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- PDB-6g4z: Crystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4z
タイトルCrystal structure of murine NF-kappaB inducing kinase (NIK) in complex with compound 2f
要素Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN SERINE/THREONINE KINASE / NF-KAPPAB / MAP3K14
機能・相同性
機能・相同性情報


CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center ...CD28 dependent PI3K/Akt signaling / TNF receptor superfamily (TNFSF) members mediating non-canonical NF-kB pathway / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / non-canonical NF-kappaB signal transduction / MAP kinase kinase kinase activity / canonical NF-kappaB signal transduction / fibrillar center / cellular response to mechanical stimulus / defense response to virus / protein kinase activity / immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase kinase kinase 14 / M3K14, catalytic domain / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ELW / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Leonardo-Silvestre, H. / McEwan, P.A. / Hymowitz, S.G.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Scaffold-Hopping Approach To Discover Potent, Selective, and Efficacious Inhibitors of NF-kappa B Inducing Kinase.
著者: Blaquiere, N. / Castanedo, G.M. / Burch, J.D. / Berezhkovskiy, L.M. / Brightbill, H. / Brown, S. / Chan, C. / Chiang, P.C. / Crawford, J.J. / Dong, T. / Fan, P. / Feng, J. / Ghilardi, N. / ...著者: Blaquiere, N. / Castanedo, G.M. / Burch, J.D. / Berezhkovskiy, L.M. / Brightbill, H. / Brown, S. / Chan, C. / Chiang, P.C. / Crawford, J.J. / Dong, T. / Fan, P. / Feng, J. / Ghilardi, N. / Godemann, R. / Gogol, E. / Grabbe, A. / Hole, A.J. / Hu, B. / Hymowitz, S.G. / Alaoui Ismaili, M.H. / Le, H. / Lee, P. / Lee, W. / Lin, X. / Liu, N. / McEwan, P.A. / McKenzie, B. / Silvestre, H.L. / Suto, E. / Sujatha-Bhaskar, S. / Wu, G. / Wu, L.C. / Zhang, Y. / Zhong, Z. / Staben, S.T.
履歴
登録2018年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22018年8月22日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _struct.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8704
ポリマ－77,0872
非ポリマー7832
水32418
1
A: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9352
ポリマ－38,5431
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9352
ポリマ－38,5431
非ポリマー3911
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.830, 144.830, 46.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 14 / NF-kappa-beta-inducing kinase / Serine/threonine-protein kinase NIK


分子量: 38543.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Map3k14, Nik
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9WUL6, mitogen-activated protein kinase kinase kinase
#2: 化合物 ChemComp-ELW / 5-fluoranyl-1-[4-[2-[(3~{R})-1-methyl-3-oxidanyl-2-oxidanylidene-pyrrol-3-yl]ethynyl]pyridin-2-yl]indazole-3-carboxamide


分子量: 391.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H14FN5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.3-0.9M ammonium sulphate, 0.05-0.1M sodium citrate, 0.7-1.0M Lithium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→36.21 Å / Num. obs: 21715 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 6.1 % / CC1/2: 0.981 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.745 / Num. unique obs: 10567 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G3E

4g3e


解像度: 2.84→36.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 39.116 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.348 / ESU R Free: 0.4 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.283 1171 5.1 %RANDOM
Rwork0.234 ---
obs0.237 21715 98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 76.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.84→36.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5020 0 58 18 5096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024997
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0521.997050
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.701311540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4775643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01723.442215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31915900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6641537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021148
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.176.3872584
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1666.3862583
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7379.5723220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7389.5733221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1116.6822623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1116.6822623
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6319.9163830
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.09250.8115780
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.09250.8165781
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.84→2.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.393 76 -
Rwork0.301 1660 -
obs--99.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8159-0.8187-0.33710.76090.06080.44990.00220.01820.01220.06590.0238-0.03070.0217-0.0065-0.0260.09950.0139-0.02850.06660.05380.083540.462146.90951.5871
21.69940.41060.51321.1040.27221.51850.1118-0.14770.0719-0.0124-0.20530.14430.0061-0.06130.09350.0173-0.0242-0.01630.15530.04760.070912.763954.61843.52
31.74560.5196-0.45880.56790.1090.8188-0.04-0.02130.09470.00510.1180.03060.07970.0622-0.0780.08870.0062-0.05440.05590.03730.114267.911231.6399-4.2589
40.41740.13040.07972.3276-0.43851.6156-0.09780.0962-0.04620.06680.17190.20460.0197-0.0806-0.07410.08-0.0497-0.04180.07910.06670.124343.576917.6391-1.8957
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A334 - 472
2X-RAY DIFFRACTION2A473 - 675
3X-RAY DIFFRACTION3B334 - 472
4X-RAY DIFFRACTION4B473 - 675

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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