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- PDB-6gmo: Plant glutamate cysteine ligase (GCL) in complex with non-reducin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gmo
タイトルPlant glutamate cysteine ligase (GCL) in complex with non-reducing GSH (GSM)
要素Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
キーワードLIGASE / Glutathione synthesis / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxoacid metabolic process / glutamate-cysteine ligase / glutamate-cysteine ligase activity / glutathione biosynthetic process / chloroplast / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate--cysteine ligase, plant-type / Glutamate--cysteine ligase, bacteria and plant / Glutamate--cysteine ligase, GCS2 / Glutamate-cysteine ligase family 2(GCS2) / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 - #20 / Creatine Kinase; Chain A, domain 2 / Glutamine synthetase/guanido kinase, catalytic domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / L-GAMMA-GLUTAMYL-S-METHYLCYSTEINYLGLYCINE / Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica juncea (カラシナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Lenherr, E.D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSPP1710 ドイツ
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Plant glutathione biosynthesis revisited: redox-mediated activation of glutamylcysteine ligase does not require homo-dimerization.
著者: Yang, Y. / Lenherr, E.D. / Gromes, R. / Wang, S. / Wirtz, M. / Hell, R. / Peskan-Berghofer, T. / Scheffzek, K. / Rausch, T.
履歴
登録2018年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
B: Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,41110
ポリマ－101,4182
非ポリマー9948
水22,3391240
1
A: Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2065
ポリマ－50,7091
非ポリマー4974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2065
ポリマ－50,7091
非ポリマー4974
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.770, 109.860, 84.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.72, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Glutamate--cysteine ligase, chloroplastic / Gamma-ECS / GCS / Gamma-glutamylcysteine synthetase


分子量: 50708.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brassica juncea (カラシナ) / 遺伝子: GSH1, ECS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O23736, glutamate-cysteine ligase

-
非ポリマー , 5種, 1248分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GSM / L-GAMMA-GLUTAMYL-S-METHYLCYSTEINYLGLYCINE / S-METHYL-GLUTATHIONE / S-メチルグルタチオン


分子量: 321.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H19N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M NaAc, 20 % (w/v) PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.89 Å / Num. obs: 105763 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.72 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 14.09
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7_650精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2gwd

2gwd


解像度: 1.75→19.716 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 18.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1975 5289 5 %
Rwork0.1634 --
obs0.1651 105758 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / Bsol: 58.102 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3278 Å20 Å2-0.1528 Å2
2--0.0733 Å2-0 Å2
3----0.4011 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.716 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7019 0 64 1245 8328
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017398
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39710028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3222817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1031065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.76990.33261570.27842971X-RAY DIFFRACTION88
1.7699-1.79070.30951630.26173110X-RAY DIFFRACTION93
1.7907-1.81250.26711720.25073258X-RAY DIFFRACTION97
1.8125-1.83540.29891790.24533411X-RAY DIFFRACTION99
1.8354-1.85960.27161750.23213318X-RAY DIFFRACTION99
1.8596-1.8850.28411760.22183351X-RAY DIFFRACTION99
1.885-1.91190.27331770.21363344X-RAY DIFFRACTION99
1.9119-1.94040.25321770.19593365X-RAY DIFFRACTION100
1.9404-1.97070.22521770.18383366X-RAY DIFFRACTION99
1.9707-2.0030.19861750.17683326X-RAY DIFFRACTION100
2.003-2.03750.21721790.17363411X-RAY DIFFRACTION100
2.0375-2.07450.24471770.17613350X-RAY DIFFRACTION100
2.0745-2.11440.21861770.16633361X-RAY DIFFRACTION100
2.1144-2.15750.21041760.16423358X-RAY DIFFRACTION100
2.1575-2.20430.22121770.15833366X-RAY DIFFRACTION100
2.2043-2.25560.20581790.15163383X-RAY DIFFRACTION100
2.2556-2.31190.17981760.14953355X-RAY DIFFRACTION100
2.3119-2.37430.18551760.14933345X-RAY DIFFRACTION100
2.3743-2.4440.19951810.15293432X-RAY DIFFRACTION100
2.444-2.52280.20891750.15043324X-RAY DIFFRACTION100
2.5228-2.61270.18181780.14993387X-RAY DIFFRACTION100
2.6127-2.71710.2091780.15643389X-RAY DIFFRACTION100
2.7171-2.84040.18441790.14743394X-RAY DIFFRACTION100
2.8404-2.98970.2011780.15023377X-RAY DIFFRACTION100
2.9897-3.17630.1811770.14953376X-RAY DIFFRACTION100
3.1763-3.42030.19011790.15193391X-RAY DIFFRACTION100
3.4203-3.76240.16781780.14243392X-RAY DIFFRACTION100
3.7624-4.30190.14231790.13183400X-RAY DIFFRACTION100
4.3019-5.40140.14241800.13173412X-RAY DIFFRACTION100
5.4014-19.71740.17931820.19293446X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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