PDB-6gm5: [FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gm5

タイトル

[FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A

要素

Fe-hydrogenase

キーワード

HYDROLASE / Hydrogenase / H-cluster / apo-form

機能・相同性

機能・相同性情報

1.18.99.1 / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Duan, J. / Engelbrecht, V. / Esselborn, J. / Hofmann, E. / Winkler, M. / Happe, T.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystallographic and spectroscopic assignment of the proton transfer pathway in [FeFe]-hydrogenases.
著者: Duan, J. / Senger, M. / Esselborn, J. / Engelbrecht, V. / Wittkamp, F. / Apfel, U.P. / Hofmann, E. / Stripp, S.T. / Happe, T. / Winkler, M.

履歴

登録	2018年5月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年11月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gm5.cif.gz	110.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gm5.ent.gz	80.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gm5_validation.pdf.gz	438.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gm5_full_validation.pdf.gz	440.4 KB	表示
XML形式データ	6gm5_validation.xml.gz	22.1 KB	表示
CIF形式データ	6gm5_validation.cif.gz	34.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/6gm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/6gm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6glyC 6glzC 6gm0C 6gm1C 6gm2C 6gm3C 6gm4C 6gm6C 6gm7C 6gm8C 3lx4S 4r0v S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gm6-d 4r0v-2 6gl6-d 4qfu-2 6wjy-1 2oyl-1 3lx4-2 6e41-1 5wmu-1 5wn8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Fe-hydrogenase

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.620, 70.620, 154.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1166- HOH
2	1	A-1249- HOH
3	1	A-1262- HOH

#1: タンパク質	Fe-hydrogenase / Iron hydrogenase / Iron-hydrogenase HydA1 分子量: 48819.684 Da / 分子数: 1 / 断片: apo enzyme / 変異: E141A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 遺伝子: hyd1, HYD1, hydA, hydA1, CHLRE_03g199800v5, CHLREDRAFT_183963 プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): DiscR / 参照: UniProt: Q9FYU1, 1.18.99.1
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 11% PEG 4000, 0.5 M NaCl,0.1 M MES

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.972958 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月25日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.972958 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.45→48 Å / Num. obs: 79955 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 18.38 % / B_iso Wilson estimate: 17.43 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 22.11

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.45-1.49	1.079	2.24	0.723	1	97.2
1.49-1.53	0.909	3.1	0.868	1	99.8
1.53-1.57	0.76	4.59	0.928	1	100
1.57-1.62	0.624	6.13	0.961	1	100
1.62-1.67	0.494	7.68	0.977	1	100
1.67-1.73	0.38	9.75	0.986	1	100
1.73-1.8	0.304	11.84	0.991	1	100
1.8-1.87	0.236	15.45	0.995	1	100
1.87-1.96	0.188	18.92	0.996	1	100
1.96-2.05	0.148	22.93	0.997	1	100
2.05-2.16	0.115	27.34	0.998	1	100
2.16-2.29	0.097	33	0.998	1	100
2.29-2.45	0.083	37.63	0.999	1	100
2.45-2.65	0.075	40.17	0.999	1	100
2.65-2.9	0.064	45.49	0.999	1	100
2.9-3.24	0.056	52.36	0.999	1	100
3.24-3.74	0.048	59.09	0.999	1	100
3.74-4.59	0.044	61.02	0.999	1	100
4.59-6.48	0.045	61.91	0.999	1	99.9
6.48-47.999	0.043	60.72	1	1	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LX4

3lx4

解像度: 1.45→47.999 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.98

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1969	4004	5.01 %	random selection
R_work	0.1653	-	-	-
obs	0.1668	79944	99.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.89 Å² / B_iso mean: 26.2838 Å² / B_iso min: 9.81 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→47.999 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3094	0	10	577	3681
B_iso mean	-	-	16.57	38.29	-
残基数	-	-	-	-	409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.224	4313
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	482
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	559
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.836	1188

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4501-1.4671	0.2879	127	0.2757	2505	2632	96
1.4671-1.485	0.3175	136	0.2565	2527	2663	98
1.485-1.5038	0.254	135	0.2472	2588	2723	99
1.5038-1.5236	0.28	133	0.2317	2564	2697	100
1.5236-1.5445	0.2495	140	0.213	2621	2761	100
1.5445-1.5665	0.284	134	0.206	2616	2750	100
1.5665-1.5899	0.2123	135	0.2011	2548	2683	100
1.5899-1.6148	0.2237	132	0.1894	2599	2731	100
1.6148-1.6412	0.2245	142	0.181	2620	2762	100
1.6412-1.6695	0.2179	137	0.1818	2563	2700	100
1.6695-1.6999	0.1892	143	0.1729	2626	2769	100
1.6999-1.7326	0.2335	138	0.1705	2596	2734	100
1.7326-1.768	0.2058	136	0.1726	2613	2749	100
1.768-1.8064	0.1999	137	0.1709	2601	2738	100
1.8064-1.8484	0.2037	135	0.1642	2598	2733	100
1.8484-1.8947	0.1891	138	0.1655	2599	2737	100
1.8947-1.9459	0.1941	138	0.1656	2606	2744	100
1.9459-2.0032	0.2076	139	0.1701	2630	2769	100
2.0032-2.0678	0.1915	135	0.1675	2603	2738	100
2.0678-2.1417	0.1928	138	0.1623	2639	2777	100
2.1417-2.2275	0.1904	137	0.1562	2613	2750	100
2.2275-2.3288	0.1766	138	0.1507	2619	2757	100
2.3288-2.4516	0.1939	141	0.1625	2653	2794	100
2.4516-2.6052	0.2172	141	0.1638	2635	2776	100
2.6052-2.8063	0.1721	138	0.1662	2639	2777	100
2.8063-3.0887	0.2007	144	0.1629	2677	2821	100
3.0887-3.5355	0.184	141	0.1503	2684	2825	100
3.5355-4.4539	0.1751	141	0.1341	2719	2860	100
4.4539-48.0257	0.1898	155	0.1735	2839	2994	100

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