PDB-6g88: Crystal structure of Enterococcus Faecium D63r Penicillin-Binding...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g88

タイトル

Crystal structure of Enterococcus Faecium D63r Penicillin-Binding protein 5 (PBP5fm)

要素

Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

キーワード

ANTIBIOTIC / penicillin-binding / ceftobiprole / Enterococcus faecium / Antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / penicillin binding / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Sauvage, E. / El Gachi, M. / Herman, R. / Kerff, F. / Charlier, P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of inactivation of Enterococcus faecium penicillin binding protein 5 by ceftobiprole.
著者: Sauvage, E. / El Gachi, M. / Kerff, F. / Herman, R. / Verlaine, O. / Amoroso, A. / Page, M.G.P. / Joris, B. / Charlier, P.

履歴

登録	2018年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g88.cif.gz	969.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g88.ent.gz	827.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g88.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6g88_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6g88_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6g88_validation.xml.gz	70.2 KB	表示
CIF形式データ	6g88_validation.cif.gz	88.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g88 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g88	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g0kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jja-d 1nr4-d 6ztr-1 6ztr-2 1bp7-d 4num-2 6pl5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

B: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

C: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

ヘテロ分子

214 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.194, 128.736, 238.479
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.04, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Low affinity penicillin-binding protein 5 (PBP5) 分子量: 70743.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterococcus faecium (バクテリア) 遺伝子: pbp5 / 発現宿主: Enterococcus faecium (バクテリア) / 参照: UniProt: Q47759
#2: 化合物	ChemComp-RB6 / (2R)-2-[(1R)-1-{[(2Z)-2-(5-amino-1,2,4-thiadiazol-3-yl)-2-(hydroxyimino)acetyl]amino}-2-oxoethyl]-5-({2-oxo-1-[(3R)-pyr rolidin-3-yl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl}methyl)-3,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxylic acid / BAL 9141, bound form / ceftobiprole, bound form 分子量: 536.585 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₈O₆S₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and ...詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and 100 mM Na acetate at pH 4.5) and 0.5 microL of 0.1M ceftobiprole (kind gift of Basilea Pharmaceutica. The crystal was cryoprotected in the same buffer containing 20 % (v/v) glycerol. Crystals were soaked for 5 min in 1 microl of 0.1 M ceftobiprole before cryoprotection.

結晶

マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.54 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: Crystals were grown by the sitting-drop vapor diffusion method. Crystals were grown at 20C by mixing 1microL of PBP5fm (48 mg/ml), 2microL of reservoir (20% PEG8000 (w/v), 0.4 M Li2SO4 and ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→47.58 Å / Num. obs: 35868 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.239 / R_pim(I) all: 0.14 / R_rim(I) all: 0.277 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.767 / Num. unique obs: 5148 / R_pim(I) all: 0.449 / R_rim(I) all: 0.891 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 3.3→47.577 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2506	1802	5.02 %
R_work	0.2003	-	-
obs	0.2029	35861	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.577 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13793	0	123	0	13916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14129
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.913	19107
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.911	8630
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	2149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2510

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3001-3.3893	0.3425	122	0.2719	2568	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3893-3.489	0.3069	147	0.2619	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
3.489-3.6016	0.3343	147	0.2341	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6016-3.7303	0.2661	108	0.2308	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7303-3.8796	0.2522	142	0.2147	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8796-4.056	0.2885	121	0.2086	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.056-4.2698	0.2173	133	0.1848	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2698-4.5371	0.2165	136	0.1714	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5371-4.8871	0.2178	147	0.1659	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8871-5.3783	0.2241	160	0.1753	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3783-6.1551	0.2692	138	0.2016	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1551-7.7493	0.2779	143	0.2041	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7493-47.582	0.2094	158	0.1817	2680	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1144	-0.893	-0.3772	3.0575	-0.7525	1.988	-0.0241	0.2406	-0.0005	0.2946	0.0148	0.1601	-0.0126	-0.1751	0.0029	0.4083	0.1561	0.0116	0.4466	-0.0702	0.3811	-44.2207	11.4464	26.9064
2	0.6891	-0.2533	0.1596	0.1833	-0.136	0.538	0.099	0.0682	-0.5107	-0.0461	0.0112	0.3177	0.2271	0.0759	-0.2241	0.6032	0.1427	-0.0688	0.4233	-0.0709	0.6779	-31.8089	-24.8281	44.8287
3	0.6693	-0.5506	0.7205	0.5664	-0.2424	2.4342	-0.0416	0.0235	-0.1978	0.057	0.0856	0.028	0.0027	-0.1644	-0.0667	0.2785	0.0643	-0.005	0.2775	-0.0262	0.3433	-25.7367	-15.4408	64.2588
4	1.2422	-0.5613	-0.9548	0.8502	-0.0966	3.2474	-0.2019	-0.1994	0.0911	0.3187	0.2987	0.0301	-0.6092	-0.2149	-0.0937	0.6129	0.2264	-0.0472	0.3934	-0.014	0.4132	-17.8654	-12.3873	93.8317
5	1.7891	-1.7071	0.6876	4.2534	-0.4787	2.5318	0.2833	0.1725	0.0772	-0.237	-0.2762	-0.1114	0.3477	0.095	0.0435	0.3871	0.0848	0.0125	0.2894	-0.0017	0.3746	-30.9111	-20.9032	132.8186
6	-0.1151	-0.3358	0.0832	1.041	-1.0662	1.0927	0.1159	-0.0156	-0.1446	-0.0748	0.0916	0.3518	0.0634	-0.0673	-0.2551	0.467	-0.0197	0.0103	0.3715	-0.0155	0.4669	-45.322	4.4142	118.2884
7	0.3541	-0.2356	-0.0166	0.8857	-0.7596	2.9962	0.1019	0.0153	-0.0942	-0.1066	-0.0028	0.1248	0.3555	-0.0319	-0.0521	0.2891	0.0164	-0.0006	0.2323	-0.0053	0.3661	-43.2568	9.7174	95.4437
8	0.7833	-0.3195	-0.0433	1.0794	0.8891	3.1725	0.163	0.1516	-0.0151	-0.2603	-0.0849	0.0271	0.2623	0.1698	-0.0728	0.3855	0.0926	0.0261	0.3162	0.04	0.3685	-33.8084	17.3541	67.1943
9	3.3708	0.1672	0.3098	2.0475	0.2765	2.2352	-0.1402	-0.0905	0.0732	0.0882	0.1898	0.4568	-0.1202	-0.1316	0.03	0.512	-0.0281	-0.0064	0.6069	0.0788	0.5868	-61.9059	-18.5299	51.8803
10	1.4938	-1.0709	-0.2134	0.781	-0.0983	1.3336	0.2149	-0.1722	0.4627	-0.0489	-0.0834	-0.2386	-0.1996	0.3713	-0.1424	0.3034	-0.0893	-0.021	0.4226	-0.1087	0.4772	-28.5075	-13.6013	37.7821
11	0.6785	-0.2061	-1.2931	-0.1302	0.9525	2.7083	0.0661	0.0634	0.0735	-0.0015	0.0003	0.0689	-0.0277	0.0365	-0.0919	0.3239	0.0723	0.0128	0.4625	0.0011	0.4188	-26.1184	-21.2165	16.8579
12	1.247	-0.6814	0.1039	0.8718	0.3795	4.0604	0.0012	0.3725	-0.0119	-0.1276	-0.0646	-0.0112	0.1553	0.0069	0.0873	0.2602	0.0409	0.0208	0.5774	-0.0342	0.3406	-21.3318	-31.5532	-11.7101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 39 through 141 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 142 through 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 265 through 435 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 436 through 679 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 38 through 141 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 142 through 264 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 265 through 435 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 436 through 679 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 39 through 141 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 142 through 264 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 265 through 435 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 436 through 679 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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