+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ger | |||||||||
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Title | Wheat b-amylase, a clinically relevant food allergen | |||||||||
Components | Beta-amylase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / TIM barrel / wheat allergen / food allergen | |||||||||
Function / homology | Function and homology information beta-amylase / beta-amylase activity / amylopectin maltohydrolase activity / polysaccharide catabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Triticum aestivum (bread wheat) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 2.00004665055 Å | |||||||||
Authors | Hofer, G. / Keller, W. | |||||||||
Funding support | Austria, 2items
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Citation | Journal: Allergy / Year: 2019 Title: Three-dimensional structure of the wheat beta-amylase Tri a 17, a clinically relevant food allergen. Authors: Hofer, G. / Wieser, S. / Bogdos, M.K. / Gattinger, P. / Nakamura, R. / Ebisawa, M. / Makela, M. / Papadopoulos, N. / Valenta, R. / Keller, W. #1: Journal: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / Year: 2012 Title: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine. Authors: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ger.cif.gz | 361.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ger.ent.gz | 245.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ger.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ger_validation.pdf.gz | 411.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ger_full_validation.pdf.gz | 412.2 KB | Display | |
Data in XML | 6ger_validation.xml.gz | 23.7 KB | Display | |
Data in CIF | 6ger_validation.cif.gz | 36.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6ger ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ge/6ger | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 57505.793 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: C-terminal His-tag, 2 N-terminal amino acids and 19 C-terminal amino acids are not visible in the 2Fo-Fc map Source: (gene. exp.) Triticum aestivum (bread wheat) / Gene: BMY1, AMY1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P93594, beta-amylase |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.64 Å3/Da / Density % sol: 53.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 25% PEG 3350 100mM bis-Tris pH 5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ELETTRA / Beamline: 5.2R / Wavelength: 0.9717 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9717 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→27.0624427634 Å / Num. obs: 38550 / % possible obs: 92.28 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 13.3723010428 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.1203 / Rpim(I) all: 0.06928 / Rrim(I) all: 0.1394 / Net I/σ(I): 6.93 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.072 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.2861 / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 3721 / CC1/2: 0.906 / Rpim(I) all: 0.1676 / Rrim(I) all: 0.2861 / % possible all: 96.95 |
-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 2.00004665055→27.0624427634 Å / SU ML: 0.143740860342 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33355430453 / Phase error: 17.5477169956
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.00004665055→27.0624427634 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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