+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6g87 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Flavonoid-responsive Regulator FrrA | ||||||
Components | TetR/AcrR family transcriptional regulator | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Flavonoids / repressor / TetR-family | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.92 Å | ||||||
Authors | Werner, N. / Hoppen, J. / Palm, G. / Werten, S. / Goettfert, M. / Hinrichs, W. | ||||||
Citation | Journal: Febs J. / Year: 2021 Title: The induction mechanism of the flavonoid-responsive regulator FrrA. Authors: Werner, N. / Werten, S. / Hoppen, J. / Palm, G.J. / Gottfert, M. / Hinrichs, W. #1: Journal: Journal of Bacteriology / Year: 2012 Title: Characterization of the Flavonoid-Responsive Regulator FrrA and Its Binding Sites Authors: Wenzel, M. / Lang, K. / Gottfert, M. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6g87.cif.gz | 318.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb6g87.ent.gz | 269.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6g87.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g87 | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 23991.004 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The sequence represents the crystallized polypeptide Source: (gene. exp.) Bradyrhizobium diazoefficiens (bacteria) Gene: CO678_15510 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A2A6N3G4 #2: Chemical | ChemComp-NHE / |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.53 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 6mg/ml FrrA in 20 mM Na2HPO4, 100 mM imidazole, pH 7.5, 50 mM NaCl. Precipitant 20 % PEG 8000; 0.1 M CHES, pH 9.5. PH range: 7.5 - 9.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.979031 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Sep 1, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979031 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.919→47.57 Å / Num. obs: 47028 / % possible obs: 99.6 % / Redundancy: 7.02 % / Biso Wilson estimate: 70.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 15.17 |
Reflection shell | Resolution: 2.919→3.1 Å / Redundancy: 7.17 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 7487 / Rrim(I) all: 0.931 / % possible all: 99 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.92→47.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 34.077 / SU ML: 0.276 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.324 / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 78.384 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 2.92→47.56 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|