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- PDB-6gcu: MET receptor in complex with InlB internalin domain and DARPin A3A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gcu
タイトルMET receptor in complex with InlB internalin domain and DARPin A3A
要素
  • DARPin A3A
  • Hepatocyte growth factor receptor
  • Internalin B
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor tyrosine kinase / bacterial invasion protein / artificial binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


entry of bacterium into host cell / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling ...entry of bacterium into host cell / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / negative regulation of stress fiber assembly / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / MET activates PTK2 signaling / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive chemotaxis / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / MET activates RAS signaling / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / peptidoglycan-based cell wall / liver development / molecular function activator activity / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / basal plasma membrane / excitatory postsynaptic potential / placental growth factor receptor activity / insulin receptor activity / vascular endothelial growth factor receptor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / macrophage colony-stimulating factor receptor activity / platelet-derived growth factor alpha-receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / stem cell factor receptor activity / boss receptor activity / protein tyrosine kinase collagen receptor activity / brain-derived neurotrophic factor receptor activity / transmembrane-ephrin receptor activity / GPI-linked ephrin receptor activity / epidermal growth factor receptor activity / fibroblast growth factor receptor activity / insulin-like growth factor receptor activity / receptor protein-tyrosine kinase / Negative regulation of MET activity / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / postsynapse / lipid binding / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal ...GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Listeria/Bacterioides repeat / Listeria-Bacteroides repeat domain superfamily / Listeria-Bacteroides repeat domain (List_Bact_rpt) / Leucine-rich repeat-containing adjacent domain / LRR adjacent / Internalin, N-terminal / Bacterial adhesion/invasion protein N terminal / : / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor receptor / Internalin B / Internalin B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.001 Å
データ登録者Meyer, T. / Andres, F. / Iamele, L. / Gherardi, E. / Pluckthun, A. / Niemann, H.H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationNI 694/6-1 ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Inhibition of the MET Kinase Activity and Cell Growth in MET-Addicted Cancer Cells by Bi-Paratopic Linking.
著者: Andres, F. / Iamele, L. / Meyer, T. / Stuber, J.C. / Kast, F. / Gherardi, E. / Niemann, H.H. / Pluckthun, A.
履歴
登録2018年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
B: Internalin B
C: DARPin A3A
D: Hepatocyte growth factor receptor
E: Internalin B
F: DARPin A3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,4136
ポリマ－265,4136
非ポリマー00
水00
1
A: Hepatocyte growth factor receptor
B: Internalin B
C: DARPin A3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7073
ポリマ－132,7073
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Hepatocyte growth factor receptor
E: Internalin B
F: DARPin A3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7073
ポリマ－132,7073
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.874, 144.874, 128.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 81949.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 細胞株 (発現宿主): CHO lec3.2.8.1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Internalin B


分子量: 32243.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (strain ATCC BAA-679 / EGD-e) (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: inlB, lmo0434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P25147, UniProt: P0DQD3*PLUS
#3: タンパク質 DARPin A3A


分子量: 18513.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.2 % / 解説: hexagonal, pointy-ended rods
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES sodium salt pH 7.5, 12% w/v PEG4000, protein complex concentration 5 mg/mL, equimolar ratio of macromolecules, drop size 0.2 uL, protein:reservoir ratio 1:1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6→48.15 Å / Num. obs: 7600 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 424 Å2 / CC1/2: 0.982 / R split: 0.136 / Rmerge(I) obs: 0.275 / Rpim(I) all: 0.107 / Rrim(I) all: 0.296 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 6→6.7 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.701 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2174 / CC1/2: 0.552 / Rpim(I) all: 0.646 / Rrim(I) all: 1.813 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3071: ???)精密化
XDS20170923データ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2UZY

2uzy


解像度: 6.001→48.149 Å / SU ML: 0.95 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.62
詳細: Rigid body and grouped B-factor refinement of the separate domains (SEMA, PSI, IPT1, IPT2, InlB321, DARPin A3A)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2709 339 4.49 %RANDOM
Rwork0.2625 ---
obs0.2629 7545 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 317.094 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.001→48.149 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17450 0 0 0 17450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01117826
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.76824196
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.2736582
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0962776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043130
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.0009-7.55580.34191880.32573588X-RAY DIFFRACTION100
7.5558-48.15090.24021510.24093618X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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