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- PDB-6gp6: MamM CTD - Copper form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gp6
タイトルMamM CTD - Copper form
要素Magnetosome protein MamM
キーワードMETAL TRANSPORT / Cation diffusion facilitator / magnetotactic bacteria
機能・相同性
機能・相同性情報


magnetosome membrane / monoatomic cation transmembrane transporter activity / iron ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits ...: / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / Cation efflux protein, cytoplasmic domain / : / Dimerisation domain of Zinc Transporter / Cation efflux protein, cytoplasmic domain superfamily / Cation efflux protein / Cation efflux transmembrane domain superfamily / Cation efflux family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / COPPER (II) ION / Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.146 Å
データ登録者Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.
資金援助 イスラエル, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation 167/16 イスラエル
Israel Ministry of Science, Technology and Space イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: MamM CTD - Copper form
著者: Barber-Zucker, S. / Zarivach, R.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Magnetosome protein MamM
B: Magnetosome protein MamM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0906
ポリマ－23,8212
非ポリマー2694
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area10590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.930, 73.750, 89.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))
21(chain B and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERLEULEU(chain A and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))AA212 - 2372 - 27
12ALAALAASNASN(chain A and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))AA239 - 25829 - 48
13VALVALPHEPHE(chain A and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))AA260 - 30150 - 91
21SERSERLEULEU(chain B and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))BB212 - 2372 - 27
22ALAALAASNASN(chain B and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))BB239 - 25829 - 48
23VALVALPHEPHE(chain B and (resid 212 through 237 or resid 239 through 258 or resid 260 through 301))BB260 - 30150 - 91

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要素

#1: タンパク質 Magnetosome protein MamM / Magnetosome protein MamM / Cation efflux protein family / MamM protein


分子量: 11910.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum gryphiswaldense MSR-1 (走磁性)
遺伝子: mamM, mgI491, MGR_4095 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6NE57, UniProt: V6F235*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Tris pH=8.7, 25% PEG 3350, 1.7 mM CuSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.96771 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→44.71 Å / Num. obs: 11127 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 31.35 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 64227
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.14-2.25.81.86350428640.4360.8282.044196.9
9.08-44.714.60.0498411840.9980.0240.05522.198.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W5X

3w5x


解像度: 2.146→44.705 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.39
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2751 419 4.7 %
Rwork0.2201 --
obs0.2231 8919 80.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.3 Å2 / Biso mean: 43.6275 Å2 / Biso min: 17.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.146→44.705 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1495 0 7 21 1523
Biso mean--62.01 41.44 -
残基数----194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091537
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0762081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007278
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6621103
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A751X-RAY DIFFRACTION15.82TORSIONAL
12B751X-RAY DIFFRACTION15.82TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1465-2.45710.3451710.25611486155743
2.4571-3.09560.31821670.2683384355198
3.0956-44.71470.25141810.195736303811100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -1.6872 Å / Origin y: -15.8303 Å / Origin z: 34.726 Å
111213212223313233
T0.2509 Å20.0162 Å20.1285 Å2-0.1884 Å2-0.0177 Å2--0.2661 Å2
L0.8908 °2-0.1281 °20.2964 °2-2.4589 °2-0.4686 °2--2.5525 °2
S0.0593 Å °-0.1085 Å °0.1033 Å °0.2721 Å °0.0352 Å °0.0053 Å °-0.0215 Å °-0.1851 Å °-0.0706 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA212 - 314
2X-RAY DIFFRACTION1allB211 - 301
3X-RAY DIFFRACTION1allC2
4X-RAY DIFFRACTION1allC3 - 4
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 21
6X-RAY DIFFRACTION1allE1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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