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- PDB-6gcj: Solution structure of the RodA hydrophobin from Aspergillus fumigatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gcj
タイトルSolution structure of the RodA hydrophobin from Aspergillus fumigatus
要素Hydrophobin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Soluble form of the protein that coats Aspergillus fumigatus conidia
機能・相同性Fungal hydrophobin / Hydrophobin, conserved site / Fungal hydrophobins signature. / Hydrophobin / Hydrophobins / structural constituent of cell wall / fungal-type cell wall / extracellular region / Hydrophobin
機能・相同性情報
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Pille, A. / Kwan, A. / Aimanianda, V. / Latge, J.-P. / Sunde, M. / Guijarro, J.I.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-BLAN-1309 フランス
French National Research AgencyANR-16-CE11-0020-01 フランス
引用
ジャーナル: Cell Surf / 年: 2019
タイトル: Assembly and disassembly of Aspergillus fumigatus conidial rodlets
著者: Valsecchi, I. / Lai, J. / Emmanuel, S.-V. / Pille, A. / Beaussart, A. / Lo, V. / Chi, L. / Pham, L. / Kwan, A.H. / Matondo, M. / Duchateau, M. / Giai-Giannetto, Q. / Aimanianda, V. / Dufrene, ...著者: Valsecchi, I. / Lai, J. / Emmanuel, S.-V. / Pille, A. / Beaussart, A. / Lo, V. / Chi, L. / Pham, L. / Kwan, A.H. / Matondo, M. / Duchateau, M. / Giai-Giannetto, Q. / Aimanianda, V. / Dufrene, Y. / Bayry, J. / Guijarro, J.I. / Sunde, M. / Latge, J.P.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2015
タイトル: (1)H, (13)C and (15)N resonance assignments of the RodA hydrophobin from the opportunistic pathogen Aspergillus fumigatus.
著者: Pille, A. / Kwan, A.H. / Cheung, I. / Hampsey, M. / Aimanianda, V. / Delepierre, M. / Latge, J.P. / Sunde, M. / Guijarro, J.I.
履歴
登録2018年4月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.02019年9月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_seq_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrophobin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5021
ポリマ－14,5021
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: The diffusion coefficient (NMR), the rotational correlation time (NMR) and the sedimentation coefficient (ultracentrifugatio) agree with a monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7040 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hydrophobin


分子量: 14502.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: NMR EXPERIMENTS AND STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH THE PREDICTED FULL-LENGTH PROTEIN (RESIDUES 19-159) AFTER CLEAVAGE OF THE N-TERMINAL SECRETION SIGNAL PEPTIDE (1-18). BECAUSE ...詳細: NMR EXPERIMENTS AND STRUCTURE CALCULATIONS WERE PERFORMED WITH THE PREDICTED FULL-LENGTH PROTEIN (RESIDUES 19-159) AFTER CLEAVAGE OF THE N-TERMINAL SECRETION SIGNAL PEPTIDE (1-18). BECAUSE RESIDUES 19-39 ARE DISORDERED, ONLY THE STRUCTURE FOR RESIDUES 39-159 IS DEPOSITED.
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ)
株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: AFUB_057130 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B0Y4B1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 1H-15N NOESY
121isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
131isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
151isotropic12D 1H-15N HSQC
161isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic13D HNCO
171isotropic13D HNCA
191isotropic13D HN(CA)CB
1161isotropic13D C(CCTOCSY) NNH
1111isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1121isotropic13D HNHA
1131isotropic13D CBCA(CO)NH
1141isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1151isotropic12D (HB)CB(CGCDCE)HE

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.36 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] RodA, 90% H2O/10% D2O
Label: 15N_13C_Sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.36 mM / 構成要素: RodA / Isotopic labeling: [U-99% 13C; U-99% 15N]
試料状態イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 0.1 / Label: conditions_1 / pH: 4.3 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298.15 K / Temperature err: 0.1

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent NMR System / 製造業者: Agilent / モデル: NMR System / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: Equipped with a cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VnmrJ4.3Agilentcollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr Analysis2.3CCPNデータ解析
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
TALOS-NShen and Baxstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5
詳細: The structures are based on a total of 2737 restraints, 1590 are unambiguous and 987 ambiguous NOE-derived distances restraints and from 160 dihedral angle constraints derived from Talos-N and HNHA experiment.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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