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万見
- PDB-6gir: Arabidopsis thaliana cytosolic seryl-tRNA synthetase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gir
タイトルArabidopsis thaliana cytosolic seryl-tRNA synthetase
要素Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / tRNA synthetase / protein synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial seryl-tRNA aminoacylation / seryl-tRNA aminoacylation / serine-tRNA ligase / serine-tRNA ligase activity / plastid / tRNA binding / cytoplasmic translation / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal / Seryl-tRNA synthetase N-terminal domain / Serine-tRNA ligase, type1 / Serine-tRNA ligase catalytic core domain / Serine-tRNA synthetase, type1, N-terminal domain superfamily / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine--tRNA ligase, cytoplasmic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.343 Å
データ登録者Kekez, I. / Kekez, M. / Rokov-Plavec, J. / Matkovic-Calogovic, D.
資金援助3件
組織認可番号国
Ministry of Science, Education and Sports of the Republic of Croatia119-0982913-1358
Croatian Science Foundation09.01/293
European Communitys Seventh Framework ProgrammeFP7-Regpot/IntegraLife,315997
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2019
タイトル: Arabidopsis seryl-tRNA synthetase: the first crystal structure and novel protein interactor of plant aminoacyl-tRNA synthetase.
著者: Kekez, M. / Zanki, V. / Kekez, I. / Baranasic, J. / Hodnik, V. / Duchene, A.M. / Anderluh, G. / Gruic-Sovulj, I. / Matkovic-Calogovic, D. / Weygand-Durasevic, I. / Rokov-Plavec, J.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1431
ポリマ－52,1431
非ポリマー00
水1,27971
1
A: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic

A: Serine--tRNA ligase, cytoplasmic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2872
ポリマ－104,2872
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4740 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area35060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.127, 45.607, 103.548
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-505-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Serine--tRNA ligase, cytoplasmic / Seryl-tRNA synthetase / SerRS / Seryl-tRNA(Ser/Sec) synthetase


分子量: 52143.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g27470, F21A20_180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q39230, serine-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Hanging drop vapor diffusion method; mixture of 4 uL 3.9 mg/mL protein solution, 2 uL of precipitating solution (0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7, 30%(w/v) PEG 4000) and 1uL of additive solution ...詳細: Hanging drop vapor diffusion method; mixture of 4 uL 3.9 mg/mL protein solution, 2 uL of precipitating solution (0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7, 30%(w/v) PEG 4000) and 1uL of additive solution (0.6 M MgCl2) at 291 K.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.343→73.28 Å / Num. obs: 16605 / % possible obs: 96.06 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Net I/σ(I): 5.29
反射 シェル解像度: 2.343→2.44 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
CrysalisPro1.171.38.43データ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qne

3qne


解像度: 2.343→30.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 15.166 / SU ML: 0.331 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.485 / ESU R Free: 0.298 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27845 891 5.1 %RANDOM
Rwork0.21126 ---
obs0.21463 16605 96.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.021 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.15 Å20 Å22.43 Å2
2---3.14 Å2-0 Å2
3----2.58 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.343→30.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3177 0 0 71 3248
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0193238
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5051.9534374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97136905
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.4725400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.00324.586157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.16515547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8521519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02753
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6074.2751618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6044.2741617
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2336.3932012
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2326.3942013
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6034.3991620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6024.3991621
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3096.5182362
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.70533.3743562
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.68633.3733552
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.343→2.404 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 70 -
Rwork0.315 1137 -
obs--91.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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