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- PDB-6gb5: Structure of H-2Db with truncated SEV peptide and GL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gb5
タイトルStructure of H-2Db with truncated SEV peptide and GL
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLY-LEU
  • H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
  • PHE-ALA-PRO-GLY-ASN-TYR-PRO
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / MHC-I / H-2Kb / H-2K(b) tapasin
機能・相同性
機能・相同性情報


Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation ...Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / helical viral capsid / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / cellular defense response / Neutrophil degranulation / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / iron ion transport / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / phagocytic vesicle membrane / negative regulation of epithelial cell proliferation / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / viral nucleocapsid / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / ribonucleoprotein complex / external side of plasma membrane / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / RNA binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Sendai virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hafstrand, I. / Sandalova, T. / Achour, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Successive crystal structure snapshots suggest the basis for MHC class I peptide loading and editing by tapasin.
著者: Hafstrand, I. / Sayitoglu, E.C. / Apavaloaei, A. / Josey, B.J. / Sun, R. / Han, X. / Pellegrino, S. / Ozkazanc, D. / Potens, R. / Janssen, L. / Nilvebrant, J. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / ...著者: Hafstrand, I. / Sayitoglu, E.C. / Apavaloaei, A. / Josey, B.J. / Sun, R. / Han, X. / Pellegrino, S. / Ozkazanc, D. / Potens, R. / Janssen, L. / Nilvebrant, J. / Nygren, P.A. / Sandalova, T. / Springer, S. / Georgoudaki, A.M. / Duru, A.D. / Achour, A.
履歴
登録2018年4月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: PHE-ALA-PRO-GLY-ASN-TYR-PRO
F: PHE-ALA-PRO-GLY-ASN-TYR-PRO
G: GLY-LEU
H: GLY-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,06617
ポリマ－102,2138
非ポリマー8539
水2,720151
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: PHE-ALA-PRO-GLY-ASN-TYR-PRO
H: GLY-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,3917
ポリマ－51,1074
非ポリマー2843
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: PHE-ALA-PRO-GLY-ASN-TYR-PRO
G: GLY-LEU
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,67510
ポリマ－51,1074
非ポリマー5686
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.930, 123.360, 99.206
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, D-B alpha chain / H-2D(B)


分子量: 38449.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-D1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01899
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P01887

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 EFGH

#3: タンパク質・ペプチド PHE-ALA-PRO-GLY-ASN-TYR-PRO


分子量: 764.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sendai virus (ウイルス) / 参照: UniProt: O57286*PLUS
#4: タンパク質・ペプチド GLY-LEU


分子量: 188.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 160分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl (pH 7.5) and 0.5M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→75.94 Å / Num. obs: 47383 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.597 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4668 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1S7U

1s7u


解像度: 2.3→75.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 8.209 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23976 2184 4.6 %RANDOM
Rwork0.19815 ---
obs0.2002 45184 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å21.47 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→75.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6213 0 48 151 6412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0196503
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9468851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.974313424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6285767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.64623.414331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.681151027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7321549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2895
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021587
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.8085.7573068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.8085.7573067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.3138.6123823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.3128.6123824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0696.123435
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0626.1213435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.8629.0315025
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined10.36845.137156
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other10.36845.1347157
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 174 -
Rwork0.291 3353 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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