PDB-6gn2: Racemic crystal structure of A-DNA duplex formed from d(CCCGGG) i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gn2

タイトル

Racemic crystal structure of A-DNA duplex formed from d(CCCGGG) in space group R3

要素

DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / Racemate

機能・相同性

trimethylamine oxide / DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Racemic crystal structures of A-DNA duplexes.
著者: Mandal, P.K. / Collie, G.W. / Kauffmann, B. / Huc, I.

履歴

登録	2018年5月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gn2.cif.gz	35.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gn2.ent.gz	25.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gn2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gn2_validation.pdf.gz	381.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gn2_full_validation.pdf.gz	381.5 KB	表示
XML形式データ	6gn2_validation.xml.gz	3.4 KB	表示
CIF形式データ	6gn2_validation.cif.gz	4.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gn2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/6gn2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gn3C 1vt5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	343d-2 6gn3-2 3jxq-1 6gn3-3 1i4b-d 275d-d 343d-3 1esh-d 1ih3-2 1ih4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

7.39 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

B: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
3.77 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*CP*CP*GP*GP*G)-3')

登録者が定義した集合体
3.62 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.413, 105.413, 56.131
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	148
Space group name H-M	H-3

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(CPCPCPGPGPG)-3') 分子量: 1810.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-TMO / trimethylamine oxide / トリメチルアミンN-オキシド分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Tris / PH範囲: 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→23.91 Å / Num. obs: 8101 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 49.67 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.0574 / R_rim(I) all: 0.08117 / Net I/σ(I): 10.71
反射シェル	解像度: 2.48→2.57 Å / 冗長度: 1.8 % / R_merge(I) obs: 0.4249 / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 729 / CC_1/2: 0.926 / R_rim(I) all: 0.6009 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VT5

1vt5

解像度: 2.48→23.91 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2723	809	10.12 %
R_work	0.2586	-	-
obs	0.2601	7997	97.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→23.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	480	10	49	539

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.392	832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.629	224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.014	92
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	24

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4801-2.6354	0.434	125	0.3732	1126	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6354-2.8386	0.3384	142	0.3964	1232	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8386-3.1239	0.3638	132	0.3139	1220	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1239-3.575	0.3056	141	0.2407	1203	X-RAY DIFFRACTION	97
3.575-4.5004	0.2127	136	0.2174	1204	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5004-26.3547	0.2006	133	0.2142	1203	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3131	3.2099	-2.65	5.6023	-6.9067	9.2047	0.0389	-0.1294	0.27	-0.2553	0.0124	-0.0359	-1.4908	0.1454	-0.1468	0.4437	-0.0507	0.0411	0.1925	-0.0832	0.3842	74.5173	74.9924	8.2679
2	2.2208	0.0271	2.803	0.0662	0.6666	9.295	0.077	0.0009	-0.0888	0.1816	0.2219	-0.3115	-0.1253	0.3125	-0.3738	0.3618	-0.0399	0.0233	0.1782	-0.0325	0.3914	77.1916	68.1949	10.3815
3	4.0468	3.2967	-0.917	7.1175	-2.2219	2.9621	0.1769	0.2998	-0.1224	0.1765	-0.3185	-0.557	-0.093	0.2951	0.103	0.2497	0.0803	0.0037	0.2815	0.0316	0.3437	81.8448	66.5355	-3.8721
4	3.2198	-3.1265	-2.6992	9.7179	7.2767	5.7215	0.3032	0.2826	0.2683	-0.9078	-0.1933	0.0704	-0.804	-0.1752	-0.0834	0.3253	0.0643	0.0146	0.1978	0.0512	0.2741	75.9145	66.6237	-7.8107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 6 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 7 through 12 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 1 through 6 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 7 through 12 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)