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- PDB-6gnz: Plantaricin S-a in 100 mM DPC micelles. This is the alpha part of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gnz
タイトルPlantaricin S-a in 100 mM DPC micelles. This is the alpha part of the bacteriocin plantaricin S.
要素Plantaricin S alpha protein
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN (抗微生物ペプチド) / ANTIMICROBIAL PROTEIN Bacteriocin menbrane interacting peptide
機能・相同性Bacteriocin-type signal sequence / cytolysis / defense response to bacterium / Plantaricin S alpha protein
機能・相同性情報
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Ekblad, B. / Kristiansen, P.E.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: NMR structures and mutational analysis of the two peptides constituting the bacteriocin plantaricin S.
著者: Ekblad, B. / Kristiansen, P.E.
履歴
登録2018年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plantaricin S alpha protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,9261
ポリマ－2,9261
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2730 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Plantaricin S alpha protein


分子量: 2926.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lactobacillus plantarum (バクテリア) / 参照: UniProt: O32831

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic11D proton
121anisotropic12D NOESY
131anisotropic12D DQF-COSY
141anisotropic12D TOCSY
151anisotropic12D 1H-13C HSQC
161anisotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: bicelle
内容: 1 mM Plantaricin Sb, 0.2 mM DSS, 100 mM [U-100% 2H] DPC, 95%
Label: Sample_1 / 溶媒系: 95%
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPlantaricin Sbnatural abundance1
0.2 mMDSSnatural abundance1
100 mMDPC[U-100% 2H]1
試料状態詳細: Peptide purchased at 98% purity from genscript used as is. no buffers added to the DPC micelles
イオン強度: 0 Not defined / Label: condition 1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: with cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TopSpin2.4Bruker Biospincollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: NOE and dihedral angle restraints used in refinement in dmso using the script ReCOORD
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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