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- PDB-6gni: Cryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24 - f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gni
タイトルCryo-tomography and subtomogram averaging of Sar1-Sec23-Sec24 - fitted model.
要素
  • (Protein transport protein ...) x 2
  • Small COPII coat GTPase SAR1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / COPII coat / membrane trafficking
機能・相同性
機能・相同性情報


Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / vesicle organization ...Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Cargo concentration in the ER / regulation of COPII vesicle coating / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / COPII-mediated vesicle transport / nuclear envelope organization / COPII-coated vesicle cargo loading / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / vesicle organization / COPII vesicle coat / membrane organization / signal sequence binding / mitochondrial fission / fungal-type vacuole membrane / mitochondrial membrane organization / reticulophagy / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / membrane scission GTPase motor activity / GTPase activator activity / SNARE binding / intracellular protein transport / macroautophagy / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Golgi membrane / GTPase activity / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich ...small GTPase SAR1 family profile. / Small GTPase superfamily, SAR1-type / Protein transport protein Sec23 / Sec23, C-terminal / : / Sec24-like, trunk domain / Zinc finger, Sec23/Sec24-type / Sec23/Sec24, trunk domain / Sec23/Sec24, helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich / Zinc finger, Sec23/Sec24-type superfamily / Sec23/Sec24 helical domain superfamily / Sec23/Sec24 zinc finger / Sec23/Sec24 trunk domain / Sec23/Sec24 helical domain / Sec23/Sec24 beta-sandwich domain / Gelsolin-like domain superfamily / Gelsolin-like domain / Gelsolin repeat / Sar1p-like members of the Ras-family of small GTPases / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Protein transport protein SEC23 / Small COPII coat GTPase SAR1 / Protein transport protein SEC24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Hutchings, J. / Zanetti, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Royal SocietyDH130048 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Subtomogram averaging of COPII assemblies reveals how coat organization dictates membrane shape.
著者: Joshua Hutchings / Viktoriya Stancheva / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo ...Eukaryotic cells employ membrane-bound carriers to transport cargo between compartments in a process essential to cell functionality. Carriers are generated by coat complexes that couple cargo capture to membrane deformation. The COPII coat mediates export from the endoplasmic reticulum by assembling in inner and outer layers, yielding carriers of variable shape and size that allow secretion of thousands of diverse cargo. Despite detailed understanding of COPII subunits, the molecular mechanisms of coat assembly and membrane deformation are unclear. Here we present a 4.9 Å cryo-tomography subtomogram averaging structure of in vitro-reconstituted membrane-bound inner coat. We show that the outer coat (Sec13-Sec31) bridges inner coat subunits (Sar1-Sec23-Sec24), promoting their assembly into a tight lattice. We directly visualize the membrane-embedded Sar1 amphipathic helix, revealing that lattice formation induces parallel helix insertions, yielding tubular curvature. We propose that regulators like the procollagen receptor TANGO1 modulate this mechanism to determine vesicle shape and size.
履歴
登録2018年5月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0044
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein transport protein SEC23
E: Protein transport protein SEC24
B: Small COPII coat GTPase SAR1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,0977
ポリマ－193,4193
非ポリマー6774
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area5830 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area65710 Å2
手法PISA

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要素

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Protein transport protein ... , 2種, 2分子 AE

#1: タンパク質 Protein transport protein SEC23


分子量: 85332.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SEC23, YPR181C, P9705.14
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15303
#2: タンパク質 Protein transport protein SEC24 / Abnormal nuclear morphology 1


分子量: 89294.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SEC24, ANU1, YIL109C
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P40482

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タンパク質 , 1種, 1分子 B

#3: タンパク質 Small COPII coat GTPase SAR1 / GTP-binding protein SAR1 / Secretion-associated RAS-related protein 1


分子量: 18792.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
遺伝子: SAR1, YPL218W
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P20606, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与

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非ポリマー , 3種, 4分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 3D ARRAY / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: COPII coat assembled on lipid bilayer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 3.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
10Dynamo最終オイラー角割当
12Dynamo３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87000 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 83 / Num. of volumes extracted: 400000
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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