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- PDB-6gnl: Zr(IV)-substituted Keggin directly binding to the side chain of H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gnl
タイトルZr(IV)-substituted Keggin directly binding to the side chain of Hen Egg-White Lysozyme (HEWL)
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / Lysozyme / co-crystal / hydrolysis / catalysis
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ZIRCONIUM(IV) PHOSPHOTUNGSTATE KEGGIN / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Vandebroek, L. / Van Meervelt, L. / Parac-Vogt, T.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr C Struct Chem / 年: 2018
タイトル: Direct observation of the ZrIVinteraction with the carboxamide bond in a noncovalent complex between Hen Egg White Lysozyme and a Zr-substituted Keggin polyoxometalate.
著者: Vandebroek, L. / Van Meervelt, L. / Parac-Vogt, T.N.
履歴
登録2018年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9766
ポリマ－14,3311
非ポリマー5,6455
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.701, 77.701, 37.866
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

21A-418-

HOH

31A-422-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-ZKG / ZIRCONIUM(IV) PHOSPHOTUNGSTATE KEGGIN


分子量: 2769.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O39PW11Zr / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.32 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 1.75 mM HEWL, 0.88 mM 2:2 Zr(IV)-Keggin, 1.5 M NH4Cl, 0.1 M Bis-Tris propane pH = 7.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA11
シンクロトロンSLS X06DA21.21
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月18日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.211
反射解像度: 1.23→38.85 Å / Num. obs: 34264 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 13.26 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 32.4 / Num. measured all: 240940
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.23-1.257.10.5511220017250.8930.2220.5953.5100
6.62-38.855.80.0316042770.9990.0120.032104.599

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.66 Å38.85 Å
Translation4.66 Å38.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 1LYZ

1lyz


解像度: 1.23→38.85 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.21 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Phenix.refine v 1.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1713 3260 5.08 %
Rwork0.1475 60928 -
obs0.1487 64188 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.7 Å2 / Biso mean: 19.0469 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.23→38.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1001 0 159 168 1328
Biso mean--25.07 28.73 -
残基数----129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0151302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2662136
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.361591
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.23-1.24840.25851540.22826372791100
1.2484-1.26790.25361330.21126322765100
1.2679-1.28870.20831520.189126842836100
1.2887-1.31090.22921670.18526152782100
1.3109-1.33470.17671440.171926432787100
1.3347-1.36040.18612000.162526022802100
1.3604-1.38820.19291440.161626512795100
1.3882-1.41840.21031440.154926452789100
1.4184-1.45140.16481570.150126412798100
1.4514-1.48770.18051340.141926512785100
1.4877-1.52790.21671310.14126632794100
1.5279-1.57280.18591480.144626632811100
1.5728-1.62360.21441160.134126442760100
1.6236-1.68160.14941260.129226632789100
1.6816-1.7490.1741360.128826722808100
1.749-1.82860.16591430.13326572800100
1.8286-1.9250.17151290.124526452774100
1.925-2.04560.15871200.131126942814100
2.0456-2.20350.12191160.123726532769100
2.2035-2.42520.1411160.13312675279199
2.4252-2.77610.16741350.14022632276799
2.7761-3.49720.16561700.149926172787100
3.4972-38.86990.17621450.171426492794100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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