PDB-6gkv: Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gkv

タイトル

Crystal structure of Coclaurine N-Methyltransferase (CNMT) bound to N-methylheliamine and SAH

要素

Coclaurine N-methyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / N-methylheliamine / Coclaurine N-Methyltransferase

機能・相同性

(RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase / (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase activity / Mycolic acid cyclopropane synthetase / methylation / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Chem-F2W / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Coclaurine N-methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Coptis japonica (オウレン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Dunstan, M.S. / Levy, C.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Structure and Biocatalytic Scope of Coclaurine N-Methyltransferase.
著者: Bennett, M.R. / Thompson, M.L. / Shepherd, S.A. / Dunstan, M.S. / Herbert, A.J. / Smith, D.R.M. / Cronin, V.A. / Menon, B.R.K. / Levy, C. / Micklefield, J.

履歴

登録	2018年5月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gkv.cif.gz	302.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gkv.ent.gz	247.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gkv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gkv_validation.pdf.gz	930.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gkv_full_validation.pdf.gz	942.1 KB	表示
XML形式データ	6gkv_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	6gkv_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/6gkv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gkyC 6gkzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gkz-1 6p3o-1 3x2t-d 4u83-2 2ca0-d 1p35-1 6p3m-1 5t8p-d 6p3n-1 1v3d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Coclaurine N-methyltransferase

B: Coclaurine N-methyltransferase

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.470, 96.050, 154.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Coclaurine N-methyltransferase 分子量: 41070.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coptis japonica (オウレン) / 遺伝子: cnmt / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q948P7, (RS)-1-benzyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinoline N-methyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-F2W / 6,7-dimethoxy-2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-2-ium 分子量: 208.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₈NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.12 M Ethylene Glycol 0.1 M HEPES/MOPS (pH 7.4) 37.5 % MPD_PEG 1K/PEG 3350 and 1 mM AdoHcy

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→46.251 Å / Num. obs: 30861 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 13.5
反射シェル	解像度: 2.35→2.41 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→46.251 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2653	1525	4.94 %
R_work	0.1939	-	-
obs	0.1975	30861	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 152.47 Å² / B_iso mean: 62.9848 Å² / B_iso min: 22.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.35→46.251 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5709	0	82	81	5872
B_iso mean	-	-	63.8	49.3	-
残基数	-	-	-	-	698

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	5919
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.306	8006
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	874
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1011
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.234	2200

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.35-2.4259	0.3853	140	0.3223	2617	2757	100
2.4259-2.5126	0.3593	130	0.2877	2611	2741	100
2.5126-2.6132	0.333	132	0.2726	2638	2770	100
2.6132-2.7321	0.3757	133	0.258	2629	2762	100
2.7321-2.8761	0.3219	124	0.2465	2642	2766	100
2.8761-3.0563	0.3538	139	0.2328	2649	2788	100
3.0563-3.2922	0.3022	143	0.2277	2636	2779	100
3.2922-3.6234	0.271	131	0.1966	2671	2802	100
3.6234-4.1474	0.2667	157	0.1711	2693	2850	100
4.1474-5.2242	0.2166	142	0.1375	2708	2850	100
5.2242-46.26	0.194	154	0.1643	2842	2996	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0355	0.0469	1.0971	1.4683	-0.1321	2.0852	0.0136	-0.2503	-0.1126	0.3586	0.1824	0.1769	0.1363	-0.4789	-0.1296	0.3247	-0.0529	0.0434	0.3965	0.0084	0.3467	7.9609	10.6129	-18.4251
2	1.291	-0.5303	1.4863	1.4179	-1.0243	1.8184	-0.0379	-0.2199	0.2104	0.1421	0.0382	-0.378	-0.0915	0.329	0.0711	0.2974	-0.0409	-0.0331	0.5621	-0.0351	0.5346	28.5358	22.3516	-19.2582
3	1.9361	-0.333	0.8079	1.5645	0.1592	2.1384	-0.2806	-0.1383	0.5568	0.1462	0.0664	-0.4929	-0.6043	0.3496	0.1496	0.5114	-0.0738	-0.118	0.3802	0.0034	0.6077	28.3592	35.9748	-22.0354
4	1.0244	-0.4067	0.3636	2.1737	-0.2458	2.5105	0.0499	-0.1493	0.0931	-0.0601	-0.0038	-0.1513	0.189	0.1022	0.0176	0.1705	-0.0066	0.0043	0.2862	-0.0189	0.2862	19.9315	18.1456	-19.881
5	0.4765	-0.6149	0.3165	0.8269	0.3461	1.8645	0.0319	0.2255	-0.0752	-0.5322	-0.0875	0.1668	-0.0468	-0.1281	0.0006	0.5687	0.0766	-0.0591	0.3943	-0.0141	0.3962	2.0717	15.662	-56.8044
6	1.9453	-0.8539	0.0784	1.7396	-0.4684	2.488	0.064	0.196	0.1256	-0.4985	-0.1066	0.206	-0.5759	-0.2962	0.1608	0.7979	0.2544	-0.1093	0.5061	-0.0869	0.4242	-8.6202	37.5817	-58.0616
7	1.441	-0.4654	0.3201	1.333	0.1812	2.1253	0.1498	0.2207	-0.0889	-0.5338	-0.1536	0.1272	-0.0524	-0.0169	0.0279	0.5645	0.0866	-0.0602	0.3203	-0.0234	0.2924	1.915	19.861	-55.8675

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 66 )	A	7 - 66
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 125 )	A	67 - 125
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 222 )	A	126 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 223 through 357 )	A	223 - 357
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 11 through 124 )	B	11 - 124
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 125 through 198 )	B	125 - 198
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 199 through 357 )	B	199 - 357

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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