PDB-6giw: Water-soluble Chlorophyll Protein (WSCP) from Lepidium virginicum...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6giw

タイトル

Water-soluble Chlorophyll Protein (WSCP) from Lepidium virginicum (Mutation L91P) with Chlorophyll-a

要素

Water-soluble chlorophyll protein

キーワード

PLANT PROTEIN / Tetramer / Plant / Lepidium virginicum / Chlorophyll / Water-soluble Chlorophyll Protein / Photooxidation / Chlorophyll Carrier

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Lepidium virginicum (コウベナズナ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Palm, D.M. / Agostini, A. / Averesch, V. / Girr, P. / Werwie, M. / Takahashi, S. / Satoh, H. / Jaenicke, E. / Paulsen, H.

引用

ジャーナル: Nat Plants / 年: 2018
タイトル: Chlorophyll a/b binding-specificity in water-soluble chlorophyll protein.
著者: Palm, D.M. / Agostini, A. / Averesch, V. / Girr, P. / Werwie, M. / Takahashi, S. / Satoh, H. / Jaenicke, E. / Paulsen, H.

履歴

登録	2018年5月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年11月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Non-polymer description / Refinement description カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_chiral Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6giw.cif.gz	141.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6giw.ent.gz	111 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6giw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6giw_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6giw_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	6giw_validation.xml.gz	29.9 KB	表示
CIF形式データ	6giw_validation.cif.gz	36.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6giw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6giw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gixC 2dreS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6s2y-d 6gix-d 6s2z-1 1kzq-d 5hpz-1 4caj-d 5fuc-1 3vzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Water-soluble chlorophyll protein

B: Water-soluble chlorophyll protein

C: Water-soluble chlorophyll protein

D: Water-soluble chlorophyll protein

ヘテロ分子

81.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, The structure us a point mutation (L91P) of structure 2DRE, which is known to be a tetramer

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.720, 81.710, 121.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	4 - 179
2	1	B	4 - 179
1	2	A	3 - 178
2	2	C	3 - 178
1	3	A	3 - 178
2	3	D	3 - 178
1	4	B	4 - 179
2	4	C	4 - 179
1	5	B	4 - 179
2	5	D	4 - 179
1	6	C	3 - 179
2	6	D	3 - 179

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Water-soluble chlorophyll protein 分子量: 19575.484 Da / 分子数: 4 / 変異: L91P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lepidium virginicum (コウベナズナ) 組織: Leaf / 遺伝子: WSCP1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O04797
#2: 化合物	ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A 分子量: 893.489 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M Na/K Phosphate, 3.2M Ammonium sulfate, 5% Sucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年1月5日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→19.73 Å / Num. obs: 18323 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8.1 % / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique obs: 1341 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2DRE

2dre

解像度: 2.8→19.73 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.892 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 17.163 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.452

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27677	917	5 %	RANDOM
R_work	0.23363	-	-	-
obs	0.23576	17406	99.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.575 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.07 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→19.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4849	0	260	38	5147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	5826
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.366	2.028	7993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.633	5	700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.221	25.796	245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.48	15	873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.771	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.349	4.99	2815
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.984	7.471	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.509	4.82	3011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	9.2	62.376	8487
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9986	0.1
1	2	B	9986	0.1
2	1	A	10138	0.1
2	2	C	10138	0.1
3	1	A	10176	0.1
3	2	D	10176	0.1
4	1	B	9976	0.09
4	2	C	9976	0.09
5	1	B	10090	0.09
5	2	D	10090	0.09
6	1	C	10364	0.08
6	2	D	10364	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	66	-
R_work	0.35	1244	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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