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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gd3 | ||||||
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タイトル | Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UAUUUA) | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / RNA干渉 / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization ...HuR (ELAVL1) binds and stabilizes mRNA / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / RNA干渉 / regulation of stem cell population maintenance / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / mRNA stabilization / lncRNA binding / miRNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / mRNA destabilization / 筋形質 / positive regulation of superoxide anion generation / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / P-body / protein homooligomerization / cytoplasmic stress granule / protein import into nucleus / double-stranded RNA binding / cytoplasmic vesicle / postsynapse / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / glutamatergic synapse / protein kinase binding / 小胞体 / protein homodimerization activity / RNA binding / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å | ||||||
データ登録者 | Pabis, M. / Sattler, M. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019 タイトル: HuR biological function involves RRM3-mediated dimerization and RNA binding by all three RRMs. 著者: Pabis, M. / Popowicz, G.M. / Stehle, R. / Fernandez-Ramos, D. / Asami, S. / Warner, L. / Garcia-Maurino, S.M. / Schlundt, A. / Martinez-Chantar, M.L. / Diaz-Moreno, I. / Sattler, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gd3.cif.gz | 75.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gd3.ent.gz | 54.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gd3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/6gd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gd/6gd3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9701.152 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELAVL1, HUR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15717 #2: RNA鎖 | | 分子量: 1838.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5 and 10 % (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.007 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.007 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.35→6.04 Å / Num. obs: 62913 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.36 % / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 10.84 |
反射 シェル | 解像度: 1.35→1.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 4560 / Rrim(I) all: 0.67 / % possible all: 97.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6GD1 解像度: 1.35→6.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.932 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.115 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.35→6.04 Å
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拘束条件 |
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