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- PDB-6giq: Saccharomyces cerevisiae respiratory supercomplex III2IV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6giq
タイトルSaccharomyces cerevisiae respiratory supercomplex III2IV
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit ...) x 2
  • (Cytochrome c oxidase ...) x 5
  • BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0024040.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0035470.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0038800.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0043230.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0046460.mRNA.1.CDS.1
  • BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1
  • Complex III subunit 7
  • Cytochrome b
  • HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1
  • QCR6 isoform 1
  • Unknown Cox subunit
キーワードELECTRON TRANSPORT / Respiratory chain / supercomplex / bc1 complex / cytochrome c oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Complex III assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respirasome assembly / aerobic electron transport chain / respiratory chain complex III ...: / Complex III assembly / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial cytochrome c oxidase assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / mitochondrial respirasome assembly / aerobic electron transport chain / respiratory chain complex III / Mitochondrial protein degradation / : / : / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / : / enzyme regulator activity / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / nuclear periphery / proton transmembrane transport / mitochondrial membrane / electron transport chain / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / oxidoreductase activity / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI ...: / Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit III, four-helix bundle / Helix Hairpins - #90 / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome C Oxidase; Chain A / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Cytochrome b / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PH / Chem-7PH / Chem-8PE / Chem-9PE / Chem-CN3 / Chem-CN5 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A ...Chem-6PH / Chem-7PH / Chem-8PE / Chem-9PE / Chem-CN3 / Chem-CN5 / COPPER (II) ION / DINUCLEAR COPPER ION / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME-A / HEME C / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / Chem-UQ6 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 2 / quinol--cytochrome-c reductase / : / : / : / : / : / BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1 / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Rathore, S. / Berndtsson, J. / Conrad, J. / Ott, M.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast respiratory supercomplex.
著者: Sorbhi Rathore / Jens Berndtsson / Lorena Marin-Buera / Julian Conrad / Marta Carroni / Peter Brzezinski / Martin Ott /
要旨: Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes ...Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes form multi-enzyme assemblies known as respiratory supercomplexes. Here we used single-particle cryo-EM to determine the structures of the yeast mitochondrial respiratory supercomplexes IIIIV and IIIIV, at 3.2-Å and 3.5-Å resolutions, respectively. We revealed the overall architecture of the supercomplex, which deviates from the previously determined assemblies in mammals; obtained a near-atomic structure of the yeast complex IV; and identified the protein-protein and protein-lipid interactions implicated in supercomplex formation. Take together, our results demonstrate convergent evolution of supercomplexes in mitochondria that, while building similar assemblies, results in substantially different arrangements and structural solutions to support energy conversion.
履歴
登録2018年5月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月9日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Other / カテゴリ: atom_sites
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3]
改定 2.02024年10月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _entity_src_nat.strain / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1
B: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
C: Cytochrome b
D: BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: QCR6 isoform 1
G: Complex III subunit 7
H: BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1
I: HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1
L: BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1
M: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
N: Cytochrome b
O: BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1
P: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
Q: QCR6 isoform 1
R: Complex III subunit 7
S: BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1
T: HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1
U: BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1
V: BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1
a: Cytochrome c oxidase subunit 1
b: Cytochrome c oxidase subunit 2
c: Cytochrome c oxidase subunit 3
d: BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1
e: BJ4_G0046460.mRNA.1.CDS.1
f: BJ4_G0024040.mRNA.1.CDS.1
g: BJ4_G0043230.mRNA.1.CDS.1
h: BJ4_G0038800.mRNA.1.CDS.1
i: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA
j: BJ4_G0035470.mRNA.1.CDS.1
k: Cytochrome c oxidase subunit
m: Unknown Cox subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)736,65258
ポリマ－721,68332
非ポリマー14,96926
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: microscopy, Other experiment performed that support the state of this assembly is native gel electrophoresis and co-purification combined with determination of enzyme quantity.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area128830 Å2
ΔGint-1044 kcal/mol
Surface area224990 Å2
手法PISA

-
要素

-
タンパク質 , 14種, 22分子 ALCNDOFQGRHSITUVdefghj

#1: タンパク質 BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1 / COR1 isoform 1 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1 / mitochondrial / Y55_G0001550.mRNA.1.CDS.1


分子量: 50282.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q3X1, UniProt: P07256*PLUS
#3: タンパク質 Cytochrome b


分子量: 43686.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0G3F5W7, UniProt: P00163*PLUS
#4: タンパク質 BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1 / CYT1 isoform 1 / Cytochrome c1 / heme protein / mitochondrial / HLJ1_G0050000.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16. ...CYT1 isoform 1 / Cytochrome c1 / heme protein / mitochondrial / HLJ1_G0050000.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0049800.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0049550.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0049920.mRNA.1.CDS.1


分子量: 34097.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A5B9RH60, UniProt: P07143*PLUS
#6: タンパク質 QCR6 isoform 1 / Y55_G0017620.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17276.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q022, UniProt: P00127*PLUS
#7: タンパク質 Complex III subunit 7


分子量: 14583.755 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q2H4, UniProt: P00128*PLUS
#8: タンパク質 BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0028260.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0028200.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0028080.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16. ...EM14S01-3B_G0028260.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0028200.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0028080.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0025710.mRNA.1.CDS.1 / QCR8 isoform 1 / SX2_G0028380.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0028300.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0028450.mRNA.1.CDS.1


分子量: 10987.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PU80, UniProt: P08525*PLUS
#9: タンパク質 HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0021630.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0021700.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0021900.mRNA.1.CDS.1


分子量: 7485.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0Z0I8, UniProt: P22289*PLUS
#10: タンパク質 BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1 / EM14S01-3B_G0023320.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023290.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0023260.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16. ...EM14S01-3B_G0023320.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0023290.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0023260.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0041640.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0023360.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0023430.mRNA.1.CDS.1


分子量: 8602.913 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L0ZE60, UniProt: P37299*PLUS
#14: タンパク質 BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1 / COX4 isoform 1 / Cytochrome c oxidase subunit 4 / mitochondrial / EM14S01-3B_G0018320.mRNA.1.CDS.1 ...COX4 isoform 1 / Cytochrome c oxidase subunit 4 / mitochondrial / EM14S01-3B_G0018320.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0018360.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0018250.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0018520.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0018350.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0018320.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0018590.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17164.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PV33, UniProt: P04037*PLUS
#15: タンパク質 BJ4_G0046460.mRNA.1.CDS.1 / COX5A isoform 1 / Cytochrome c oxidase subunit 5A / mitochondrial / HLJ1_G0046380.mRNA.1.CDS.1 / ...COX5A isoform 1 / Cytochrome c oxidase subunit 5A / mitochondrial / HLJ1_G0046380.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0046310.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0046080.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0046480.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17161.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q8F6, UniProt: P00424*PLUS
#16: タンパク質 BJ4_G0024040.mRNA.1.CDS.1 / COX6 isoform 1 / Cytochrome c oxidase subunit 6 / mitochondrial / HLJ1_G0023830.mRNA.1.CDS.1 / SX2_ ...COX6 isoform 1 / Cytochrome c oxidase subunit 6 / mitochondrial / HLJ1_G0023830.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0023870.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0023980.mRNA.1.CDS.1


分子量: 17366.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUE0, UniProt: P00427*PLUS
#17: タンパク質 BJ4_G0043230.mRNA.1.CDS.1 / COX7 isoform 1 / EM14S01-3B_G0043140.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043160.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0042940.mRNA. ...COX7 isoform 1 / EM14S01-3B_G0043140.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0043160.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0042940.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0040380.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0042750.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0042950.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0043120.mRNA.1.CDS.1


分子量: 6942.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PQU1, UniProt: P10174*PLUS
#18: タンパク質 BJ4_G0038800.mRNA.1.CDS.1 / COX8 isoform 1 / HLJ1_G0038810.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0038550.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0038370.mRNA.1.CDS.1


分子量: 8921.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PRD8, UniProt: P04039*PLUS
#20: タンパク質 BJ4_G0035470.mRNA.1.CDS.1 / COX12 isoform 1 / EM14S01-3B_G0035180.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0035620.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0035360.mRNA. ...COX12 isoform 1 / EM14S01-3B_G0035180.mRNA.1.CDS.1 / HLJ1_G0035620.mRNA.1.CDS.1 / HN1_G0035360.mRNA.1.CDS.1 / JXXY16.1_G0032480.mRNA.1.CDS.1 / SX2_G0035180.mRNA.1.CDS.1 / XXYS1_G0035020.mRNA.1.CDS.1 / Y55_G0035530.mRNA.1.CDS.1


分子量: 9799.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PU81, UniProt: Q01519*PLUS

-
Cytochrome b-c1 complex subunit ... , 2種, 4分子 BMEP

#2: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / QCR2 isoform 1


分子量: 40528.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q625, UniProt: P07257*PLUS
#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial


分子量: 23393.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: A0A6A5PX11, UniProt: P08067*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome c oxidase ... , 5種, 5分子 abcik

#11: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase polypeptide I


分子量: 58832.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P00401, cytochrome-c oxidase
#12: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 2


分子量: 28585.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0H3WI21, UniProt: P00410*PLUS
#13: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit 3


分子量: 30383.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A0G3F1J2, UniProt: P00420*PLUS
#19: タンパク質 Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA / Cytochrome c oxidase subunit 9 / mitochondrial


分子量: 6974.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q104, UniProt: P07255*PLUS
#21: タンパク質 Cytochrome c oxidase subunit / Cytochrome c oxidase polypeptide VIa


分子量: 15046.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PWA0, UniProt: P32799*PLUS

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 m

#22: タンパク質・ペプチド Unknown Cox subunit


分子量: 2656.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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非ポリマー , 13種, 26分子

#23: 化合物 ChemComp-6PH / (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 592.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H61O8P
#24: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#25: 化合物 ChemComp-8PE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 691.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H74NO8P / コメント: リン脂質*YM
#26: 化合物 ChemComp-CN5 / (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 634.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H52O13P2
#27: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#28: 化合物 ChemComp-7PH / (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate / PHOSPHATIDIC ACID


分子量: 564.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H57O8P
#29: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#30: 化合物 ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P
#31: 化合物 ChemComp-9PE / (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 593.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H60NO8P / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物 ChemComp-CN3 / (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate / CARDIOLIPIN


分子量: 834.862 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H68O17P2
#33: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#34: 化合物 ChemComp-HEA / HEME-A


分子量: 852.837 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C49H56FeN4O6
#35: 化合物 ChemComp-CUA / DINUCLEAR COPPER ION


分子量: 127.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV)COMPLEX#1-#220NATURAL
2Saccharomyces cerevisiae complex IIICOMPLEX#1-#101NATURAL
3Saccharomyces cerevisiae complex IVCOMPLEX#11-#221NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDOrganelle
21Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)580240Mitochondria
32Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)580240Mitochondria
43Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)580240Mitochondria
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
9PHENIX1.13モデル精密化
12cryoSPARC分類
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 203271 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: Cross-Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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