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- PDB-6g8h: Flavonoid-responsive Regulator FrrA in complex with (R,S)-Naringenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g8h
タイトルFlavonoid-responsive Regulator FrrA in complex with (R,S)-Naringenin
要素Transcriptional regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION / Flavonoids / repressor / TetR-family
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Transcriptional regulator TetR, C-terminal, Proteobacteria type / AefR-like transcriptional repressor, C-terminal domain / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
R-naringenin / NARINGENIN / Transcriptional regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Werner, N. / Hoppen, J. / Palm, G. / Werten, S. / Goettfert, M. / Hinrichs, W.
引用
ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: The induction mechanism of the flavonoid-responsive regulator FrrA.
著者: Werner, N. / Werten, S. / Hoppen, J. / Palm, G.J. / Gottfert, M. / Hinrichs, W.
#1: ジャーナル: Journal of Bacteriology / 年: 2012
タイトル: Characterization of the Flavonoid-Responsive Regulator FrrA and Its Binding Sites
著者: Wenzel, M. / Lang, K. / Gottfert, M.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年4月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Non-polymer description / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / atom_type / chem_comp / diffrn / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / exptl_crystal_grow / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns_shell / software / struct / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim / struct_ncs_ens / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.pdbx_tls_group_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_refine_tls.L[1][1] / 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_refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][2] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_restr_ncs.dom_id / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_auth_asym_id / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_number / _refine_ls_restr_ncs.pdbx_type / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_restr_ncs.weight_position / _reflns_shell.pdbx_CC_half / _software.version / _struct.title / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.dom_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_component_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code / _struct_ncs_ens.details / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 2.22021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年1月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
CCC: Transcriptional regulatory protein
DDD: Transcriptional regulatory protein
AAA: Transcriptional regulatory protein
BBB: Transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,61113
ポリマ－87,6154
非ポリマー1,9969
水00
1
CCC: Transcriptional regulatory protein
DDD: Transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,7026
ポリマ－43,8082
非ポリマー8944
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
2
AAA: Transcriptional regulatory protein
BBB: Transcriptional regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9097
ポリマ－43,8082
非ポリマー1,1015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area18520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.709, 118.709, 78.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CCC
21DDD
32CCC
42AAA
53CCC
63BBB
74DDD
84AAA
95DDD
105BBB
116AAA
126BBB

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYPROPROCCCA20 - 2122 - 194
211GLYGLYPROPRODDDB20 - 2122 - 194
322ARGARGPROPROCCCA21 - 2123 - 194
422ARGARGPROPROAAAC21 - 2123 - 194
533ARGARGPROPROCCCA21 - 2123 - 194
633ARGARGPROPROBBBD21 - 2123 - 194
744ARGARGPROPRODDDB21 - 2123 - 194
844ARGARGPROPROAAAC21 - 2123 - 194
955ARGARGPROPRODDDB21 - 2123 - 194
1055ARGARGPROPROBBBD21 - 2123 - 194
1166ARGARGARGARGAAAC21 - 2133 - 195
1266ARGARGARGARGBBBD21 - 2133 - 195

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6
4Local NCS retraints between domains: 7 8
5Local NCS retraints between domains: 9 10
6Local NCS retraints between domains: 11 12

-
要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulatory protein


分子量: 21903.803 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence represents the crystallized polypeptide
由来: (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌)
株: JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110
遺伝子: blr4322 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: Q89M71
#2: 化合物
ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CWE / R-naringenin / (R)-ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAR / NARINGENIN / ナリンゲニン


分子量: 272.253 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H12O5
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 6mg/ml FrrA in 20 mM Na2HPO4, 50 mM imidazole, pH 7.5, 50 mM NaCl with equimolar naringenin in 70% Ethanol. Precipitant 16,5 % PEG 8000; 0.1 M CHES, pH 9.5.
PH範囲: 7.5 - 9.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.312→118.71 Å / Num. obs: 67523 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.35 % / Biso Wilson estimate: 81.2 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 9.74
反射 シェル解像度: 2.312→2.54 Å / 冗長度: 2.76 % / Mean I/σ(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 8294 / CC1/2: 0.2 / Rrim(I) all: 1.76 / % possible all: 72.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6G87

6g87


解像度: 2.6→118.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 27.121 / SU ML: 0.242 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.444 / ESU R Free: 0.254
詳細: Hydrogens have been added in their riding positions; TLS refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 1624 4.816 %
Rwork0.1825 32100 -
all0.184 --
obs-33724 99.947 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 75.586 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.391 Å20 Å20 Å2
2---1.391 Å20 Å2
3---2.783 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→118.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6068 0 131 0 6199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136319
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7931.6438541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3211.57114178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4565771
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.5421.071336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.979151026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3051554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.040.27
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.180.25168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.23056
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.090.23234
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.20.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0880.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2050.216
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3820.23
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.4136.1073096
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.4086.1073095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4569.1623863
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4559.1633864
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9377.0173223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9367.023224
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.26810.2284678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.26710.234679
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it10.84371.9516686
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other10.84371.9686687
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1150.055636
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.0870.055840
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1170.055605
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_40.1220.055613
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_50.0860.055820
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_60.1240.055588
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.115320.05006
12DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.115320.05006
23CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.086850.05007
24AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.086850.05007
35CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.117450.05007
36BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.117450.05007
47DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.121960.05007
48AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.121960.05007
59DDDX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085840.05007
510BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085840.05007
611AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.123770.05007
612BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.123770.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.6-2.6670.3681140.38523670.38424810.6450.6491000.384
2.667-2.7410.3461110.36723290.36624400.6810.7281000.366
2.741-2.820.369960.33222240.33323200.7560.7831000.325
2.82-2.9070.303970.29422250.29423220.8430.8491000.279
2.907-3.0020.2951060.24120690.24421750.8810.91000.219
3.002-3.1070.2981030.22220560.22621590.8820.9151000.198
3.107-3.2240.287990.21819640.22120630.8950.9171000.198
3.224-3.3560.2971010.20918820.21319830.870.9241000.187
3.356-3.5050.258990.19718210.219210.9160.93999.94790.182
3.505-3.6760.219870.1917220.19118090.9350.951000.175
3.676-3.8750.225780.17216650.17517430.9360.9551000.159
3.875-4.1090.189880.15815820.1616700.9530.9591000.15
4.109-4.3930.192750.1514700.15315480.9530.96299.80620.147
4.393-4.7440.163770.14613720.14714520.9610.96799.79340.147
4.744-5.1960.206700.14312550.14713250.9560.9671000.144
5.196-5.8080.157640.15611420.15612060.9590.9621000.161
5.808-6.7040.229570.17310240.17610820.9320.94799.90760.178
6.704-8.2040.259540.168470.1659020.9230.95899.88910.175
8.204-11.5750.127290.1126910.1137210.9780.98299.86130.133
11.575-118.7090.164170.2193860.2174110.9710.94998.05350.255
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.48070.50450.28160.54440.3090.17710.0772-0.13630.0280.1193-0.0890.02470.0773-0.02970.01180.18180.06150.01420.2763-0.0420.0099-11.86624.56225.8827
21.306-0.88720.15280.7676-0.00170.13060.0148-0.08580.0785-0.0837-0.0542-0.0196-0.0311-0.00560.03940.2334-0.0170.01960.2189-0.02280.01919.873636.039523.0803
31.16160.3093-0.46720.1374-0.16690.23560.0466-0.001-0.07290.0447-0.0832-0.032-0.08170.02330.03660.19010.02680.01250.24130.01560.012652.758132.7212.0966
40.1247-0.3597-0.10271.06550.29530.42120.04550.0371-0.0569-0.1964-0.11480.1668-0.1827-0.02990.06940.20580.0136-0.03570.253-0.0630.036728.536937.15530.1132
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLCCC20 - 213
2X-RAY DIFFRACTION2ALLDDD19 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3ALLAAA21 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4ALLBBB21 - 213

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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