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- PDB-6gez: THE STRUCTURE OF TWITCH-2B N532F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gez
タイトルTHE STRUCTURE OF TWITCH-2B N532F
要素Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / TWITCH-2B / FRET / RATIOMETRIC BIOSENSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity / calcium ion binding / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...: / Green fluorescent protein / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Serpin / Troponin C, skeletal muscle
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Opsanus tau (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Trigo Mourino, P. / Paulat, M. / Thestrup, T. / Griesbeck, O. / Griesinger, C. / Becker, S.
引用
ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Dynamic tuning of FRET in a green fluorescent protein biosensor.
著者: Trigo-Mourino, P. / Thestrup, T. / Griesbeck, O. / Griesinger, C. / Becker, S.
#1: ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2014
タイトル: Optimized ratiometric calcium sensors for functional in vivo imaging of neurons and T lymphocytes.
著者: Thestrup, T. / Litzlbauer, J. / Bartholomaus, I. / Mues, M. / Russo, L. / Dana, H. / Kovalchuk, Y. / Liang, Y. / Kalamakis, G. / Laukat, Y. / Becker, S. / Witte, G. / Geiger, A. / Allen, T. / ...著者: Thestrup, T. / Litzlbauer, J. / Bartholomaus, I. / Mues, M. / Russo, L. / Dana, H. / Kovalchuk, Y. / Liang, Y. / Kalamakis, G. / Laukat, Y. / Becker, S. / Witte, G. / Geiger, A. / Allen, T. / Rome, L.C. / Chen, T.W. / Kim, D.S. / Garaschuk, O. / Griesinger, C. / Griesbeck, O.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
B: Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,35611
ポリマ－124,9662
非ポリマー3909
水1,40578
1
A: Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,7477
ポリマ－62,4831
非ポリマー2646
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6094
ポリマ－62,4831
非ポリマー1263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.619, 157.472, 169.419
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein,Optimized Ratiometric Calcium Sensor,Green fluorescent protein,Green fluorescent protein


分子量: 62482.961 Da / 分子数: 2 / 変異: N532F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Opsanus tau (魚類)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: W5IDB2
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2 M SODIUM FORMIATE, PH 7.0, 5 MM CALCIUM CHLORIDE, 20 % PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.47→115.34 Å / Num. obs: 54945 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.36 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 2.47→2.57 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.95 / % possible all: 80.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GEL

6gel


解像度: 2.47→115.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 20.885 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.243 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2736 5 %RANDOM
Rwork0.2067 ---
obs0.208 51921 97.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.05 Å2 / Biso mean: 72.324 Å2 / Biso min: 39.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.52 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----2.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.47→115.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8531 0 19 78 8628
Biso mean--75.47 55.17 -
残基数----1067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0198818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.028222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7081.96911894
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.249318993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.29851071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.68425.278449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.871151524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3941537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0210073
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022028
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.472→2.536 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 147 -
Rwork0.378 2792 -
all-2939 -
obs--71.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72130.4848-0.06952.7943-0.27260.9234-0.03630.01740.1498-0.11280.06910.1069-0.03630.0535-0.03280.30130.0355-0.08680.0117-0.00880.0533-24.562-2.4682.953
20.48230.18291.10260.70380.25043.1075-0.0732-0.1479-0.06820.02810.0574-0.0786-0.0115-0.11660.01580.28690.16520.10540.20340.07850.1071-10.461-41.45837.393
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 555
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 555

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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