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- PDB-6ger: Wheat b-amylase, a clinically relevant food allergen -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ger
タイトルWheat b-amylase, a clinically relevant food allergen
要素Beta-amylase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / wheat allergen / food allergen
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-amylase / beta-amylase activity / amylopectin maltohydrolase activity / polysaccharide catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 14B, plant / Beta-amylase active site 2. / Glycoside hydrolase, family 14, conserved site / Beta-amylase active site 1. / Glycoside hydrolase, family 14 / Glycosyl hydrolase family 14 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-amylase Tri a 17
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.00004665055 Å
データ登録者Hofer, G. / Keller, W.
資金援助 オーストリア, 2件
組織認可番号国
Austrian Science FundF4604 オーストリア
Austrian Science FundF4605 オーストリア
引用
ジャーナル: Allergy / 年: 2019
タイトル: Three-dimensional structure of the wheat beta-amylase Tri a 17, a clinically relevant food allergen.
著者: Hofer, G. / Wieser, S. / Bogdos, M.K. / Gattinger, P. / Nakamura, R. / Ebisawa, M. / Makela, M. / Papadopoulos, N. / Valenta, R. / Keller, W.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
履歴
登録2018年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-amylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5061
ポリマ－57,5061
非ポリマー00
水9,278515
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.870, 93.870, 65.860
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
#3: y,-x,z+1/4
#4: -x,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Beta-amylase / 1 / 4-alpha-D-glucan maltohydrolase


分子量: 57505.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal His-tag, 2 N-terminal amino acids and 19 C-terminal amino acids are not visible in the 2Fo-Fc map
由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 遺伝子: BMY1, AMY1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P93594, beta-amylase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 515 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% PEG 3350 100mM bis-Tris pH 5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9717 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→27.0624427634 Å / Num. obs: 38550 / % possible obs: 92.28 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.3723010428 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1203 / Rpim(I) all: 0.06928 / Rrim(I) all: 0.1394 / Net I/σ(I): 6.93
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2861 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 3721 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.1676 / Rrim(I) all: 0.2861 / % possible all: 96.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.00004665055→27.0624427634 Å / SU ML: 0.143740860342 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33355430453 / 位相誤差: 17.5477169956
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1886 1253 3.54 %
Rwork0.1582 --
obs-38550 91.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.00004665055→27.0624427634 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3885 0 0 515 4400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002516603539974064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5419468497735523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393566398504572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00338276142065731
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.87796390632433
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.08010.2065134298421300.1803430083793593X-RAY DIFFRACTION99.8123324397
2.0801-2.17470.1994831006141410.1741922130963829X-RAY DIFFRACTION99.8993457474
2.1747-2.28930.4411817088571000.3643324512362834X-RAY DIFFRACTION68.1374825824
2.2893-2.43270.2319091995291510.1733650937514102X-RAY DIFFRACTION99.3923813975
2.4327-2.62040.1755131456631480.1540672430544134X-RAY DIFFRACTION99.7670083877
2.6204-2.88380.2050839279641400.1493243060043775X-RAY DIFFRACTION90.8774373259
2.8838-3.30040.1775418538291580.1404476739154160X-RAY DIFFRACTION99.9768464922
3.3004-4.15580.1697959822961300.1331633403783584X-RAY DIFFRACTION85.7736720554
4.1558-27.06490.1453840522271590.1216158803034258X-RAY DIFFRACTION99.9773653237
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4946571656470.194979816954-0.04708978404580.69499295631-0.3431339563410.614934073038-0.0204474287092-0.0869039184606-0.0109464976250.3739990247730.07207018078590.1556304280570.1255791486480.0630932421448-0.02522858032740.2018604189930.03011570658450.03117907805870.07596054069140.01153562283280.0929818640466136.5253962-80.049232374614.332645064
20.8443129439220.172366743018-0.1062287866430.7666275594410.2024046689210.9862509144160.00197829830192-0.0144325249740.02452418068730.0601402575432-0.007458560890760.00791389313802-0.01015178862850.03628153020560.009527732762010.09703005520370.01450085993520.007583961697760.0468073200372-0.001269641704440.0513929584056140.640133898-66.81048480512.62853954366
32.844845996740.338324529161-1.368893871571.37009208776-0.2336925090972.67906470348-0.05248991632850.07339094548810.10842926509-0.1268897609740.03662047092440.146555979527-0.0600296392511-0.0425010506866-0.01844701899370.08885358655780.0384559396557-0.02435638125980.0794446396310.0186553697150.0909671064859128.902649425-61.6719432444-15.3812766048
42.285150419040.130036509905-0.7880659791810.878539663015-0.1384499959741.737169572690.00873508256730.4384177398130.15463044532-0.2099970568040.1171759594370.380941095203-0.132227139671-0.313157745158-0.05053825810690.1866866159230.0354757690686-0.09138127827740.217619937610.03915140922510.236321594999119.676593815-64.5861616057-22.0043638438
51.38179035136-0.1652875531580.1962390539830.738912053525-0.06368036265980.682183348387-0.009422056781580.09831708210910.00302789114771-0.08375212780640.01060684486680.088162267058-0.0251730977299-0.0352800109537-0.006427217674690.1007213187910.0128318149188-0.008909219536990.0603027071992-0.01535120642370.0562860720124134.606091909-74.5173115307-11.7320867693
60.4437641334130.100929568503-0.1867702236320.673993855594-0.06700967566990.556941679619-0.01869136770280.00258730344667-0.12034407913-0.0447649135186.41819510919E-50.1422470340450.109889604098-0.1117967434440.01876452822270.146949294778-0.0140512228786-0.01353510910490.104178754431-0.01469433346370.110756260606130.370477114-80.5550147008-11.2778469715
70.5394356795530.164461722439-0.09369437975060.767305747234-0.1081976272531.16049881028-0.04785595485790.00163687403778-0.03667054145780.06414923263490.03675233840980.2970474601630.197156989566-0.270858901505-0.0168451166060.147750991212-0.02209161826270.01635348907250.1275428587720.006510064525090.176871157612124.135485453-89.1157935554-2.68038080118
80.9920973344620.134278422264-0.1690852390221.255607015040.1798738049891.59286305509-0.00418093456937-0.171233632625-0.05923715715720.105934336757-0.02441594175630.3347142878910.0900151973328-0.2016989878280.005276021337570.210744137860.007111990553050.05410002145370.1029391523780.02982638034640.149758766883127.793523597-89.475207971710.821970372
90.6019978261570.146291162481-0.02943798375890.942016625348-0.6756030610051.34217236798-0.02670134805220.0314238643234-0.065117297747-0.100550657120.02790743064540.130187774720.189790438551-0.1652991435570.003106099785990.2127951395690.01834956857560.01100960795440.0472191079491-0.03925909456310.168059416987135.179741621-90.382728224-6.44780007674
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 194 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 195 through 221 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 222 through 254 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 255 through 306 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 307 through 345 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 346 through 406 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 407 through 439 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 440 through 490 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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