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- PDB-6ge6: X-ray structure of TEAD4(E263A+Y429F mutant) complexed with YAP(w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ge6
タイトルX-ray structure of TEAD4(E263A+Y429F mutant) complexed with YAP(wildtype): The role of residual flexibility and water molecules in the adaptation of a bound intrinsically disordered protein to mutations at a binding interface
要素
  • Transcriptional coactivator YAP1
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / co-activator / transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


trophectodermal cell fate commitment / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / bud elongation involved in lung branching ...trophectodermal cell fate commitment / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / bud elongation involved in lung branching / polarized epithelial cell differentiation / notochord development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / regulation of stem cell proliferation / hippo signaling / tissue homeostasis / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / intestinal epithelial cell development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / cell fate specification / muscle organ development / negative regulation of epithelial cell differentiation / organ growth / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of stem cell population maintenance / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / Zygotic genome activation (ZGA) / somatic stem cell population maintenance / regulation of neurogenesis / canonical Wnt signaling pathway / vasculogenesis / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / embryo implantation / epithelial cell proliferation / skeletal system development / positive regulation of epithelial cell proliferation / response to progesterone / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / wound healing / cell morphogenesis / cellular response to gamma radiation / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cell-cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A - #10 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. ...Virus Scaffolding Protein; Chain A / Virus Scaffolding Protein; Chain A - #10 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Other non-globular / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Distorted Sandwich / Special / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / PHOSPHATE ION / Transcriptional coactivator YAP1 / Transcriptional enhancer factor TEF-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kallen, J.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: Adaptation of the bound intrinsically disordered protein YAP to mutations at the YAP:TEAD interface.
著者: Mesrouze, Y. / Bokhovchuk, F. / Izaac, A. / Meyerhofer, M. / Zimmermann, C. / Fontana, P. / Schmelzle, T. / Erdmann, D. / Furet, P. / Kallen, J. / Chene, P.
履歴
登録2018年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all ..._reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.22018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
L: Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6857
ポリマ－30,0772
非ポリマー6085
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.902, 58.902, 158.628
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-732-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / Transcription factor 13-like 1 / Transcription factor RTEF-1


分子量: 25426.686 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain, YAP binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEAD4, RTEF1, TCF13L1, TEF3 / プラスミド: pET28-derived vector / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15561
#2: タンパク質・ペプチド Transcriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 4650.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46937
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-TRIS

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99993 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月25日
放射モノクロメーター: SI 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→19.49 Å / Num. obs: 26774 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 23 / Num. measured all: 342171
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.812 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / CC1/2: 0.919 / Rrim(I) all: 0.845 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GE3

6ge3


解像度: 1.8→19.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 2.831 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.133
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 1339 5 %RANDOM
Rwork0.2186 ---
obs0.2196 25434 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.33 Å2 / Biso mean: 23 Å2 / Biso min: 12.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→19.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2069 0 35 197 2301
Biso mean--35.06 32.45 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0222236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9311.9633049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.935281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85524.312109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.27915385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5751510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211710
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 96 -
Rwork0.273 1827 -
all-1923 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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