[日本語] English
万見
- PDB-6gd5: The solution structure of the LptA-Thanatin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gd5
タイトルThe solution structure of the LptA-Thanatin complex
要素
  • Lipopolysaccharide export system protein LptA
  • Thanatin
キーワードANTIBIOTIC / LPS biosynthesis inhibitor complex NMR
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid transfer activity / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / defense response to fungus / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / outer membrane-bounded periplasmic space / killing of cells of another organism / periplasmic space ...glycolipid transfer activity / transporter complex / lipopolysaccharide transport / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / defense response to fungus / cell outer membrane / lipopolysaccharide binding / outer membrane-bounded periplasmic space / killing of cells of another organism / periplasmic space / defense response to bacterium / innate immune response / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Lipopolysaccharide (LPS) transport protein A like domain / : / Lipopolysaccharide export system protein LptA / lipopolysaccharide transport protein A fold / Organic solvent tolerance-like, N-terminal / LptA/(LptD N-terminal domain) LPS transport protein / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipopolysaccharide export system protein LptA / Thanatin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Podisus maculiventris (昆虫)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Moehle, K. / Zerbe, O.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation205320_146381 スイス
Swiss National Science Foundation31003A_160259 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2018
タイトル: Thanatin targets the intermembrane protein complex required for lipopolysaccharide transport inEscherichia coli.
著者: Vetterli, S.U. / Zerbe, K. / Muller, M. / Urfer, M. / Mondal, M. / Wang, S.Y. / Moehle, K. / Zerbe, O. / Vitale, A. / Pessi, G. / Eberl, L. / Wollscheid, B. / Robinson, J.A.
履歴
登録2018年4月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharide export system protein LptA
B: Thanatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2112
ポリマ－15,2112
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1690 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area8310 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Lipopolysaccharide export system protein LptA


分子量: 12769.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the sequence does not contain the signaling sequence (residues 1-27 from UNIPROT entry P0ADV1). The first residue is numbered 28. The expressed construct is 28-159 followed by the linker ...詳細: the sequence does not contain the signaling sequence (residues 1-27 from UNIPROT entry P0ADV1). The first residue is numbered 28. The expressed construct is 28-159 followed by the linker SGRVE and a hexa-His tag. Deposited are coordinates for the strucured part containg residues 28-144.
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: lptA, yhbN, b3200, JW3167 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADV1
#2: タンパク質・ペプチド Thanatin


分子量: 2441.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: disulfide bond formed . in the PDB file the first residue of Thanatin is numbered 201.
由来: (組換発現) Podisus maculiventris (昆虫) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P55788
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic22D 1H-15N HSQC
124isotropic22D 1H-15N HSQC
132isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
142isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
154isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1194isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1112isotropic13D HNCO
1102isotropic13D CBCA(CO)NH
192isotropic13D HN(CA)CB
182isotropic13D HBHA(CO)NH
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
162isotropic23D 1H-15N NOESY
1212isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1202isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1262isotropic23D 13C,15N-filtered, 15N edited NOESY
1242isotropic213C,15N filtered, 13C edited (aliph.) NOESY
1352isotropic213C,15N filtered, 13C edited (aro.) NOESY
1234isotropic13D HNCO
1324isotropic13D CBCA(CO)NH
1314isotropic13D HN(CA)CB
1304isotropic13D HBHA(CO)NH
1294isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1332isotropic1HBCBCGCDHE
1342isotropic1(HB)CB(CGCDCE)HE
1284isotropic23D 1H-15N NOESY
1274isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1254isotropic23D 13C,15N-filtered, 15N edited NOESY
1224isotropic213C,15N filtered, 13C edited (aliph) NOESY
1364isotropic213C,15N filtered, 13C edited (arom.) NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1150 mM sodium chloride, 20 mM CHAPS, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O500 uM 15N,13C-labeled LptALptA_Lablelled90% H2O/10% D2O
solution2150 mM sodium chloride, 20 mM CHAPS, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O550 uM 13C,15N LptA, 1.2 equiv. unlabled ThanatinLptA_15N13C_Tha_unlab90% H2O/10% D2O
solution3150 mM sodium chloride, 20 mM CHAPS, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O500 uM 15N,13C-labled Thanatin15N_Tha90% H2O/10% D2O
solution4150 mM sodium chloride, 20 mM CHAPS, 50 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O500 uM 13C,15N-Thanatin plus 1.2 equiv. unlabeled LptA15N13C_Tha_unlab_LptA90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
150 mMsodium chloridenone1
20 mMCHAPSnone1
50 mMsodium phosphatenone1
150 mMsodium chloridenone2
20 mMCHAPSnone2
50 mMsodium phosphatenone2
150 mMsodium chloridenone3
20 mMCHAPSnone3
50 mMsodium phosphatenone3
150 mMsodium chloridenone4
20 mMCHAPSnone4
50 mMsodium phosphatenone4
試料状態詳細: same conditition for all samples / イオン強度: 1.15 M / Label: Sample_1 / pH: 7.5 / PH err: 0.2 / 圧: 1 bar / 温度: 308 K / Temperature err: 0.1

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.48Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Xplor-NIHSchwieters, Bruenger精密化
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る