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- PDB-6g4f: Crystal structure of the omega TRANSAMINASE FROM PSEUDOMONAS Jess... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g4f
タイトルCrystal structure of the omega TRANSAMINASE FROM PSEUDOMONAS Jessenii in complex with PMP
要素Aspartate aminotransferase family protein
キーワードTRANSFERASE / TRANSAMINASE / AMINOTRANSFERASE / PYRIDOXAMINE PHOSPHATE / PLP-DEPENDENT
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Aspartate aminotransferase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / Janssen, D.B.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Biochemical properties of a Pseudomonas aminotransferase involved in caprolactam metabolism.
著者: Palacio, C.M. / Rozeboom, H.J. / Lanfranchi, E. / Meng, Q. / Otzen, M. / Janssen, D.B.
履歴
登録2018年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate aminotransferase family protein
B: Aspartate aminotransferase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0435
ポリマ－101,4562
非ポリマー5873
水5,188288
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12060 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area28340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.562, 97.562, 119.372
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 455 / Label seq-ID: 6 - 455

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aspartate aminotransferase family protein


分子量: 50727.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein contains C-terminal PGG linker and 6-HIS tag
由来: (組換発現) Pseudomonas sp (バクテリア) / 遺伝子: CMK94_18730 / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A2D8IND4
#2: 化合物 ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸


分子量: 248.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N2O5P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.0 M Sodium succinate pH 7.5, 0.1 mM PLP

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年11月19日
放射モノクロメーター: Helios MX Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50.9 Å / Num. obs: 38677 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 30.2 Å2 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4326 / Rpim(I) all: 0.42 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: D_1200009303

解像度: 2.5→50.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.832 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.4 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20326 1978 5.1 %RANDOM
Rwork0.15999 ---
obs0.16216 36655 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.361 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.48 Å2-0 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→50.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6936 0 37 288 7261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0197153
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.026849
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.9659697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.886315756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9835906
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.5924.103312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.68151163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3831538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218183
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021645
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.963.7053624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9583.7043623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0975.5514530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0975.5524531
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3763.9833529
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3763.9833529
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.9725.8665168
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.33129.6618345
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.3329.6658346
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 27847 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 160 -
Rwork0.257 2694 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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