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万見
- PDB-6gm3: [FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant R286A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gm3
タイトル[FeFe]-hydrogenase CpI from Clostridium pasteurianum, variant R286A
要素Iron hydrogenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Hydrogenase / H-cluster / semisynthetic enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin hydrogenase / ferredoxin hydrogenase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like (UB roll) - #740 / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Iron hydrogenase, small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Alpha-Beta Plaits - #20 ...Ubiquitin-like (UB roll) - #740 / Iron hydrogenase, small subunit superfamily / Iron hydrogenase, subset / Iron hydrogenase, small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase small subunit / Iron hydrogenase, large subunit, C-terminal / Iron hydrogenase / Iron only hydrogenase large subunit, C-terminal domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit G, iron-sulphur binding / His(Cys)3-ligated-type [4Fe-4S] domain profile. / 4Fe-4S dicluster domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Alpha-Beta Plaits / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-402 / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / IRON/SULFUR CLUSTER / Iron hydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Duan, J. / Esselborn, J. / Hofmann, E. / Winkler, M. / Happe, T.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Crystallographic and spectroscopic assignment of the proton transfer pathway in [FeFe]-hydrogenases.
著者: Duan, J. / Senger, M. / Esselborn, J. / Engelbrecht, V. / Wittkamp, F. / Apfel, U.P. / Hofmann, E. / Stripp, S.T. / Happe, T. / Winkler, M.
履歴
登録2018年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iron hydrogenase 1
B: Iron hydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)133,97416
ポリマ－130,0512
非ポリマー3,92314
水12,178676
1
A: Iron hydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9878
ポリマ－65,0251
非ポリマー1,9627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Iron hydrogenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9878
ポリマ－65,0251
非ポリマー1,9627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)89.810, 72.890, 103.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Iron hydrogenase 1 / CpI / Fe-only hydrogenase / [Fe] hydrogenase


分子量: 65025.293 Da / 分子数: 2 / 断片: complete enzyme / 変異: R286A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): DiscR / 参照: UniProt: P29166, ferredoxin hydrogenase

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非ポリマー , 5種, 690分子

#2: 化合物 ChemComp-402 / dicarbonyl[bis(cyanide-kappaC)]-mu-(iminodimethanethiolatato-1kappaS:2kappaS)-mu-(oxomethylidene)diiron(2+)


分子量: 354.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5Fe2N3O3S2
#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 676 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 23% PEG 4000, 0.4 M MgCl2,0.1 M MES, 17 % glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.22→48.115 Å / Num. obs: 64796 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.32 % / Biso Wilson estimate: 28.49 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.938 / Net I/σ(I): 9.73
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.22-2.280.6982.0747670.7350.79898.1
2.28-2.340.5962.5246020.8290.67898
2.34-2.410.5242.9745220.8710.5998.2
2.41-2.480.4873.1943700.8750.5598.4
2.48-2.560.4233.5542530.9020.47898.4
2.56-2.650.364.1340850.920.40998.4
2.65-2.750.2994.6639910.9360.34298.6
2.75-2.870.2535.5438250.9550.28898.5
2.87-2.990.217.0136950.9730.23698.9
2.99-3.140.1758.1435260.9790.19798.8
3.14-3.310.13210.4433670.9870.14998.8
3.31-3.510.09813.0231670.9920.11299.1
3.51-3.750.07815.3129800.9930.0998.9
3.75-4.050.06419.6128020.9970.07299.2
4.05-4.440.04923.8425610.9980.05699.3
4.44-4.960.05124.0823190.9970.05897.2
4.96-5.730.04922.320770.9970.05699.3
5.73-7.020.0524.8917570.9980.05799.4
7.02-9.930.0431.0513780.9980.04699.1
9.93-48.1150.03538.497520.9980.0495.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XDC

4xdc


解像度: 2.22→46.665 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.21
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2304 3283 5.07 %random selection
Rwork0.1845 ---
obs0.1869 64773 98.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.6 Å2 / Biso mean: 38.0738 Å2 / Biso min: 11.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→46.665 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8909 0 108 676 9693
Biso mean--25.41 43.45 -
残基数----1149
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029252
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6112417
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.443437
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.22-2.25320.31091520.25942642279498
2.2532-2.28840.28131390.24532656279598
2.2884-2.32590.27591410.23362622276398
2.3259-2.3660.29341400.22392649278998
2.366-2.4090.30081340.20732675280998
2.409-2.45530.28431450.20682619276498
2.4553-2.50550.26951400.20832660280098
2.5055-2.55990.25681320.20682693282599
2.5599-2.61950.27661490.20222614276398
2.6195-2.6850.30081410.20172687282899
2.685-2.75760.28321510.19852632278398
2.7576-2.83870.25991420.20062652279499
2.8387-2.93030.27311340.18412698283299
2.9303-3.0350.26211290.18522699282899
3.035-3.15650.26111310.18482690282199
3.1565-3.30010.22081560.17112662281899
3.3001-3.47410.20271630.16762651281499
3.4741-3.69160.21861580.1682676283499
3.6916-3.97650.18771250.15622725285099
3.9765-4.37650.17971420.14812707284999
4.3765-5.00910.18491370.1682682281998
5.0091-6.30850.22051650.19082703286899
6.3085-46.67550.18821370.18842796293398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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