PDB-6gi0: Crystal structure of the ferric enterobactin esterase (PfeE) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gi0

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin esterase (PfeE) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Ferric enterobactin esterase

キーワード

HYDROLASE / PfeE / PA2689

機能・相同性

iron(III)-enterobactin esterase / Esterase-like / Putative esterase / carboxylic ester hydrolase activity / hydrolase activity, acting on ester bonds / Alpha/Beta hydrolase fold / periplasmic space / NITRATE ION / Iron(III) enterobactin esterase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: A Key Role for the Periplasmic PfeE Esterase in Iron Acquisition via the Siderophore Enterobactin in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Perraud, Q. / Moynie, L. / Gasser, V. / Munier, M. / Godet, J. / Hoegy, F. / Mely, Y. / Mislin, G.L.A. / Naismith, J.H. / Schalk, I.J.

履歴

登録	2018年5月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gi0.cif.gz	211.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gi0.ent.gz	171.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gi0_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gi0_full_validation.pdf.gz	444.7 KB	表示
XML形式データ	6gi0_validation.xml.gz	20.1 KB	表示
CIF形式データ	6gi0_validation.cif.gz	28.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6gi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/6gi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gi1C 6gi2C 6gi5C 2gzrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4afu-1 5tc6-d 6uqd-1 5vrm-1 4a78-d 3gp5-2 3qh8-d 3gp5-1 4d8i-d 5vml-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferric enterobactin esterase

B: Ferric enterobactin esterase

ヘテロ分子

61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ferric enterobactin esterase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: homology
30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ferric enterobactin esterase

登録者が定義した集合体
根拠: homology
30.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.340, 111.100, 48.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 12 - 275 / Label seq-ID: 15 - 278

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Ferric enterobactin esterase 分子量: 30647.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: PA2689 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0F2
#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.96 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG MME 2000, Sodium acetate, potassium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→55.55 Å / Num. obs: 30184 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.209 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1755 / CC_1/2: 0.93 / % possible all: 75.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0189	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2gzr

2gzr

解像度: 2→55.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 8.557 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.173 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22198	1555	5.2 %	RANDOM
R_work	0.17561	-	-	-
obs	0.17807	28603	96.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.902 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0 Å²	-1.08 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→55.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3962	0	8	123	4093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	4075
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.334	1.982	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.709	3	8826
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.937	5	513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.643	21.39	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.991	15	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.822	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	914
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.756	2.028	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.755	2.028	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.537	3.027	2575
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.536	3.027	2576
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.19	2.325	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.185	2.323	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.389	3.375	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.665	23.866	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.66	23.782	4392
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15128 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	78	-
R_work	0.217	1667	-
obs	-	-	75.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.3526	-5.1619	2.0923	5.7764	-0.1954	3.8964	-0.2666	0.2264	0.8869	0.0928	0.0682	-0.0999	-0.7037	-0.2355	0.1984	0.169	0.0018	0.0046	0.1075	-0.0047	0.1001	41.1814	37.7675	32.7561
2	3.3864	-0.6812	0.7865	2.3065	-0.1883	2.347	-0.0384	-0.1189	0.2159	0.075	-0.0013	-0.0287	-0.1338	-0.1869	0.0397	0.0451	-0.0141	0.0091	0.0323	-0.0141	0.017	41.2676	29.5305	29.09
3	12.8539	-0.141	-4.9624	3.8044	0.2977	5.8625	0.0443	-0.0936	0.46	-0.0115	-0.006	0.3378	-0.1286	-0.5056	-0.0382	0.0597	-0.0196	-0.0033	0.0963	-0.0198	0.0509	37.2822	29.4619	28.5217
4	4.0357	-0.952	-3.9243	2.9673	2.0119	9.6135	0.0061	0.1298	-0.1142	-0.1061	0.0126	-0.2772	0.172	0.1625	-0.0187	0.0513	0.021	-0.0162	0.044	0.0104	0.0905	53.4575	16.583	22.0402
5	1.2843	-0.018	-0.3567	1.522	1.15	4.9476	-0.0065	-0.0764	-0.2372	0.1053	-0.0428	0.0133	0.5921	0.0064	0.0493	0.0784	-0.0091	0.0069	0.0198	0.0009	0.0559	41.3907	18.0453	20.5644
6	2.3115	-0.3866	1.1331	4.7331	-0.7454	3.8062	0.0278	0.4899	-0.5031	-0.4087	-0.0611	-0.0285	0.6333	0.1301	0.0333	0.1664	-0.0182	0.0245	0.1404	-0.1024	0.1637	39.209	14.7928	8.4119
7	4.7043	1.4112	0.568	4.8171	-0.2008	3.9062	-0.0157	0.2551	-0.1642	-0.1917	0.0556	0.3186	0.3275	-0.3079	-0.0399	0.0448	-0.0195	-0.0134	0.051	-0.011	0.0366	33.898	24.7567	12.4135
8	2.3301	1.0395	0.2887	5.1503	-1.2997	4.0086	0.0199	-0.0039	-0.1952	-0.4363	-0.1384	-0.0999	0.4998	0.0279	0.1185	0.0799	0.0164	0.0118	0.0558	-0.0205	0.0301	18.0748	36.031	-3.0337
9	4.4227	-0.4926	1.0948	7.5241	-3.7323	5.6243	0.0876	0.0891	-0.0598	-0.2315	-0.2156	-0.2099	0.2947	0.2433	0.128	0.0226	0.0241	-0.0069	0.0416	-0.0298	0.0508	24.2436	35.4734	0.1399
10	7.7576	2.1839	-1.584	3.9453	-0.5638	3.1024	0.092	-0.0595	0.3984	-0.0875	-0.142	-0.1023	-0.5002	0.145	0.05	0.1462	0.0074	-0.03	0.0297	0.0152	0.0784	23.7869	55.7689	-4.4866
11	2.0923	0.61	0.9719	3.2076	0.9481	3.4804	-0.0769	-0.248	0.507	0.0849	-0.2204	0.1766	-0.4737	-0.2374	0.2973	0.0853	0.0229	-0.0195	0.044	-0.0564	0.1343	21.9162	51.9135	7.3364
12	5.1992	-3.1181	0.1669	7.1998	2.4416	6.2286	0.0139	0.1636	0.4935	0.2358	0.0588	-0.5013	-0.3006	0.3865	-0.0727	0.144	-0.0147	-0.0526	0.0512	0.0125	0.075	32.7494	49.7815	13.5541
13	10.4293	-3.9235	-2.3102	3.8452	2.1424	4.8055	-0.1557	-0.7218	0.6813	0.4001	0.1533	-0.3029	-0.3461	0.128	0.0024	0.1466	-0.0059	-0.0307	0.1357	-0.0262	0.1167	30.652	50.047	18.4656
14	10.1434	4.5151	-0.347	8.8292	-2.9766	5.8035	0.2862	-0.2523	0.1193	0.3164	-0.1882	0.0759	-0.1968	-0.1704	-0.098	0.0466	0.0094	-0.023	0.0227	-0.0122	0.0303	29.5753	38.5284	9.579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	12 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	89 - 138
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	139 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	191 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	241 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	6 - 59
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	60 - 96
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	97 - 137
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	138 - 204
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	205 - 235
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	236 - 256
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	257 - 275

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