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万見
- PDB-6g62: Crystal structure of thioredoxin O2 from Arabidopsis thaliana in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g62
タイトルCrystal structure of thioredoxin O2 from Arabidopsis thaliana in oxidized state
要素Thioredoxin O2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin O2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Roret, T. / Didierjean, C.
引用ジャーナル: Antioxidants (Basel) / 年: 2018
タイトル: MitochondrialArabidopsis thalianaTRXo Isoforms Bind an Iron−Sulfur Cluster and Reduce NFU Proteins In Vitro.
著者: Zannini, F. / Roret, T. / Przybyla-Toscano, J. / Dhalleine, T. / Rouhier, N. / Couturier, J.
履歴
登録2018年3月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin O2, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5221
ポリマ－14,5221
非ポリマー00
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.806, 70.806, 35.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin O2, mitochondrial / AtTrxo2


分子量: 14521.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g31020, F17F8.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93VQ9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 100 mM citrate buffer (pH 5.6) 30% PEG 4000 100 mM ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9815 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→35.403 Å / Num. obs: 16473 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 12 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.075 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 814 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.251 / Rrim(I) all: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2722: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
MolProbityモデル構築
精密化解像度: 1.5→35.403 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1793 766 4.65 %
Rwork0.1674 --
obs0.168 16458 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→35.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数884 0 0 92 976
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5281220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.941548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003153
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5002-1.6160.18621290.19223131X-RAY DIFFRACTION99
1.616-1.77860.23981450.19293092X-RAY DIFFRACTION99
1.7786-2.0360.19821590.17753120X-RAY DIFFRACTION99
2.036-2.5650.19561490.16893154X-RAY DIFFRACTION100
2.565-35.41310.16211840.15823195X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.76560.26021.3321.6319-0.01820.4806-0.0383-0.4317-0.6823-0.2958-0.1512-0.31580.47710.1775-0.47810.21720.01980.04510.17710.04430.30725.8877-15.70784.9279
20.96670.6703-0.46960.88-0.69992.2434-0.34840.4941-0.1407-0.42980.2650.01060.4572-0.0141-0.0410.3122-0.03490.02470.2457-0.02520.201222.8183-10.0888-4.7518
30.47-0.34610.40390.277-0.24220.43020.34880.0116-0.23370.1245-0.2082-0.0276-0.13490.1290.00050.2413-0.0036-0.01980.28860.00480.206530.4617-4.63618.2766
41.1470.4314-0.23790.7214-0.16010.5154-0.1021-0.1881-0.5633-0.0004-0.1354-0.14780.12140.1292-0.16980.1727-0.00090.03470.12780.02910.174724.9125-9.98191.9751
52.31882.4006-0.81455.0828-1.70220.5715-0.03041.2039-0.7198-1.2757-0.5101-0.5480.47540.6915-0.04520.8693-0.2310.04760.9673-0.02830.374827.1757-7.5582-12.1664
60.5342-0.10970.52610.33770.20880.7815-0.17430.49990.4199-0.24380.19950.22720.0694-0.13550.01470.2043-0.0392-0.02710.22490.05520.185922.7053-1.5828-3.8396
70.6357-0.0436-0.57953.1117-0.79891.155-0.0446-0.11220.18980.1936-0.03360.1214-0.0365-0.0892-0.00050.1815-0.0054-0.01710.18960.01470.169719.72791.86594.449
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 37 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 38 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 68 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 69 through 76 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 77 through 90 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 91 through 113 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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