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- PDB-3i97: B1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i97
タイトルB1 domain of human Neuropilin-1 bound with small molecule EG00229
要素Neuropilin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Neuropilin-1 / Drug / VEGF / Angiogenesis / Neuropilin / Alternative splicing / Cell membrane / Developmental protein / Differentiation / Disulfide bond / Glycoprotein / Heparan sulfate / Membrane / Neurogenesis / Phosphoprotein / Polymorphism / Proteoglycan / Receptor / Secreted / Transmembrane / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration ...endothelial tip cell fate specification / basal dendrite development / otic placode development / protein localization to early endosome / basal dendrite arborization / dichotomous subdivision of terminal units involved in salivary gland branching / retina vasculature morphogenesis in camera-type eye / vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / postsynapse organization / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / axon extension involved in axon guidance / renal artery morphogenesis / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / neurofilament / sympathetic neuron projection extension / regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / vascular endothelial growth factor binding / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / motor neuron migration / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / endothelial cell chemotaxis / axonogenesis involved in innervation / vascular endothelial growth factor receptor activity / CHL1 interactions / semaphorin receptor complex / regulation of vesicle-mediated transport / Signaling by ROBO receptors / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / neuropilin signaling pathway / substrate-dependent cell migration, cell extension / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / coronary artery morphogenesis / CRMPs in Sema3A signaling / semaphorin receptor activity / commissural neuron axon guidance / outflow tract septum morphogenesis / motor neuron axon guidance / axonal fasciculation / retinal ganglion cell axon guidance / sprouting angiogenesis / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of Cdc42 protein signal transduction / neural crest cell migration / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / artery morphogenesis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / growth factor binding / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive chemotaxis / cytokine binding / sorting endosome / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / positive regulation of phosphorylation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / vasculogenesis / coreceptor activity / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / positive regulation of endothelial cell migration / GTPase activator activity / axon guidance / animal organ morphogenesis / Signal transduction by L1 / integrin-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / mitochondrial membrane / response to wounding / neuron migration / positive regulation of angiogenesis / cell-cell signaling / heparin binding / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / Attachment and Entry / early endosome / neuron projection / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex
類似検索 - 分子機能
Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. ...Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / MAM domain signature. / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8DR / Neuropilin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Allerston, C.K. / Djordjevic, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: Small molecule inhibitors of the neuropilin-1 vascular endothelial growth factor A (VEGF-A) interaction.
著者: Jarvis, A. / Allerston, C.K. / Jia, H. / Herzog, B. / Garza-Garcia, A. / Winfield, N. / Ellard, K. / Aqil, R. / Lynch, R. / Chapman, C. / Hartzoulakis, B. / Nally, J. / Stewart, M. / Cheng, L. ...著者: Jarvis, A. / Allerston, C.K. / Jia, H. / Herzog, B. / Garza-Garcia, A. / Winfield, N. / Ellard, K. / Aqil, R. / Lynch, R. / Chapman, C. / Hartzoulakis, B. / Nally, J. / Stewart, M. / Cheng, L. / Menon, M. / Tickner, M. / Djordjevic, S. / Driscoll, P.C. / Zachary, I. / Selwood, D.L.
履歴
登録2009年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-1
B: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9225
ポリマ－35,8352
非ポリマー1,0873
水1448
1
A: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5073
ポリマ－17,9171
非ポリマー5902
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neuropilin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4152
ポリマ－17,9171
非ポリマー4981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.000, 89.600, 41.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUTHRTHRAA5 - 448 - 47
21GLUGLUTHRTHRBB5 - 448 - 47
12ILEILESERSERAA54 - 9157 - 94
22ILEILESERSERBB54 - 9157 - 94
13GLYGLYTYRTYRAA111 - 150114 - 153
23GLYGLYTYRTYRBB111 - 150114 - 153

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Neuropilin-1 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor


分子量: 17917.291 Da / 分子数: 2 / 断片: domain B1, F5/8 type C 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NP1-B1, NRP, NRP1, VEGF165R / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O14786
#2: 化合物 ChemComp-8DR / (S)-2-(3-(benzo[c][1,2,5]thiadiazole-4-sulfonamido)thiophene-2-carboxamido)-5-guanidinopentanoic acid / (2S)-2-[[3-(2,1,3-benzothiadiazol-4-ylsulfonylamino)thiophen-2-yl]carbonylamino]-5-carbamimidamido-pentanoic acid


分子量: 497.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19N7O5S3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 293.15 K / pH: 6
詳細: 100 mM MES (pH 6.0), 10% PEG 8K and 200 mM Zn(AcO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月1日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30.33 Å / Num. obs: 5852 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KEX

1kex


解像度: 2.9→30.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 30.153 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.585 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 278 4.8 %RANDOM
Rwork0.216 ---
obs0.219 5573 87.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.43 Å20 Å2-0.14 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2455 0 70 8 2533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222588
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4161.973513
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.4325306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.51324.182110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.54315438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7841514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021954
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.31156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3320.51784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.5148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.320.340
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.52
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.40521569
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6632510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.35521195
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.56131003
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1316tight positional0.040.05
2300tight positional0.060.05
3321tight positional0.040.05
1316tight thermal0.070.5
2300tight thermal0.190.5
3321tight thermal0.160.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.97 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 15 -
Rwork0.297 396 -
obs--83.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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