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- PDB-6gim: Structure of the DNA duplex d(AAATTT)2 with [N-(3-chloro-4-((4,5-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gim
タイトルStructure of the DNA duplex d(AAATTT)2 with [N-(3-chloro-4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2-yl)amino)phenyl)-4-((4,5-dihydro-1H-imidazol-2- yl)amino)benzamide] - (drug JNI18)
要素DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / AT-rich DNA / DNA binding drugs / Minor groove binding drugs / antiparasitic drugs (抗寄生虫薬) / Trypanosoma brucei (ブルーストリパノソーマ)
機能・相同性Chem-EZK / デオキシリボ核酸
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Millan, C.R. / Dardonvile, C. / de Koning, H.P. / Saperas, N. / Campos, J.L.
資金援助 スペイン, 英国, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSAF2015-66690-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2009-10380 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFPU12/04824, EST14/00449 スペイン
Wellcome Trust085349 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Functional and structural analysis of AT-specific minor groove binders that disrupt DNA-protein interactions and cause disintegration of the Trypanosoma brucei kinetoplast.
著者: Millan, C.R. / Acosta-Reyes, F.J. / Lagartera, L. / Ebiloma, G.U. / Lemgruber, L. / Nue Martinez, J.J. / Saperas, N. / Dardonville, C. / de Koning, H.P. / Campos, J.L.
履歴
登録2018年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,50210
ポリマ－7,2294
非ポリマー1,2736
水1,71195
1
D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子

D: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4144
ポリマ－3,6142
非ポリマー8002
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子

C: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4636
ポリマ－3,6142
非ポリマー8484
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
手法PISA
3
A: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0635
ポリマ－3,6142
非ポリマー4483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.630, 40.470, 72.255
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-101-

EZK

21C-101-

EZK

31C-102-

MG

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*AP*AP*AP*TP*TP*T)-3')


分子量: 1807.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#2: 化合物 ChemComp-EZK / [4-[(3-chloranyl-4-imidazolidin-2-ylideneazaniumyl-phenyl)carbamoyl]phenyl]-imidazolidin-2-ylidene-azanium


分子量: 399.877 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22ClN7O
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.304846 Å3/Da / Density meas: 0.127 Mg/m3 / 溶媒含有率: 46.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 mM magnesium acetate, 0.1 mM spermine, 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD); equilibrated against 20% MPD reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→36.04 Å / Num. obs: 12256 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 12.7 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.081 / Χ2: 0.92 / Net I/av σ(I): 13.4 / Net I/σ(I): 2.79
反射 シェル解像度: 1.43→7.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.581 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 602 / CC1/2: 0.858 / Rpim(I) all: 0.376 / Rrim(I) all: 0.642 / Χ2: 0.72 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
iMOSFLM7.2.2データ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
MOLREP11.4.05位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Idealised DNA model from TURBO

解像度: 1.43→36.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.476 / SU ML: 0.044 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19286 557 4.7 %RANDOM
Rwork0.14342 ---
obs0.14585 11306 96.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.164 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å20 Å20.71 Å2
2---0.63 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.43→36.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 480 87 96 663
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.011629
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.391946
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6822.749790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg8.681012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0230.02426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02138
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2281.543629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.2271.542630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7512.334947
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.0714.202856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.9113.735839
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.4973968
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.162570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.7465933
LS精密化 シェル解像度: 1.426→1.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 37 -
Rwork0.171 810 -
obs--93.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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