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- PDB-6gjh: Human Hsp27 (HspB1) alpha-crystallin domain in complex with a pep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gjh
タイトルHuman Hsp27 (HspB1) alpha-crystallin domain in complex with a peptide mimic of its phosphorylatable N-terminal region
要素
  • ALA-LEU-SER-ARG
  • ALA-LEU-SER-ARG-GLN
  • Heat shock protein beta-1
  • LEU-SER-GLY-VAL
キーワードCHAPERONE / Ig-fold / sHSP
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde axonal protein transport / cornified envelope / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of translational initiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / protein kinase C inhibitor activity / response to unfolded protein / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway ...anterograde axonal protein transport / cornified envelope / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of translational initiation / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / protein kinase C inhibitor activity / response to unfolded protein / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / chaperone-mediated protein folding / axon cytoplasm / protein folding chaperone / proteasome complex / positive regulation of interleukin-1 beta production / ubiquitin binding / regulation of autophagy / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / protein kinase C binding / regulation of protein phosphorylation / negative regulation of protein kinase activity / MAPK6/MAPK4 signaling / response to virus / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Z disc / spindle / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of tumor necrosis factor production / unfolded protein binding / protein refolding / response to heat / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / intracellular signal transduction / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Heat shock protein beta-1, ACD domain / Alpha crystallin/Small heat shock protein, animal type / Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone
類似検索 - ドメイン・相同性
Heat shock protein beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Collier, M.P. / Benesch, J.L.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K004247/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J018082/1 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: HspB1 phosphorylation regulates its intramolecular dynamics and mechanosensitive molecular chaperone interaction with filamin C.
著者: Collier, M.P. / Alderson, T.R. / de Villiers, C.P. / Nicholls, D. / Gastall, H.Y. / Allison, T.M. / Degiacomi, M.T. / Jiang, H. / Mlynek, G. / Furst, D.O. / van der Ven, P.F.M. / Djinovic- ...著者: Collier, M.P. / Alderson, T.R. / de Villiers, C.P. / Nicholls, D. / Gastall, H.Y. / Allison, T.M. / Degiacomi, M.T. / Jiang, H. / Mlynek, G. / Furst, D.O. / van der Ven, P.F.M. / Djinovic-Carugo, K. / Baldwin, A.J. / Watkins, H. / Gehmlich, K. / Benesch, J.L.P.
履歴
登録2018年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein beta-1
B: Heat shock protein beta-1
E: Heat shock protein beta-1
F: Heat shock protein beta-1
G: Heat shock protein beta-1
H: Heat shock protein beta-1
C: Heat shock protein beta-1
D: Heat shock protein beta-1
K: ALA-LEU-SER-ARG-GLN
J: LEU-SER-GLY-VAL
L: ALA-LEU-SER-ARG
I: ALA-LEU-SER-ARG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,67713
ポリマ－79,58412
非ポリマー921
水6,684371
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Native mass spectrometry supports dimeric assembly for this construct, rather than tetrameric or octameric as may be inferred from the structure.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area43210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.810, 157.670, 57.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABEFGHCD

#1: タンパク質
Heat shock protein beta-1 / HspB1 / 28 kDa heat shock protein / Estrogen-regulated 24 kDa protein / Heat shock 27 kDa protein / ...HspB1 / 28 kDa heat shock protein / Estrogen-regulated 24 kDa protein / Heat shock 27 kDa protein / HSP 27 / Stress-responsive protein 27 / SRP27


分子量: 9717.790 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HSPB1, HSP27, HSP28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04792

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 4分子 KJLI

#2: タンパク質・ペプチド ALA-LEU-SER-ARG-GLN


分子量: 574.651 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド LEU-SER-GLY-VAL


分子量: 374.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: タンパク質・ペプチド ALA-LEU-SER-ARG


分子量: 446.522 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 372分子

#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 371 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% PEG 3350; 0.02 M sodium potassium diphosphate; 0.1 M Bis-Tris propane pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→78.84 Å / Num. obs: 57271 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 32.31 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.081 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 165497 / Scaling rejects: 104
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.1-2.162.90.811283143560.5280.560.991.495.8
9.15-78.843.30.05325157530.9940.0330.06313.399.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.33 Å78.83 Å
Translation5.33 Å78.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.5.15データスケーリング
PHASER2.7.17位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MJH

4mjh


解像度: 2.1→57.608 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 27.7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 2773 4.85 %
Rwork0.2108 --
obs0.2127 57142 97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 125.38 Å2 / Biso mean: 42.2891 Å2 / Biso min: 14.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→57.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5534 0 6 371 5911
Biso mean--72.12 38.31 -
残基数----712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025775
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5247870
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048882
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5343531
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1-2.13630.35871390.31512674281396
2.1363-2.17510.30081480.31182613276194
2.1751-2.21690.32421300.30682651278195
2.2169-2.26220.36111470.29762622276994
2.2622-2.31140.30871440.29762645278995
2.3114-2.36520.30511320.29652621275394
2.3652-2.42430.29711430.28782661280495
2.4243-2.48990.28451430.272613275694
2.4899-2.56310.361290.26962673280296
2.5631-2.64580.28761320.26542725285797
2.6458-2.74040.31671420.26822737287998
2.7404-2.85010.32461420.2592776291899
2.8501-2.97980.28811640.23552748291299
2.9798-3.13690.27371270.2272743287098
3.1369-3.33350.28521350.213728012936100
3.3335-3.59080.24111330.18862790292399
3.5908-3.95210.20221250.174728092934100
3.9521-4.52380.15761350.14552825296099
4.5238-5.69870.15571200.13682830295099
5.6987-57.63010.24271630.17972812297599
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5216-3.78154.98223.1401-4.08645.3720.41190.6824-0.3862-0.4597-0.09550.64560.3720.2673-0.34460.4190.0454-0.12310.42830.04270.31793.0322-6.622434.039
27.6308-4.33-1.74672.43060.88493.47350.0104-0.3552-0.40730.0824-0.05990.10010.11950.06570.03980.380.0006-0.05520.20060.06830.2493-24.21888.339827.384
36.4529-3.82371.66086.59741.73412.6667-0.5405-1.10250.29780.76120.6299-0.7024-0.2274-0.0886-0.0830.52460.0604-0.02810.3705-0.03080.2737-37.344225.812830.629
47.5966-4.290.91944.2454-0.28913.6385-0.195-0.2641-0.26450.40930.1122-0.08350.14350.24210.06430.32710.0031-0.00010.23010.07540.2231-20.075.624626.305
56.5595-6.2887-4.88686.65695.27234.6890.124-0.53621.0182-0.1720.1597-1.4065-0.5270.5582-0.26130.3887-0.0852-0.10050.38280.01550.3813-35.96134.794417.8172
64.337-3.5184-0.15935.6550.51221.6698-0.10150.23190.12740.2895-0.15440.0733-0.1563-0.06480.22540.2908-0.0443-0.08140.20370.02770.1773-39.427925.374716.7651
74.2094-4.94385.56686.1523-6.35387.6347-0.27170.32870.220.4102-0.2801-0.1749-0.13360.20220.61980.22180.0469-0.00540.34870.0410.2775-57.38615.3206-33.4909
85.50933.807-5.36376.7144-5.18759.20450.08160.08770.2137-0.19240.26580.20850.1706-0.8725-0.44080.30720.0978-0.10850.42670.00230.2291-54.1642-9.9187-6.9661
92.88181.5821-0.6796.0794-4.24536.1830.1123-0.15360.20660.01640.20350.6118-0.4157-0.6131-0.24910.30510.117-0.04060.4822-0.03080.2545-53.181-11.5346-2.9504
106.11132.5306-2.08425.5743-4.32983.3417-0.57140.31820.4072-0.86570.39130.2675-0.6082-0.7683-0.08550.50540.0656-0.05470.42410.06730.2409-51.8217-4.5761-15.769
114.17973.1435-0.97556.3456-3.40493.45060.01940.3448-0.4428-0.74930.24740.08150.8726-0.2485-0.22690.49110.008-0.12970.3171-0.03710.3046-47.3471-32.90499.1589
122.54361.6564-2.27925.9363-4.1046.33430.2088-0.114-0.04760.0598-0.05480.25970.2825-0.1981-0.1420.2958-0.0398-0.10410.3425-0.05380.1752-46.5007-26.92269.2418
138.1429-5.2-7.6333.44234.9937.3073-0.52790.0039-0.50410.4484-0.15320.4302-0.0019-0.19170.71860.30310.04320.01750.2994-0.12510.2774-22.2648-47.4292-1.5326
147.57134.7955.45824.93946.46718.94140.09070.6408-0.196-1.010.2995-0.4448-0.54590.5168-0.25780.48740.0875-0.01690.3522-0.02180.2356-30.427-31.126215.7683
155.03932.54022.39336.81724.82433.55860.4495-0.0699-0.0070.010.2559-0.56130.28820.5435-0.72070.36920.05920.01620.3748-0.1180.3787-26.3372-29.742929.1799
164.82633.91473.7485.83865.63245.22910.2119-0.14170.00170.1371-0.1553-0.33250.34130.006-0.1030.40970.04590.00310.3275-0.03750.2728-30.3137-24.60532.9015
175.531.64631.38158.41584.86726.43260.17590.1711-0.1241-0.120.1598-0.28120.36690.4312-0.39570.33970.0746-0.02280.3098-0.03450.155-28.2893-36.555217.6612
189.26881.37610.9826.63661.37184.1578-0.31751.0391-0.381-0.41590.6913-0.1618-0.458-0.2198-0.49580.6824-0.03260.23550.62080.01990.6331-32.0031-1.474735.1741
193.3813.05291.2745.32363.50233.8664-0.53940.28320.6739-1.43430.17341.0343-1.3747-0.36150.4020.6268-0.0029-0.0260.28770.11660.45-35.68510.292339.355
203.00671.72030.80226.36225.08045.74710.0815-0.1376-0.09530.1057-0.1354-0.00130.1884-0.13420.04780.29630.0634-0.01880.23310.00070.1609-40.3723-19.130236.3992
212.4240.72221.9316.56652.85544.43590.0299-0.10240.1456-0.1098-0.1043-0.088-0.3047-0.11470.0910.2461-0.00330.04110.2280.02130.1172-37.5239-6.795542.3819
226.25471.8974-5.10780.5999-1.60594.20870.6212-0.23020.27130.7445-0.39970.3757-0.2173-0.0131-0.22330.3905-0.17680.09590.40470.02660.1906-25.560244.4462-7.0966
239.0056.69533.35186.45252.23521.4704-0.14930.1363-1.0292-0.44830.1294-0.9578-0.12240.1830.04680.4175-0.04510.0460.33880.08630.3395-47.89323.661-1.8319
248.27577.90746.92347.72595.38799.2021-0.4537-0.18780.7883-0.7646-0.30620.7693-0.602-0.81630.76550.38860.0081-0.0650.340.04720.2232-57.00629.7844-2.4564
258.41117.15453.03399.0484.21486.5737-0.44410.2770.0538-1.0676-0.15810.32330.1185-0.29680.3570.3982-0.02290.02330.38060.02730.2008-61.370416.7833-1.4288
263.81884.3712-0.16415.90370.6146.9171-0.23680.53030.15960.05730.3587-0.0095-0.44010.4213-0.1680.2959-0.0227-0.03150.37440.01250.2764-44.960232.7322-2.9188
275.22445.4467-4.31016.1665-3.24327.5407-0.058-1.180.1339-0.0515-0.20380.42560.09770.67290.22350.89370.14020.13480.7345-0.1460.9271-64.4394-4.98085.3167
287.61124.9622.29888.27044.32515.8369-0.03170.4118-0.14030.2917-0.18740.14580.37840.26970.18910.28340.0250.01970.3249-0.0090.1461-68.59999.0038.1151
296.34236.71333.19388.40615.08944.6533-0.1077-0.05530.05450.0088-0.14130.2199-0.2242-0.26040.28050.2791-0.0326-0.05930.36150.03210.2923-60.726818.81787.0311
306.15592.83370.92248.69093.75238.2423-0.0362-0.1259-0.407-0.25290.04440.24881.04920.0783-0.06520.42930.0067-0.01440.21870.03330.2479-71.63940.048310.0738
312.1278-1.1139-1.12647.73086.02664.73440.17430.31430.0425-2.07981.1603-1.68860.5296-0.6244-1.08731.014-0.04970.08360.9551-0.19860.7216-36.0711-25.48540.3584
325.10951.6414-1.11023.10071.76812.1313-0.9222-0.1265-0.6731-1.46160.8007-1.2933-0.72940.7754-0.18240.60050.12530.18841.3270.0420.5915-57.97539.47813.6891
336.41155.31842.87977.88162.11781.3111-0.5581-0.1788-0.63521.1876-0.26610.61790.985-0.86440.48410.9635-0.04760.22721.34590.07980.4193-47.5373-16.477329.1945
347.9908-7.0919-3.77567.81385.51034.8502-1.35443.278-1.4272-0.1556-0.277-0.34350.73431.66491.33410.76380.09450.29411.15160.28351.3022-29.186522.19668.2097
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 84 through 93 )A84 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 94 through 124 )A94 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 125 through 135 )A125 - 135
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 170 )A136 - 170
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 84 through 105 )B84 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 170 )B106 - 170
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 84 through 93 )E84 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'E' and (resid 94 through 114 )E94 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 115 through 161 )E115 - 161
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 162 through 170 )E162 - 170
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 84 through 114 )F84 - 114
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 115 through 170 )F115 - 170
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'G' and (resid 84 through 93 )G84 - 93
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 94 through 100 )G94 - 100
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 101 through 114 )G101 - 114
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 115 through 143 )G115 - 143
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 144 through 170 )G144 - 170
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 84 through 90 )H84 - 90
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 91 through 100 )H91 - 100
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 101 through 135 )H101 - 135
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 136 through 170 )H136 - 170
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 84 through 93 )C84 - 93
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 94 through 105 )C94 - 105
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 106 through 124 )C106 - 124
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 125 through 143 )C125 - 143
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 144 through 170 )C144 - 170
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 85 through 93 )D85 - 93
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 94 through 124 )D94 - 124
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 125 through 143 )D125 - 143
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 144 through 170 )D144 - 170
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'K' and (resid 76 through 80 )K76 - 80
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'J' and (resid 77 through 85 )J77 - 85
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 76 through 79 )L76 - 79
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'I' and (resid 76 through 79 )I76 - 79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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