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- PDB-6gp3: Ribonucleotide Reductase class Ie R2 from Mesoplasma florum, inac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gp3
タイトルRibonucleotide Reductase class Ie R2 from Mesoplasma florum, inactive form
要素Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reduction / subunit beta / ferritin-like superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ribonucleoside-diphosphate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesoplasma florum
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Srinivas, V. / Lebrette, H. / Lundin, D. / Kutin, Y. / Sahlin, M. / Lerche, M. / Enrich, J. / Branca, R.M.M. / Cox, N. / Sjoberg, B.M. / Hogbom, M.
資金援助 スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Swedish Research Council2017-04018 スウェーデン
European Research CouncilHIGH-GEAR 724394 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2012.0233 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017.0275 スウェーデン
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Metal-free ribonucleotide reduction powered by a DOPA radical in Mycoplasma pathogens.
著者: Srinivas, V. / Lebrette, H. / Lundin, D. / Kutin, Y. / Sahlin, M. / Lerche, M. / Eirich, J. / Branca, R.M.M. / Cox, N. / Sjoberg, B.M. / Hogbom, M.
履歴
登録2018年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain
B: Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7374
ポリマ－79,6572
非ポリマー802
水12,863714
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5450 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)176.193, 53.425, 79.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.53, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribonucleoside-diphosphate reductase beta chain


分子量: 39828.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mesoplasma florum (strain ATCC 33453 / NBRC 100688 / NCTC 11704 / L1) (バクテリア)
株: ATCC 33453 / NBRC 100688 / NCTC 11704 / L1 / 遺伝子: Mfl530 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6F0T5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 714 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100-200 mM calcium acetate, 100 mM ammonium sulfate, 15-20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96859 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96859 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.229→42.71 Å / Num. obs: 200401 / % possible obs: 98.89 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 16.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05372 / Rpim(I) all: 0.02285 / Rrim(I) all: 0.05848 / Net I/σ(I): 15.13
反射 シェル解像度: 1.229→1.273 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.092 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 19641 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.484 / Rrim(I) all: 1.197 / % possible all: 97.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: 000)精密化
XDSVERSION Jan 26, 2018データ削減
XDSVERSION Jan 26, 2018データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DHZ

3dhz


解像度: 1.23→42.71 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.81
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.163 10018 5 %random selection
Rwork0.147 ---
obs-200307 98.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→42.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5175 0 2 714 5891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056337
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7768692
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2962384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069927
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061146
LS精密化 シェル解像度: 1.229→1.273 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3434 982 -
Rwork0.3296 19622 -
obs--97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.87170.53141.33440.23650.1620.6871-0.1378-0.6430.41850.2843-0.0491-0.0699-0.7478-0.5358-0.00040.63560.25730.03790.7885-0.14830.3662-43.513643.370142.7084
21.7944-2.09410.61452.1018-0.67180.419-0.1502-0.212-0.11540.12490.0892-0.09440.38410.0553-0.08780.3434-0.02310.00520.270.08240.24-25.35648.887236.7667
30.3744-0.44070.30081.1412-0.20861.9680.0347-0.1511-0.16150.0416-0.0297-0.00880.2415-0.02890.03390.161-0.0125-0.01280.12620.0120.1219-22.227520.748627.1955
40.37230.02560.01110.6804-0.16841.15070.02020.04020.0383-0.07580.00570.0158-0.06-0.0936-0.02840.12930.02080.01210.12150.00270.1287-24.754335.53732.7562
51.45250.5648-0.68075.9849-5.11294.28220.01110.0355-0.1528-0.16520.11330.17320.2298-0.3174-0.27290.1904-0.0282-0.00770.1738-0.0130.1612-30.665818.4979-1.3849
60.53820.3924-0.20352.3877-0.68691.49690.00450.0288-0.0018-0.0168-0.0109-0.06350.11040.02820.01470.09540.0180.01280.0952-0.00630.1149-16.331725.03965.318
70.39780.1324-0.03485.1996-2.74842.6492-0.02670.0414-0.0552-0.2045-0.0026-0.13060.1175-0.0140.0010.14790.01440.03220.1008-0.02140.1277-17.110716.0003-3.5737
81.57290.2361-0.58492.8903-0.63980.53650.0149-0.060.01480.05350.0276-0.51220.0530.1541-0.07170.15560.0113-0.00810.19270.01990.2032-7.246127.93431.5361
92.3693-0.74490.18954.1776-0.32761.7449-0.02880.21140.1133-0.29430.05010.3249-0.0443-0.4504-0.13190.12420.0099-0.02850.26550.00470.1492-41.895532.1503-2.5393
101.157-0.00210.17790.6381-0.0592.5951-0.00460.01890.0415-0.0157-0.01080.1365-0.1399-0.38420.01570.11010.03130.01630.17680.02590.1397-36.182636.07266.9434
110.8350.16610.04020.1414-0.0282.13610.0834-0.4270.10050.1441-0.135-0.0077-0.1034-0.0189-0.030.213-0.05170.02060.2954-0.03350.1272-19.382836.839940.3172
121.00490.11840.30470.4356-0.20722.32180.0711-0.1663-0.04050.07810.0040.02980.0333-0.1871-0.06480.1302-0.00640.01830.1628-0.00230.117-30.48129.140128.8935
136.84183.90081.68683.31921.56910.79160.1743-0.585-0.34490.1783-0.1605-0.1050.3042-0.2234-0.04150.2604-0.0445-0.00580.33530.07550.1621-25.792819.030843.2319
143.2338-1.53092.96862.217-1.60585.94140.3511-0.2484-0.3524-0.0880.08920.23510.5651-0.6689-0.42370.2193-0.11640.01190.37840.05250.2424-43.325320.363129.5183
151.135-0.0714-0.27620.8891-0.31660.90.0468-0.20430.11680.13960.01590.1089-0.1157-0.3457-0.06020.17630.02170.04780.261-0.01830.1339-37.814936.381731.4635
162.4876-1.00133.11781.4118-2.15825.18290.1089-0.1691-0.15860.00570.16240.29160.063-0.7083-0.23350.17960.00280.04930.55380.04530.2356-50.516128.520333.8996
174.5846-1.37863.52030.7775-0.99662.7327-0.1199-0.29720.09330.1734-0.02110.1438-0.3062-0.37620.18570.25570.04120.03240.3043-0.04990.1457-43.083335.752642.3999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'B' AND (RESID 287 THROUGH 340 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID -5 THROUGH 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 21 THROUGH 49 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 148 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 167 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 168 THROUGH 230 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 231 THROUGH 286 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 287 THROUGH 340 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID -1 THROUGH 20 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 21 THROUGH 49 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 50 THROUGH 70 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 71 THROUGH 133 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 134 THROUGH 148 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 149 THROUGH 167 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 168 THROUGH 230 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 231 THROUGH 261 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 262 THROUGH 286 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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