 95 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gr8.ent.gz | 69 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gr8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6gr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6gr8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32167.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AURKC, AIE2, AIK3, AIRK3, ARK3, STK13 / プラスミド: pHTvAmp1-SGC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UQB9, non-specific serine/threonine protein kinase |
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#2: タンパク質 | 分子量: 8302.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INCENP / プラスミド: pHTvAmp1-SGC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQS7 |
#3: 化合物 | ChemComp-F8Z / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→56.65 Å / Num. obs: 34077 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1433 / CC1/2: 0.709 / % possible all: 77.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4AF3 解像度: 1.75→54.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.063 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.932 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.75→54.61 Å
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拘束条件 |
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